我们经常可以在广告上看到“含有丰富益生元”或“含有丰富益生菌”等字样的广告语，但事实上还有相当一部分人对益生元与益生菌之间的区别没有一个清晰的理解。益生元和益生菌虽然只有一字之差的，但是两者的本质却截然不同。那么两者有什么区别呢？相比较于益生菌，益生元有什么优点呢？下面我们将对此一一进行分析。
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概念上的区别
益生菌：简单来讲，益生菌是指对人和动物有益的细菌。益生菌通过调理人体肠道菌群，维持肠道菌丛的平衡。人体、动物体内有益的细菌或真菌主要有:双歧杆菌、乳酸菌、酪酸梭菌、嗜酸乳杆菌、酵母菌等。
益生元：益生元是一种膳食补充剂，通过选择性的刺激一种或少数种菌落中的细菌的生长与活性而对寄主产生有益的影响从而改善寄主健康的不可被消化的食品成分。最重要的是它只是刺激有益菌群的生长，而不是有潜在致病性或腐败活性的有害细菌。一般可以这么认为，益生元是人体益生菌的"养料"。
从两者概念上来看，益生元就好像是微生物的肥料，为依附在肠道上的细胞提供营养，刺激肠道中健康有益的微生物，加快胃肠蠕动。
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作用机制上的区别
益生菌：益生菌是外源细菌，作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。
益生元：益生元作为模拟母乳中的低聚糖，以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
从作用机制上来讲，我们可以看出益生菌在肠道内可调节的生物数量要少于益生元，益生菌作为一种活菌，他跟肠道中的微生物是同类，对肠道中微生物调节能力有限。而益生元对肠道中的这些菌来说，是他们的食物，都可以被他们分解消耗，也正是这个原因益生元对肠道菌群的影响可能要比益生菌广一点。
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受胃部环境影响的区别
益生菌：益生菌要经过胃部强酸、消化道消化酶的侵蚀和分解，能活着到达肠道（特别是大肠）的数量很少，又受到肠道原住民（肠道原有细菌）的排挤很难存活，这就是为什么很多人补充益生菌效果不明显的原因。
益生元：益生元本在本质上是以糖类为主的非活性物质，以未经消化的形式进入直肠，不受胃部强酸以及消化酶的影响。另外益生元在被微生物分解后，可以产生短链脂肪酸，降低肠道PH，促进肠液的分泌，加快肠胃蠕动
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保存工艺的区别
益生菌：益生菌菌株存活环境要求高，对生产和包装工艺都有很高标准要求，。益生菌产品必须低温冷藏保存，这样才能最大限度地保持其中活性益生菌的数量。如乳酸制品中的益生菌，一般保质期在1个月内，冷藏温度控制在2~10℃左右。
益生元：益生元的生产和保存的工艺则没有这方面的严格要求，所以相对而言，益生元的稳定性较高且保存周期很长。
总的来讲当我们可以把益生元作为日常生活中较合适的食品补充剂，因为人体肠道内本身就含有一定数量的益生菌，只是由于饮食习惯、用药等导致数量减少菌群失衡才引发了便秘、腹泻等肠道问题，所以通过补充适量的益生元来不断促进人体内固有的益生菌的增殖活动，从而维持人体肠道菌群达到平衡水平。
