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Positron教程 |完胜Rstudio、Jupyter,就没有搞不定的包,R和Python环境随意切换,实现装包自由

Positron教程 |完胜Rstudio、Jupyter,就没有搞不定的包,R和Python环境随意切换,实现装包自由 生信钱同学
2026-01-19
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导读:只要你学会了conda环境自由切换,以后你就没有搞不定的包
我们服务器的VNC桌面系统已经给大家装好了Positron等很多便利的软件。

日常好的代码已放入免💰共享服务器中(人人皆可用):https://vip.r-py.com/

终端命令行可以创建无数个conda环境,确实装包很方便,大不了新建一个conda环境,单独装某个难装的包,但是装上之后,怎么才能有可视化界面呢,这其实一直是个难题,特别是刚接触生信的同学,可视化界面,还是非常需要的;

今天介绍的Positron,完美解决这个conda环境自由切换的问题,而且R和Python都能跑,还有可视化界面。(只需关键4步)

大家都有畏难心理,不愿意接触新事物。那我们就把路铺好。

Positronposit公司(Rstudio就是他们的)最新进开发的R + python联合运行的新型IDE。

Positron跟Rstuio工具很像,大家也很容易接受,而且功能更强。基本上做到了 RStudio、VS Code 和Jupyter的集成版。


Positron最值得大家了解的就是下面这张图:最重要就是conda环境的绑定(仅需4步,以后你的conda环境就能随意切换了)

/home/自己的用户名/.conda/env/
其实大家不需要第5步,输入上面的也行,用户名替换成自己的就可以了,然后,粘贴进去,然后点击OK
输入进去之后,一定要点击OK,然后关闭软件
重启后,点击下图的第1步,然后第2步
这时候你就能看到你的conda中的所有环境了,要确认你这些环境了已经装了python和R,否则不会显示
如上图,可以随便选择一个python或R环境
一定要注意:运行R代码,必须要在R文件了运行,同理python代码需要在python环境;否则运行不了
在control+enter可以逐行运行代码
大家要注意那里有个下滑栏,R环境喜欢在下面,往下滑,别以为R环境没有绑定成功
测试一个包:curatedMetagenomicData这个微生物分析的R包及其难装,我们的服务器都给大家装好了(Rstudio网页版)。

Positron功能特别强大。左边有很多功能,大家可以了解一下

我们这次只做最关键,最基础的时候。只要把大家的环境绑定问题解决,以后都没有搞不定的包。

最核心的原则:针对特别难装的包,非常建议大家单独创建一个conda环境,然后去部署它,千万不要强行把很多难装的包都部署到一个环境了,不可能的,而且会把你当前的环境破环,之前的很多脚本都无法运行了

我也是刚用这个软件,非常不错,大家可以探索一下,后面有什么其他好的使用技巧,会继续分享给大家。

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生信钱同学
北京大学在读博士生,记录自己的学习日常🌞分享生信知识:如单细胞和空间测序、多组学分析、宏基因组、病理组学、影像组学等生物信息学、机器学习和深度学习内容🌬
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