做了很好的表观实验,得到了RNA结合蛋白结合RNA后,是否还能深挖?当然能够了,除了通过表观实验来探索RNA结合蛋白RBPs的调控机制,我们还能进一步研究其结合区域,少许的深挖,能瞬间增彩文章,何乐而不为呢?
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1、aaRNA
https://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/aarna/ Li et al., 2014 预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
2、Arpeggio
http://biosig.unimelb.edu.au/arpeggioweb/ Jubb et al., 2017 预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
3、beRBP http://bioinfo.vanderbilt.edu/beRBP/predict.html Yu et al., 2019 预测给定蛋白和RNA的互作
4、catRAPID http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group Bellucci et al., 2011 预测给定蛋白和RNA的互作
5、DR_bind1
http://drbind.limlab.ibms.sinica.edu.tw Chen et al., 2014 预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
6、DRNApred http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DRNApred/ Yan and Kurgan, 2017 预测给定蛋白结合RNA或者DNA的位置及其结构分析
7、hybridNAP http://biomine.cs.vcu.edu/servers/hybridNAP/ Zhang et al., 2019 预测给定蛋白结合RNA或者DNA抑或蛋白的位置及其结构分析
8、KYG
http://cib.cf.ocha.ac.jp/KYG/ Kim et al., 2006 预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
9、OPRA
https://life.bsc.es/pid/opra/default/index Pe´ rez-Cano and Ferna´ ndez-Recio, 2010预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
10、PPRInt https://webs.iiitd.edu.in/raghava/pprint/index.html Kumar et al., 2008 预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
11、PredPRBA
http://PredPRBA.denglab.org/ Deng et al., 2019 预测给定蛋白和RNA的互作
12、PRince http://www.facweb.iitkgp.ac.in/rbahadur/prince/home.html Barik et al., 2012 预测给定蛋白和RNA的互作
13、RBPmap
http://rbpmap.technion.ac.il/index.html Paz et al., 2014 预测给定蛋白和RNA的互作
14、RNAbindPlus http://ailab1.ist.psu.edu/RNABindRPlus/ Terribilini et al., 2007 预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
15、RNAbindRv2.0
http://ailab-projects2.ist.psu.edu/RNABindR/ Terribilini et al., 2007预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析
16、RPISeq
http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/ Muppirala et al., 2011 预测给定蛋白和RNA的互作
17、SPOT-Seq-RNA
https://sparks-lab.org/server/SPOT-RNA/ Yang et al., 2014 预测给定蛋白是否为RNA结合蛋白
18、SPOT-Struct-RNA
https://sparks-lab.org/yueyang/server/SPOT-Struct-RNA/ Zhao et al., 2011预测给定蛋白是否为RNA结合蛋白



