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利用氢气治疗疾病有多种方法，最常用和基本的方法是呼吸氢气和饮用氢水两种。虽然呼吸氢气的办法可以让身体获得更多氢气，但是饮用氢水是最早使用，也是最简易和最流行的可行方法，因此必须重视氢水的效应研究和制造方法等问题。
研究证明，氢水是一种利用氢气治疗疾病的理想方法。但现在为止，生产氢水也有许多种方法。但是那种氢水制造方法最好，并没有非常最终定论，这需要从多个角度考虑和分析。
制造氢水的基本办法包括电解水法、金属还原法、高压充气法三类。
一、电解水法
电解水法仍然是当前氢水制造最常用的方法，这种方法起源于电解水技术，由于电解水制氢在工业上也是非常重要的技术，因此这方面技术也受到比较高的重视。
但是电解水方法的氢水存在非常大的差异，氢气的浓度从0.05ppm到2.5ppm，氢气浓度主要决定于水质、水流速度、设计和电极表面等方面的因素。发现氢气医学效应前，碱性电解水技术在日本等国家已经有几十年的历史。由于不了解碱性电解水医疗效应的本质是氢气，过去对碱性电解水的技术改进主要是围绕如何获得理想的pH值（不高也不低），而不是如何提高氢气的浓度。正常流速等条件下，碱性电解水中氢气的浓度大约为0.1到0.7ppm。如果降低水流速度，可以增加氢气浓度，但是也会导致pH过高，让水的口感变的很差而不适合饮用。
在合适的pH（9.5以下）情况下，如何进一步提高水中氢气浓度，以及如何长时间维持氢气的浓度，是电解氢水机重点考虑的问题。不幸的是，大多数电解水公司并不知道自己机器产生的水氢气浓度，也不知道氢气才是这种机器产生作用的基础。很多公司用水的氧化还原电位值ORP作为技术指标，但是ORP并不是氢气浓度的精确测量指标，受到pH和其他成分的影响非常大。
从碱性电解水衍生的一类技术是，利用氢气发生器制造氢气，然后直接注入过滤水机内，这种方法容易获得更高浓度的氢水，而且不影响水的酸碱度，不受水流量的限制，这已经变成氢水混合技术，这种技术有可能逐渐成为将来的主流。
现在市场上的电解氢水杯有两类，一种是从传统的电解水发展过来，把阴阳电极同时放在水中电解，其中阳极产生氧气和阴极产生氢气，这种模式不影响水的酸度，但其中的阳极会对水中的离子产生强氧化作用，有产生臭氧和次氯酸的可能，这些产物有可能带来危害，一般采用的策略是使用活性炭吸附。另一种是利用质子通透膜技术，这种技术的缺陷是必须在离子膜上贴附催化剂，长时间使用后这种催化剂也有可能脱落产生潜在危害。
总之，电解水技术存在一定安全风险，使用这类技术必须在安全方面采取良好的措施，在使用关键材料方面必须符合安全要求，产生的水必须经得起检验。
二、金属还原氢水
另外一种氢水制造模式是用金属和水反应的方法，比较常用的是金属镁和水反应，和这种方法类似，也有用金属氢化物与水反应的方法。这种方法产生的氢水氢气浓度可以比较高，但也同时会造成水变成碱性，而且会产生一定数量金属离子。使用一段时间后，金属材料容易表面氧化而失效，需要用酸清洗才能继续产生氢气。
许多人对中学时代金属钠和水反应的化学实验记忆深刻，但是金属钠或钾遇水可产生氢气的同时会产生热量，可以立刻把氢气点燃，因此无法保留氢气，因此金属钠和钾不适合制造氢水。金属镁相对没有那么活波，也容易安全保存，而镁也是人体需要的金属元素，因此金属镁制造氢水成为一种产品模式。
金属镁和水反应的化学反应是：
Mg +2H2O＝H2+Mg(OH)2。
这种方法反应时间足够时氢气浓度可以到1.6ppm。金属镁反应产生的氢水早期也曾经被用于氢气临床研究。主要是因为这种方法相对比较简单。由于这种方法会同时产生镁离子，可对实验结果产生干扰，不建议氢气医学临床研究继续采用。
金属镁产生氢气的产品有镁棒和口服镁胶囊，采用这种方法也有衍生成氢水杯和大型产氢水装置产品，能快速制造相对高浓度氢水，为维持产氢量必须定期清洗和更换填料。金属镁方法和电解技术一样，也会导致水的pH增加。
类似的方法也有利用金属氢化物与水反应的原理生产相关产品，与这种方法类似，常用的材料是氢化镁和氢化钙。
三、气液混合氢水技术
一般是利用物理学方法把氢气和水进行充分混合，常用高压和气泡的特性提高氢气的溶解效率，是获得超高氢气饱和溶液的一种技术。最典型的气液混合技术是微纳米气泡技术，微纳米气泡技术有多种方式，如加压溶气法、机械切割法、超声破碎法、临界法。例如一种切割法叫旋回式气液混合型微纳米气泡发生技术，进入发生器的气液混合流体在压力作用下高速旋转，并在发生器的中部形成负压轴，利用负压轴的吸力可将液体中混合的气体或者外部接入的气体集中到负压轴上，当高速旋转的液体和气体在适当的压力下从特别设计的喷射口喷出时，由于喷口处混合气液的超高的旋转速度与气液密度比（1:1000）的力学上的相乘效果，在气液接触界面间产生高速强力的剪切及高频率的压力变动，形成人造极端条件，在这种条件下生成大量微米、纳米级气泡。气液混合技术一般是包装氢水的生产技术，小型家用设备也有尝试使用。
这种技术的突出优点是能获得高浓度氢水，而且不影响水的性质，不会产生化学副产物，是一种最安全的氢水生产技术。