全面加快海港、空港、高铁三大枢纽经济区建设，南京航运交易中心获批筹建。完成全市沿江27处非法码头清理取缔任务。长江南京以下12.5米深水航道二期工程初通至南京。开通“宜宾—南京”集装箱直航快班和中欧(南京—莫斯科)货运班列。保障宁启铁路于5月15日开通运营。2016年南京港预计完成货物吞吐量2.24亿吨，完成集装箱吞吐量310万标箱。
继续推进龙潭、西坝、七坝、铜井四大公用港区建设，龙潭港区四期、铜井港区三期、五期等工程开展竣工验收。西坝五期、梅钢原料码头、七坝起步、南钢、弘阳等码头试运行。
正式启动“智慧港航”建设，实现与厅港口局等多部门系统平台数据的采集对接和港口视频在“智慧港航”平台的同步展示。推进“南京港口应急救援基地”建设，确定3处港口应急物资公共储备库建设库房选址，启动库房改造建设。强化南京港海轮锚地管理，实行信息化调度。推进南京港联检锚地扩能改造前期工作，完成锚地年度扫测工作，为社会船舶提供便捷锚泊服务。