受厄尔尼诺现象预计在 2026 年下半年显著增强的影响，巴拿马运河面临严峻干旱风险。为未雨绸缪，运河管理局宣布自 7 月 24 日起，大型船舶（Neopanamax）的最大允许吃水深度将从 49.5 英尺下调至 49 英尺，并计划于 8 月 15 日进一步降至 48.5 英尺。预计加通湖水位将在 9 月底跌至 83.5 英尺，比往年同期低近 2 英尺。
与此同时，航运代理已暂停部分船闸的每日竞拍订舱服务，每日可预订船只数量由 36 艘缩减至 34 艘，导致未预约南行的船舶平均等待时间延长至 10.6 天。面对通行能力收紧，地中海航运（MSC）、达飞轮船和赫伯罗特三大巨头随即宣布上调运费：MSC 将于 8 月 19 日起对亚洲至美东及墨西哥湾航线加收每标准箱 100 美元的附加费；达飞自 7 月 25 日起对美东及墨西哥湾航线加收 320 美元，对中美洲东岸及加勒比航线加收 100 美元；赫伯罗特则从 8 月 15 日起，对经运河前往北美的所有货物类型统一加收 130 美元。
尽管今年以来运河通行量逆势增长了 8%，但叠加霍尔木兹海峡与红海曼德海峡的地缘局势不稳，全球供应链正承受成本上升与时效延误的双重压力。运河方面表示，此举旨在避免重演 2023 至 2024 年的严重干旱危机（当时吃水限制曾低至 38.5 英尺，月通航量大幅下滑），然而各大船公司已率先将增加的成本转嫁给了货主。