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喜讯！The Plant Cell发表中国科学院植物研究所草莓果实成熟转录因子的调控机制

喜讯！The Plant Cell发表中国科学院植物研究所草莓果实成熟转录因子的调控机制 爱基百客生物
2023-08-02
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导读：该研究揭示了NAC转录因子FvRIF在草莓果实成熟调控中的功能，通过DAP-seq在全基因组水平鉴定了FvRIF的靶基因，并阐明了蛋白质磷酸化修饰对于FvRIF活性的调节作用。爱基百客为该研究提供DA

7月28日，中国科学院植物研究所秦国政研究员课题组在The Plant Cell（IF: 11.6）上在线发表了题为“Deciphering the regulatory network of the NAC transcription factor FvRIF, a key regulator of strawberry fruit ripening”的研究论文，该研究揭示了NAC转录因子FvRIF在草莓果实成熟调控中的功能，通过DAP-seq在全基因组水平鉴定了FvRIF的靶基因，并阐明了蛋白质磷酸化修饰对于FvRIF活性的调节作用。爱基百客为该研究提供DAP-seq的分析服务。

为了更好地阐明FvRIF介导的果实成熟转录调控机制，作者他们利用DAP-seq在全基因组范围挖掘FvRIF的结合位点。近些年，DAP-seq已被用于在全基因组范围内捕获转录因子的DNA结合位点。在2个生物学重复中，共检测到了9902个富集peak，关联到7899个基因。其中，有217个被认为是高可信度的FvRIF结合区域。结合元件分析显示，其中最多的结合位点（37%）位于启动子区域，这与 FvRIF是一个具有DNA结合能力和基因调控活性的转录因子相一致。为了深入了解FvRIF的结合位点，研究进行了motif分析（de novo motif预测），富集最多的motif是“TACGTACGTAAC”。值得注意的是，该基序的核苷酸序列来自于核心序列CGT[G/A]，这是一个先前报道的NAC识别motif，证实了DAP-seq数据的可靠。联合转录组数据，确定FvRIF调控的直接靶基因。研究发现FvRIF可结合137个转录因子基因并调控它们的表达，包括多个已知与草莓果实发育和成熟相关的转录因子（FvMYB10、FvSEP3、FvARF2），表明FvRIF可能通过靶向重要的TF基因来间接调控成熟。

通过DAP-seq进行全基因组鉴定FvRIF结合位点

论文链接：https://doi.org/10.1093/plcell/koad210

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爱基百客生物
爱基百客是一家专业提供表观组学、单细胞与空间组学以及高通量测序分析的新型生物科技服务企业，旗下拥有DNBSEQ-T7、10xGenomics等平台，依托表观技术的优势，为生命科学研究和医疗健康等领域提供方案设计到数据分析一站式服务。
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