货物出口至保税区时，需待其实际离境出境并办理出口报关手续后，海关方签发出口退税证明联；而在保税物流园区，企业于主管海关完成出口报关手续时即可取得出口退税证明联，无论后续是否复运进口。

两者在出口退税办理时间上存在明显差异。相关政策依据详见《保税区海关监管办法》（海关总署令第65号）第十三条及《中华人民共和国海关对保税物流园区的管理办法》（海关总署令第134号）第二十九条。