在诺华开发补体因子B(Factor B)抑制剂 LNP023(Iptacopan)的过程中,一个关键突破源于对共晶结构(PDB: 6QSX)的细致观察:
🧬结晶缓冲液中的硫酸根离子并非“杂质”,而是介导配体与蛋白之间氢键网络的桥梁!
🧬团队据此在29的基础上引入羧酸取代的苯基,成功将活性提升近 100 倍(IC₅₀ 从 3.35 μM → 33 nM),并消除脱靶效应,诞生了先导化合物 35。
🧪 更令人振奋的是:这一历史性设计路径,能被计算方法系统性重现!
我们使用 Spark™ 的 “Scaffold hopping or R-group Replacement” 模块,将“硫酸根+配体侧链”定义为可替换单元,对片段数据库进行虚拟筛选:
✅ 化合物35 被成功重现(结果 #206)
✅ 多个已知 FB 抑制剂(#1, #24, #94)自动浮现
✅ 还发现了大量高打分、结构新颖的未报道分子!
💡 这不仅验证了 Spark 在生物电子等排体替换中的强大能力,更展示了:
“结合口袋中缓冲液离子”也可以成为药物设计的灵感来源!
🚀 对于靶向复杂极性口袋(含水、离子、氢键网络)的项目,Spark 提供了一条加速先导优化、拓展 IP 空间、规避专利,改善 ADMET 风险的高效路径。👉详细内容,请点击左下角阅读原文。

