菲律宾海关局要求航运公司尽快清理在马尼拉港口滞留超过90天的空集装箱，以缓解南港和国际集装箱码头的严重拥堵。所有逾期空箱必须立即申报并缴清相关费用，否则将被依法处理。已按规定完成手续的船公司不受影响。