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构象生成性能评测的失败案例分析1例
在构象生成性能评测的文章中，传统计算方法不能重现分子内具有强相互作用的生物活性构象。本文以其中一个代表性化合物A10为例，进行了理论解释，选择标准的力场参数并重新进行计算，用传统方法重现了A10的生物
1个月前
模拟结晶缓冲液中硫酸根介导的氢键网络：一种提升补体因子B抑制剂活性的结构导向策略
本文概述了诺华补体因子B抑制剂 LNP023的关键先导化合物35发现过程中的硫酸根离子替换策略，并证明该设计路径能被生物等排体计算工具Spark系统性重现，为加速先导优化、拓展 IP 空间、规避专利，
1个月前
计算方法用于配体-蛋白质相互作用排序和结合亲和力预测——哪种方法适合您？
本文系统综述了计算化学在药物发现中用于评估配体–蛋白相互作用和优化配体的主要方法。合理运用这些方法可显著降低实验成本、加速决策进程，推动药物研发向“先计算、后实验”范式演进。
2个月前
查寻分子的准备对基于形状虚拟筛选的影响
基于形状的虚拟筛选已成为从超大型化合物库中识别结构新颖生物活性分子的有力策略。然而，此类方法的性能对查询分子的构象状态高度敏感。本研究以阿斯利康最新报道的ROS1选择性抑制剂化合物31为模型系统，探讨
2个月前
氟代烯烃作为酰胺的高效生物电子等排体
(Z)-氟代烯烃是一种有效的酰胺生物电子等排体，其成功应用不仅改善了化合物的细胞渗透性，也维持了关键的靶标识别能力。在本文中，以DGK抑制剂5a与6a为例，通过基于QM计算来解释背后的理论基础。
2个月前
在缺乏靶标结构信息的情况下解析多种DPPIV配体的结合模式
本研究以二肽基肽酶-4抑制剂为模型体系，演示了如何利用Flare 的FieldTemplater ，通过整合四个结构多样、活性模式相似的先导化合物，构建可靠的场点模板，用于预测其潜在的生物活性构象与关
2个月前
Cadence推出ROCS X：AI驱动分子搜索，突破万亿级筛选壁垒
Cadence推出AI驱动的ROCS X人工智能分子搜索，解锁数万亿分子虚拟筛选能力。Treeline Biosciences通过ROCS X虚拟筛选在新型化学空间中发现150多种可合成的药物候选物来
2个月前
用Orb V3机器学习力场进行几何优化
本文演示了 Orb V3 力场在小分子几何优化任务中的应用性能，并提供了完整的计算流程、可复现的代码实现及典型算例，以支持其在实际研究中的部署与验证。
2个月前
Openeye POSIT 分子对接作为关键中介，实现基于 AI Boltz 结构预测与基于物理的ABFE 计算相结合
结合亲和力预测迎来黄金搭档：共折叠技术（Boltz-1/2）与绝对结合自由能计算（ABFE）强强联手 ，展示了计算药物发现的又一混合方法：基于AI的结构预测与基于物理的自由能计算相结合。
3个月前
AI生成的分子有多新颖？一次现实检验
本文探讨了生成式AI在分子输出方面的新颖性与创造性问题，这是一个常被过度兴奋情绪所掩盖的微妙而深刻的挑战。
3个月前
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