在当前的运输市场，无车承运人逐渐成为运输组织的主体，发挥着整合物流运输资源、提升物流运作效率的作用。在发达国家，他们已成为支撑现代物流和多式联运发展的核心。然而，目前中国运输行业的各项法规制度、标准规范仍然是建立在“有车承运”基础上的，“无车承运人”其“无车承运”模式与中国既有的“有车承运”管理制度相冲突，不仅使其难以获得合法的经营资格，而且在税收、异地设点等方面存在诸多障碍。
同时，政府对无车承运缺乏有效的市场监管手段，造成市场运营的混乱。在现实运营当中，运输企业通过少量购买或租赁车辆来获得运输资质，而在实际运营当中80%以上的业务都是通过外包给个体运力来完成实际运输任务，这就造成了中国独特的有车和无车承运混合经营的局面。
1、 难以获得道路运输的经营资质
根据相关规定，当前我国道路运输经营许可证的办理条件为：有与经营业务相适应并经检测合格的车辆；有符合规定条件的驾驶人员；有健全的安全生产管理制度；法律法规规定的其他条件。由此可见，企业要想获取道路运输许可证必须自备营运车辆。这就决定了无车承运人并不具备办理道路运输经营许可证的条件。然而在实际运输过程中，是否拥有运输经营资质往往是货主考虑是否与企业合作的重要因素。可以说，由于政策所限，在经营资质方面，无车承运人相比于有车承运人显得“矮人一等”，成为无车承运人发展的桎梏。
2、难以开具11%的增值税专用发票
无车承运人之所以成为目前的关注焦点，很大程度是因为营改增之后产生的税务问题。国家实施营改增之后，税务部门认为，无车就属于货代服务，只能开6%的发票；但是客户需要11%的发票。中物联公路货运分会轮值会长、新杰物流集团股份有限公司总经理王坚介绍说，“事实上，营改增之后，市场上出现了一种怪异的现象：实际承运的公司因为没车开不了11％的发票，反而是不做运输的挂靠公司可以开具11％的运输发票。”税务政策上的这一不合理设定，使得不少运输企业税负大增，从而进一步引发虚开发票的现象，加重了全行业违法经营情况的泛滥。
3、缺乏运输担保机制。
无车承运人所牵涉的问题中，最易引起争议， 最让人们普遍关注的当属无车承运人的责任承担问题，这也是无车承运人所面临的诸多问题的根源。诚然，根据无车承运人的法律责任，其应对运输过程中发生的全部损失承担第一责任，但大多时候货主对其提出的索赔额度之高，往往远远超出无车承运人的注册资本和缴纳的保证金。问题是承运人即便是倾家荡产也难以补偿货主的损失，进而会引发承运人外逃现象，严重影响货运市场秩序。