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Genecards--人类基因组数据注释系统

Genecards--人类基因组数据注释系统 康昱盛
2017-08-04
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导读:一个全面的人类基因数据库和分析工具,收集整理了超过140个网站的数据,同时整合了文献信息,整理归纳成关于表达,组织,功能,位置,通路,变异,同源基因,来源,文献,药物,疾病等信息。
Genecards

一个包含了全面的人类基因数据库和分析工具,由以色列的Weizmann研究所基因组研究中心开发并于1997年正式投入使用,是一个全面的,综合人类基因有关数据的网上智能检索系统。克服了多个数据库自身格式的局限,同时整合了文献信息,整理归纳成关于表达,功能,位置,通路,变异,同源基因,信息来源,参考文献,疾病等综合信息,收集整理了超过140个网站的内容,辅助用户选词,选库,选择检索途径和构造检索式等,提高了用户搜索效率。到2016年8月份已经收录了149991个人类基因的有关数据。

数据库:

Genecards人类基因组数据库

LifeMap胚胎发育干细胞分化数据库

Malacards人类疾病数据库

Pathcards生物学通路数据库

GeneLoc基因染色体位置等知识库

注:这些数据库针对学术机构免费。
分析工具:

TGex精准医疗分析工具

GeneAnalytics富集分析工具

GeneAlaCart基因批量注释工具

VarElect基因表型关联工具

GenesLikeMe寻找相似基因等分析工具

这些分析工具基于上述几个数据库对基因进行全面分析,是商业工具。


接下来,简单介绍一下Genecards的分析工具


Tgex--知识驱动的高通量测序快速数据分析软件

整合了超过120个数据库的信息,基于高通量测序数据发现基因与表型信息的关联,提供实时评估证据并自动化产生病例报告。做到实时FASTQ/VCF-数据分析-在线完成报告。

TGex平台包括三个主要组成部分:

  • 样品和病例管理-在样品被上传,病人进行管理,并开始分析。TGex始于VCF的阶段,并整合现有的初步分析包括GATK,samtools及其他

  • 自动化的分析以及证据收集–TGex提供了所有全面的,综合的信息来进行数据分析。它利用GeneCards Suite识别变异和表型之间的关系,通过使用简单但功能强大的自由文本搜索,允许任何表型进行输入,根据变异与表型的关联打分对变异进行排序并辅以证据

  • 报告-收集和总结了证据和相关的突变,为临床医生提供参考建议


GeneAlaCart--利用一百多个数据源, 批量注释上传的基因信息


VarElect--基于感兴趣疾病/表型的基因快速筛选工具

通过其强大的知识库(GeneCards领先的人类基因数据库,MalaCards疾病数据库,LifeMap-Discovery®再生医学数据库,以及PathCards人体生物通路数据库)可以快速筛选与感兴趣的表型/疾病具有直接或间接关联的基因和基因变异。直接关联通过数据库或文献的信息来获得,间接的关联通过和直接关联基因有关pathway,相互作用网络,同源基因,以及文献挖掘等途径获得。


GeneAlytics--基因集合富集分析

通过输入基因集合,利用最全面的Genecards四个知识库,去除了多个数据库中的冗余信息,跨越多个知识库并整合了文献信息,对相关的疾病,通路,组织和细胞特异性表达,功能,通路,药物/代谢物等打分,对分析结果进行实时筛选和优化,并给出证据链接。

GenesLikeMe--寻找相似特征基因

Genecards相关案例

TGex应用案例 --寻找先天性腹泻的致病基因

五分钟寻找色素性视网膜炎相关药物


TEL: 021-54975000

E-mail: marketing@cloudscientific.com

URL: www.cloudscientific.com

END


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关于我们

上海康昱盛信息科技有限公司是一家专门提供生物制药领域科学信息整体解决方案的公司。我们拥有一支一流的技术服务团队和资深的专家咨询团队,针对生物医药领域的各种公司、学术机构以及政府部门,提供从生物信息学、化学信息学、药物设计、毒性预测到临床前、临床的数据分析以及管理等一系列国际领先的科研软件产品、平台以及成熟的科学信息解决方案。

【声明】内容源于网络
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康昱盛
生物医药领域信息解决方案供应商:分子模拟、药物设计、基因组学、蛋白组学、生物信号通路分析、电子实验记录本、信息管理系统
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