我们服务器的VNC桌面系统已经给大家装好了Positron等很多便利的软件。
日常好的代码已放入免💰共享服务器中(人人皆可用):https://vip.r-py.com/
终端命令行可以创建无数个conda环境,确实装包很方便,大不了新建一个conda环境,单独装某个难装的包,但是装上之后,怎么才能有可视化界面呢,这其实一直是个难题,特别是刚接触生信的同学,可视化界面,还是非常需要的;
今天介绍的Positron,完美解决这个conda环境自由切换的问题,而且R和Python都能跑,还有可视化界面。(只需关键4步)
大家都有畏难心理,不愿意接触新事物。那我们就把路铺好。
Positron是posit公司(Rstudio就是他们的)最新进开发的R + python联合运行的新型IDE。
Positron跟Rstuio工具很像,大家也很容易接受,而且功能更强。基本上做到了 RStudio、VS Code 和Jupyter的集成版。
Positron最值得大家了解的就是下面这张图:最重要就是conda环境的绑定(仅需4步,以后你的conda环境就能随意切换了)
其实大家不需要第5步,输入上面的也行,用户名替换成自己的就可以了,然后,粘贴进去,然后点击OK
这时候你就能看到你的conda中的所有环境了,要确认你这些环境了已经装了python和R,否则不会显示
一定要注意:运行R代码,必须要在R文件了运行,同理python代码需要在python环境;否则运行不了
大家要注意那里有个下滑栏,R环境喜欢在下面,往下滑,别以为R环境没有绑定成功
测试一个包:curatedMetagenomicData这个微生物分析的R包及其难装,我们的服务器都给大家装好了(Rstudio网页版)。
Positron功能特别强大。左边有很多功能,大家可以了解一下
我们这次只做最关键,最基础的时候。只要把大家的环境绑定问题解决,以后都没有搞不定的包。
最核心的原则:针对特别难装的包,非常建议大家单独创建一个conda环境,然后去部署它,千万不要强行把很多难装的包都部署到一个环境了,不可能的,而且会把你当前的环境破环,之前的很多脚本都无法运行了
我也是刚用这个软件,非常不错,大家可以探索一下,后面有什么其他好的使用技巧,会继续分享给大家。