农产品在开具发票上比较特殊，销售货物一般是由销售方开发票，而农产品既可以由农业生产者开具销售发票，又可以由收购企业向农户开具农产品收购发票。因为考虑到农产品收购企业会面对许多农户，而大部分农户是不具备开发票的条件和能力的，所以税务局允许收购农产品业务可以反向开具发票。
农产品凭票扣税，可分为有四种凭证和四种抵扣方式。
四种凭证包括：
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》规定，增值税扣税凭证是
指：（后两种属于普通发票）
1.增值税专用发票
2.海关专用缴款书
3.农产品销售发票
4.农产品收购发票
不得抵扣进项税额的凭证包括：
1、批发、零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票
● 免征蔬菜（财税〔2011〕137号）
● 部分免税鲜活肉蛋产品（财税〔2012〕75号）
政策原文见附件
2、小规模纳税人开具的增值税普通发票
不可以。收购发票必须是收购方对农业生产者个人开具，不可以对菜市场开具。另外，领购农产品收购发票需要经过主管税务局审批，除要求企业确有收购农产品业务外，还需要具备其他一些条件。
四种抵扣方式包括：
第一种：收到一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，按发票上的税额抵扣
【政策依据】自2018年5月1日起，根据《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定：“纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：除本条第（二）项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。”
第二种：从小规模纳税人购进农产品，取得 3%征收率的增值税专用发票，按票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。注意企业取得的是3%专票却可以按9%计算抵扣，这一点比较特殊。
【政策依据】自2018年5月1日起，根据《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定：“除本条第（二）项规定外，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。”根据《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）规定：“纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%。”即以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额。《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局 海关总署公告2019年第39号）：“二、纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。”
第三种：从农业生产者手中购进农产品，按收购发票和销售发票，注明的买价和9%扣除率计算进项税。
【政策依据】自2018年5 月1 日起，根据《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定：“除本条第（二）项规定外，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。”根据《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）规定：“纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%。”即以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额。《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)：“二、纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。”
第四种：如果购进的农产品用于生产13%税率货物的，在领用当期加计扣除1%的进项税，也就等于实际扣除率是10%。这是营改增后简并税率的时候出现的规定，是为了维持原先的扣税力度而专门制定的。
2019年4月1 日以后，纳税人领用农产品用于生产或委托加工 13%税率的货物，统一按照1%加计抵扣，不再区分所购进农产品是在4月1日前还是4月1日后。
【政策依据】《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019 年第39号）：“二、纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为 9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。”
注意：农产品采取凭票扣税的，除上述四种凭证和四种扣税方式抵扣外，其他凭证和方式均不可抵扣。
政策依据
1.《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（2017年11月19日最新修订）
2.《财政部、国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（ 财税[2011]137号 ）
3. 《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（ 财税[2012]75 号）
4. 《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（ 财税〔2018〕32号）
5. 《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)
财政部、国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知
财税[2011]137 号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）、国家税务局，新疆生产
建设兵团财务局：
经国务院批准，自2012 年1 月1 日起，免征蔬菜流通环节增值税。现将有关
事项通知如下：
一、对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。
蔬菜是指可作副食的草本、木本植物，包括各种蔬菜、菌类植物和少数可作副食的木本植物。蔬菜的主要品种参照《蔬菜主要品种目录》（见附件）执行。
经挑选、清洗、切分、晾晒、包装、脱水、冷藏、冷冻等工序加工的蔬菜，属于本通知所述蔬菜的范围。
各种蔬菜罐头不属于本通知所述蔬菜的范围。蔬菜罐头是指蔬菜经处理、装罐、密封、杀菌或无菌包装而制成的食品。
二、纳税人既销售蔬菜又销售其他增值税应税货物的，应分别核算蔬菜和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受蔬菜增值税免税政策。
财税[2012]75 号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）、国家税务局，新疆生产建设兵团财务局：
经国务院批准，自 2012 年 10 月 1 日起，免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税。现将有关事项通知如下：
免征增值税的鲜活肉产品，是指猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅及其整块或者分割的鲜肉、冷藏或者冷冻肉，内脏、头、尾、骨、蹄、翅、爪等组织。
免征增值税的鲜活蛋产品，是指鸡蛋、鸭蛋、鹅蛋，包括鲜蛋、冷藏蛋以及对其进行破壳分离的蛋液、蛋黄和蛋壳。
上述产品中不包括《中华人民共和国野生动物保护法》所规定的国家珍贵、濒危野生动物及其鲜活肉类、蛋类产品。
三、[本条款废止]《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销
项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。
