HE 染色（苏木精-伊红染色）是组织学常用的染色方法之一。这种染色方法的基础是组织结构对不同染料的结合程度不同。染料苏木精可以将嗜碱性结构染成蓝紫色，而伊红可以将嗜酸性结构染成粉红色。针对不同的样本类型，一般来说，细胞核可以被苏木精染成鲜明的蓝色。细胞质被伊红染成深浅不同的粉红色至桃红色。胶原纤维呈淡粉红色，弹力纤维呈亮粉红色，红血球呈橘红色，蛋白性液体呈粉红色。着色情况与组织或细胞的种类有关，也随其生活周期及病理变化而改变。
病理组织 HE 染色的特点具有操作快捷简单的特点，但是同样会丢失组织细节，以及无法获得特异性目标分子/蛋白的表达信息，以往针对特异性颜色进行识别定量的软件往往无法对 HE 染色样本进行很好的分析。
TissueGnostics 公司在独立苏木精染色通道的基础上， 利用专利算法对细胞核进行识别，并利用散点图设门圈选的方式，综合不同组织结构伊红染色中的细微差异，可以做到在 HE 染色样本中更多数据的挖掘。
HE 染色组织区域识别解决方案，可以自动独立拆分苏木精染色通道与伊红染色通道，在苏木精染色通道内对细胞核进行准确识别，对苏木精着色面积与强度进行筛选后，识别出正常细胞/肿瘤细胞/炎性淋巴细胞；进一步可以根据细胞核形态与密度，以及伊红染色情况，对肿瘤/血管/胶原纤维/蛋白渗出液等组织区域进行识别定量分析。该解决方案可以在 H&E 染色样本中挖掘更多的数据信息，使大批量样本简单染色+深度分析成为可能。
原始影像
苏木素染色通道
伊红染色通道
细胞核识别1
排除褶皱/重叠区域
排除细胞碎片
细胞核识别结果2
炎性细胞筛选
细胞核识别结果3
肿瘤异型性细胞筛选
1. 细胞核识别结果及附带散点图1、2、3，均来自上一层细胞识别后圈选的结果。
2. 通过简单利用cutoff线，调节细胞圈选的阈值，可以正反向回溯，做到同时同步浏览筛选结果，通过观察比对，保证结果的准确性。
3. 针对不同大小/形态/染色强度的细胞，采用了三种不同的识别参数，可以做到无重叠数据覆盖的前提下获得准确的定量分析数据。
4. 左下角为分析区域在原始图像中的略缩图（红框内）