WB是Western Blot的缩写，又叫蛋白质印迹或者免疫印迹。在ChIP实验过程中，WB是不可或缺的质控之一，它能验证ChIP实验的抗体与样品中目的蛋白的表达情况以及抗体特异性是否在该样品中适用。当然了，WB结果好，ChIP结果一定好么？答案也是不一定的。因为在WB实验过程中，我们需要加入大量的SDS、巯基乙醇等来破坏蛋白的高级结构，使蛋白呈现出一级结构，然后再进行实验。但是在ChIP实验时，富集中的蛋白是处于生理状况下的，它保持高级结构来保证蛋白的功能，而且因为甲醛交联的原因，可能有一些蛋白的表位被掩盖从而使抗体识别失败造成整体实验的失败。
但是能不能不做WB直接ChIP实验呢？我只能说老师你愿意承担风险也行。据我们5000+的实验经验来说，如果不做WB直接ChIP实验，很大概率会失败。最大的原因是目前市场上ChIP级别的抗体占比太少，尤其是对于植物蛋白抗体就更是难上加难的找到ChIP级别抗体。
根据抗体验证结果来看，不同公司的抗体结果差别很大，有时候这个抗体WB结果条带单一，IP结果也很棒，最后分析数据非常perfect，但是换了其他的样本，WB条带杂带很多，风险实验显示结果确实不太好。
还有就是同一样本，不同的抗体，实验结果也是差别很大，因此，提前做WB实验，对于抗体筛选是非常重要的一个环节。
讲了这么多，下面我们来讲解讲解WB详细过程以及各种实验细节吧。
