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Openeye POSIT 分子对接作为关键中介,实现基于 AI Boltz 结构预测与基于物理的ABFE 计算相结合

Openeye POSIT 分子对接作为关键中介,实现基于 AI Boltz 结构预测与基于物理的ABFE 计算相结合 墨灵格信息科技
2025-09-17
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导读:结合亲和力预测迎来黄金搭档:共折叠技术(Boltz-1/2)与绝对结合自由能计算(ABFE)强强联手 ,展示了计算药物发现的又一混合方法:基于AI的结构预测与基于物理的自由能计算相结合。
Recursion与Valence Labs联合发表预印版文章《Boltz-ABFE: Free Energy Perturbation without Crystal Structures》,称结合亲和力预测迎来黄金搭档:共折叠技术(Boltz-1/2)与绝对结合自由能计算(ABFE)强强联手 ,展示了计算药物发现的又一混合方法:基于AI的结构预测与基于物理的自由能计算相结合。

技术组合解析:
- 共折叠技术(Boltz-1/2)通过序列和SMILES字符串预测蛋白质-配体结构
- 绝对结合自由能计算(ABFE)通过严谨的物理模拟计算结合自由能
POSIT对接技术作为关键中介,解决结构优化问题

核心成果:
- 在四种激酶靶点(TYK2、CDK2、JNK1、P38)上实现平均误差<1 kcal/mol
- 精准度令晶体结构传统主义者略感压力
- 明确验证结构优化是成功的必要条件

重要局限性:
- 该组合在特定蛋白质家族中表现更优
- 约6%的相互作用仍存在立体化学冲突
- 需要家族支持(需预知结合伴侣信息)
- 维持该组合需消耗大量计算资源
- 目前仅在知名激酶家族的中验证
- 对冷门蛋白质家族的适用性仍是谜题——如同将伴侣介绍给家族里没人提到的怪亲戚

该方法标志着计算药物发现的重要进展。对于缺乏结构数据的研究者,这种混合方案开辟了新可能——但建议始终将实验验证作为计算预测的现实校准手段。

【声明】内容源于网络
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