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RBPs系列|RNA结合蛋白结合RNA的结构预测,文章瞬间出彩(网页版软件)

RBPs系列|RNA结合蛋白结合RNA的结构预测,文章瞬间出彩(网页版软件) 爱基百客生物
2021-03-25
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导读:除了研究RBPs结合哪些RNA,是都还能知道它自己内部哪些结构结合RNA呢?上车预测吧




RNA-蛋白互作

做了很好的表观实验,得到了RNA结合蛋白结合RNA后,是否还能深挖?当然能够了,除了通过表观实验来探索RNA结合蛋白RBPs的调控机制,我们还能进一步研究其结合区域,少许的深挖,能瞬间增彩文章,何乐而不为呢?

要懂计算机语言,会输代码?no no no,现成网页版分析软件告诉你,简单输入蛋白序列或者PDB结构文件,点击分析,很快就能知道蛋白的结合区域了,是不是很神奇呢,快去试试吧!


网页版分析软件及链接如下:


1、aaRNA  

https://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/aarna/   Li et al., 2014  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

2、Arpeggio 

http://biosig.unimelb.edu.au/arpeggioweb/  Jubb et al., 2017  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

3、beRBP  http://bioinfo.vanderbilt.edu/beRBP/predict.html Yu et al., 2019  预测给定蛋白和RNA的互作

4、catRAPID  http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group  Bellucci et al., 2011 预测给定蛋白和RNA的互作

5、DR_bind1

http://drbind.limlab.ibms.sinica.edu.tw  Chen et al., 2014  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

6、DRNApred  http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DRNApred/  Yan and Kurgan, 2017  预测给定蛋白结合RNA或者DNA的位置及其结构分析

7、hybridNAP  http://biomine.cs.vcu.edu/servers/hybridNAP/  Zhang et al., 2019  预测给定蛋白结合RNA或者DNA抑或蛋白的位置及其结构分析

8、KYG  

http://cib.cf.ocha.ac.jp/KYG/  Kim et al., 2006  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

9、OPRA 

https://life.bsc.es/pid/opra/default/index  Pe´ rez-Cano and Ferna´ ndez-Recio, 2010预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

10、PPRInt   https://webs.iiitd.edu.in/raghava/pprint/index.html  Kumar et al., 2008  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

11、PredPRBA 

http://PredPRBA.denglab.org/  Deng et al., 2019   预测给定蛋白和RNA的互作

12、PRince http://www.facweb.iitkgp.ac.in/rbahadur/prince/home.html  Barik et al., 2012  预测给定蛋白和RNA的互作

13、RBPmap 

http://rbpmap.technion.ac.il/index.html  Paz et al., 2014  预测给定蛋白和RNA的互作

14、RNAbindPlus http://ailab1.ist.psu.edu/RNABindRPlus/  Terribilini et al., 2007  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

15、RNAbindRv2.0  

http://ailab-projects2.ist.psu.edu/RNABindR/  Terribilini et al., 2007预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

16、RPISeq  

http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/  Muppirala et al., 2011  预测给定蛋白和RNA的互作

17、SPOT-Seq-RNA  

https://sparks-lab.org/server/SPOT-RNA/  Yang et al., 2014  预测给定蛋白是否为RNA结合蛋白

18、SPOT-Struct-RNA 

https://sparks-lab.org/yueyang/server/SPOT-Struct-RNA/  Zhao et al., 2011预测给定蛋白是否为RNA结合蛋白


相关链接

一文详解RNA结合蛋白RBPs的故事

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爱基百客生物
爱基百客是一家专业提供表观组学、单细胞与空间组学以及高通量测序分析的新型生物科技服务企业,旗下拥有DNBSEQ-T7、10xGenomics等平台,依托表观技术的优势,为生命科学研究和医疗健康等领域提供方案设计到数据分析一站式服务。
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