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“生态位”理论认为，每个微生物的物种都对应一种生态位，而生态位在肠道中是有限的。如果一个生态位被先来的物种占位，那么后里的物种就难以立足了。
这就好像一张餐桌只有十个座位，刚好够不同的微生物一起吃饭，再来一个就没(位置）给它吃饭了。这种作用导致了肠道菌群中的“原住民”微生物对外来病原菌的抑制，即“定植抵抗"，是肠道菌群提供的另一种类型的免疫力。
健康的肠道菌群对人体健康多有裨益，而菌群微生态失衡则会带来各种疾病。在最近的十多年间，肠道菌群对人体自身免疫力和健康的影响不断被揭示出来。现在，除了炎症性肠病、肠易激综合症这些肠道疾病，肠道菌群失衡与肥胖、过敏、肠癌、阿尔兹海默症、肝炎和糖尿病等疾病之间的关联也已经取得了广泛共识。
炎症性肠病和肠易激综合症是令现代人饱受折磨的胃肠道疾病。这两种疾病是两种不同的疾病，但都与压力、环境、饮食等有关，主要的症状是肠道不适或者疼痛，患者的肠道菌群是不正常的。
肥胖与菌群的联系可以用一个非常经典的实验来阐述。这是发表在2013年第341期(科学》杂志上的一个研究。在这个研究中，分别把体型不同的双胞胎女孩的肠道菌移植到同样的小鼠中，结果移植了胖女孩肠道菌的老鼠长成了胖老鼠，而移植了瘦女孩肠道菌的老鼠长成了瘦老鼠。在整个过程中，老鼠是同样的老鼠，吃的也是同样的食物，双胞胎女孩也是同卵双胞胎。只有菌群和胖瘦的差异联系了起来。已经有大量的研究探讨了肥胖患者的肠道微生物菌群失衡现象。初步研究发现，在人体重要的共生菌中，除了拟杆菌和厚壁菌门与肥胖相关外，还有许多其他微生物也与肥胖相关。
糖尿病已经成为了全球健康挑战。糖尿病的高发主要是人们的膳食结构发生变化造成的，其中一个因素是摄入的膳食纤维不足。中国的膳食指南中推荐每个人每天摄入300g膳食纤维，而实际上生活在发达城市的现代人平均每人每天摄人的膳食纤维还不到150g。膳食纤维摄入不足可能通过改变肠道菌群提高了糖尿病的发病率。在糖尿病患者的肠道中，由于能够产生短链脂肪酸的细菌数量和种类多样性是比较低的，导致肠道内短链脂肪酸产量严重不足，从而造成肠道上皮细胞的更新缺陷，加重肠道炎症反应，造成胰岛素抵抗。
大肠癌发病率升高与高脂饮食摄入过多密切相关，同时也是细菌推波助澜的结果。通过分析正常肠道，以及癌前病变到大肠癌的发生过程，可以发现有一些细菌的含量会显著上升。比如具核梭杆菌（一种常见的革兰氏阴性菌）经常在大肠癌的肠道里扎堆生长，它们与癌细胞“狼狈为奸”。通过检测具核梭杆菌的含量，甚至可以用来筛查大肠癌，一些研究指出其准确率约为 80%。
以上这些例子都说明了肠道菌群的平衡是人体健康的重要保障，而肠道菌群一旦失衡，就会引发疾病。一些看似“问题不大”的疾病，如果长期得不到重视、改善，所引发的就是所谓“突发”的重大疾病。
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