转录因子
转录因子调节基因的表达，无论是医学、动物还是植物领域都拥有重要的研究价值。
据报道，转录因子在癌症、自身免疫、糖尿病和心血管疾病等疾病中具有关键的生物学作用，因此它被认为是极具潜力的治疗靶点。目前，转录因子小分子药物开发是一个新兴领域，前景不错。利用DNA蛋白互作技术探究转录因子调控机制，有利于疾病的诊断和治疗。
转录因子在植物体内普遍存在，参与环境应答反应。鉴于它在植物抗逆中的重要作用，很多项目以植物转录因子为研究对象，pubmed中植物转录因子的文章也在逐年增长中。
转录因子是一类能够调控基因转录活动的蛋白质，它们通过结合到基因的启动子区域来促进或抑制基因的表达。靶基因是受转录因子调控的基因，其表达水平受转录因子的调节影响。转录因子和靶基因之间的关系是相互作用的，转录因子通过识别特定的DNA序列并与之结合来调控靶基因的表达。
目前，不少研究的切入点就是通过转录因子找下游靶基因。分享利用ChIP-seq和CUT&Tag技术找转录因子下游靶基因的常用思路：
有了研究主题，就能确定研究材料。医学方向根据研究疾病类型选择合适的材料，比如健康vs病人组织，预后组织，小鼠模型或者细胞系等；植物处理前后、不同部位、不同时期、突变体VS野生型等组织；动物与植物类似。微生物也分处理前后菌株，突变体VS野生型菌株。在选材时，可以参考文献资料选择时期和取样部位等。
对ChIP-seq结果进行验证，ChIP-qPCR、EMSA、酵母单杂等技术都是常用手段（干货！如何验证转录因子与靶基因启动子互作？）。证明转录因子确实与关键性的基因区域结合后，差不多一篇文章就到这里了。如果能进一步对发现的靶基因进行功能验证，那么文章会再上一个档次。
最后，通常会对结果进行推测，构建调控网络或模型。
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