某企业从印尼进口凭东盟原产地证FORM E享受免税待遇的商品至黄埔港，因海关系统中未更新官方签名备案信息，被要求缴纳保证金。企业已联系印尼驻华大使馆商务处并获取更新后的官员签名备案文件，咨询该文件应提交至海关哪个部门。

根据《中华人民共和国海关总署公告2003年第81号》附件1《中国－东盟自由贸易区原产地规则的签证操作程序》第二条规定，成员方签发原产地证书的政府机构名称、地址、签名式样及印章印模，应由成员国之间相互通知，并报东盟秘书处备案。相关变更须及时通报，但此类文件并非由进口企业直接向海关提交。

依据《中华人民共和国海关总署令第199号》第二十三条，当海关对东盟自贸区项下进口货物的原产地证书真实性或货物原产资格存疑时，可依照协议规定向出口国提出后续核查请求，或赴该国进行实地核查。对于流动证明存在疑问的情况，亦可同时向签发国和出口国发起核查。

在核查期间，经收货人或其代理人申请，海关可按最惠国税率、普通税率或其他适用税率收取等值于应缴税款的保证金后放行货物，并正常办理进口手续及海关统计。核查结束后，立即办理保证金退还或转为税款手续，相应调整统计数据。

若进口货物属于国家禁止或限制类商品，或存在瞒报骗税嫌疑，海关在完成原产地证书或流动证明核实前不得放行。