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呼吸功能障碍是脊髓损伤后严重威胁患者生命的并发症之一，对呼吸功能障碍治疗的研究一直被相关学者放在首要位置。磁刺激对呼吸功能障碍的治疗作用已在动物实验上得到证实。
有学者用犬建立了脊髓完全损伤模型，利用圆形线圈对犬进行磁刺激，线圈中心置于犬的C6节段，刺激频率 20Hz，观察其对呼吸功能的影响，结果发现开始刺激后15min 至 2h，犬的潮气量和呼吸道压高于插管下自主呼吸时的潮气量和呼吸道压，认为其作用机制可能与磁刺激使肌肉收缩诱导肌球蛋白异构体发生迁移有关。
磁刺激的强度较高，可能使废用的呼吸肌纤维发生轻度损伤，而这恰恰可能促进肌纤维增生或构型重建。Lin等在研究中发现磁刺激线圈的放置位置与犬的呼吸功能改善有关，线圈放置在颈椎前部进行刺激比放置在颈椎后部产生的吸气压和吸气容量大。
在临床方面，呼吸功能障碍主要的康复治疗方法有电刺激和磁刺激两种。前者有膈肌电刺激和肋间肌电刺激法等，这些方法虽取得了一定的疗效，为患者尽早脱离呼吸机提供了帮助，但是手术相对复杂且费用较高，还有损伤膈神经和肋间神经的危险，所以在临床上使用受限。
近年来相对安全、无创的磁刺激技术越来越多地引起了国内外研究者的关注，并被积极应用到脊髓损伤后的呼吸功能障碍的康复治疗中。脊髓损伤后呼吸功能障碍的表现与损伤部位有关。Castriotta等研究发现，颈髓损伤患者吸气容量、呼气压和呼气流速都明显下降，可见其既有吸气功能异常也有呼气功能异常。胸段脊髓损伤患者则可能仅有呼气功能障碍。
在临床研究中也发现了磁刺激对呼吸功能的影响与刺激线圈放置的部位有关。Lin等发现刺激C3-7、T1-6节段主要促进患者吸气容量的增加，刺激T6~L2节段则主要促进患者呼气容量的增加。
其中，刺激C6-7产生的吸气容量最高，刺激T9-10产生的呼气容量最高。Lin等选取8例颈髓损伤患者，用圆形线圈置于T10-11棘突进行连续4周的磁刺激，患者经刺激后最大呼气压、补呼气量都明显增加。其机制可能是刺激到了T7~L2脊神经，兴奋了大部分呼气肌，从而使患者呼气功能得到明显改善。
此外，磁刺激线圈的大小不同对呼吸肌功能的影响也不同。Hsiao等用直径分别为9.2、13.7和20cm的圆形、螺旋形线圈对脊髓损伤患者进行磁刺激，结果发现直径20cm的螺旋形线圈可使患者产生最大的呼气压和呼气流速。
在今后的呼吸功能障碍的康复治疗方面，磁刺激必将扮演重要的角色。从动物实验和临床实验中可见，磁刺激对改善呼吸功能有明显作用。
