值得珍藏的几款超实用的化学结构命名及文件格式转换工具

Chemical Identifier Resolver是由NCI/CADD Group提供结构名称转换免费在线服务。

访问地址：https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure

用户直接通过浏览器访问，页面简洁，使用非常方便。在输入框中输入化学结构名称，将其转换成结构或者其它类型的命名。访问页面也提供了在线化学结构编辑器，可以直接绘制结构转换成不同的名称。

目前该服务支持IUPAC Name, CAS, InChI, InChIKey, Smiles, sdf等多种常见命名及文件格式。也可以将化学结构转换成图片格式gif以及3D格式显示。

另外，Chemical Identifier Resolver还可以实现一些简单的计算功能，例如计算化学结构的分子量、氢键供体/受体数目、可旋转键、环数目等。

OPSIN专门解析化合物的IUPAC Name，可以转换成化学结构或者其它命名，提供在线服务及安装包下载。

访问地址：http://opsin.ch.cam.ac.uk/

OPSIN目前支持 InChI, InChIKey, SMILES等格式的输出。使用非常简单，只需要将IUPAC Name复制到输入框中提交即可。

ChemAxon开发的Naming技术包括Name to Structure以及Structure to Name，能够实现化学结构名称的相互转换。

访问地址：https://www.chemaxon.com/products/naming/#s2n

除了支持IUPAC Name和CAS号，还可以识别通用名和药品商品名，甚至支持支持中文和日文名称的转换。实际上Naming是允许用户自定义字典的，因此可以实现自定义的编号或者企业内部ID号与结构的转换。

Naming支持多种使用方式，可以批量处理，非常方便，用户可以通过命令行使用该程序。也可以通过MarvinSketch进行调用，在MarvinSketch中，IUPAC名称可以被转化为化学结构，也可以根据化学结构生成IUPAC名称显示在画板上。IUPAC和通用名还可以在一个单独的窗口产生和显示出来。

另外通过JChem for Excel可以在Excel中将选择的结构或者名称进行转换：

Chemdraw是常见的化学绘图工具，在ChemDraw中也可以进行名称与结构的转换。

访问地址：http://www.cambridgesoft.com/Ensemble_for_Chemistry/ChemDraw/ChemDrawProfessional/

ChemDraw支持IUPAC名称与结构的相互转换。另外，可以通过复制的方式，将结构转换成SMILES, SLN, InChI, InChIKey, mol等形式。但是不方便批量处理。

ChemDraw也可以进行简单的文件格式转换，将文件打开后保存成其它格式的文件，例如mol, sdf, png等。

Open Babel是一款经典的化学文件格式转换的开源软件，支持Windows, Linux, MacOSX等操作系统。

访问地址：http://openbabel.org/wiki/Main_Page

Open Babel的安装及使用非常方便，除了命令行界面还提供了GUI界面，并且支持批量操作。在GUI界面中，用户可以直接提供化学文件，也可以直接将文件内容等直接复制黏贴到输入框中。

Open Babel目前支持113种文件格式，可以读取84种文件格式，保存85种格式。例如，支持下列常用的化学文件格式之间的转换：

Smiles, InChi, sdf, mol, mol2, cdx, pdb

Open Babel也可以将化学结构转换成多种图片格式，例如，png, pov, svg等。

另外，Open Babel支持多种计算模拟软件的文件格式，例如Gaussian输入文件gau，GAMESS输入文件gamin, inp等。还提供了FP2, FP3, MACSS等分子指纹的计算功能。

MolConverter是由ChemAxon公司开发的免费格式转换工具，功能非常全面。

访问地址：https://www.chemaxon.com/products/marvin/molconverter/

用户可以通过下载安装Marvin Bean获得该程序，通过命令行的方式进行操作，支持批量处理。

MolConverter支持多种化学文件格式之间的相互转换：MOL, SDF, RXN, RDF (V2000/V3000), SMILES, MRV, CML, PDB, SMARTS, InChI等。也可以调用ChemAxon的Naming实现IUPAC Name, CAS, 商品名等结构名称的转换。另外，支持结构转换成图片格式输出 (JPG, PNG, BMP, POV, SVG, PDF)。

MolConverter处理化学结构文件时，用户可以通过参数控制如何处理化学结构的某些特性。

计算2D/3D坐标，隐藏显式氢原子等。

Online SMILES Translator是由NCI/CADD Group提供的一个免费在线服务。

访问地址：https://cactus.nci.nih.gov/translate/Online SMILES Translator可以用来处理不同文件格式之间的转换。目前支持SMILES, SDF, PDB, MOL等常见的化学文件格式。使用时可以直接输入化合物的SMILES或者在线绘制化学结构，也可以将本地电脑的化学文件上传作为输入。

JSME是一款免费的化学结构编辑器，可以将绘制的化学结构转换成SMILES或者mol格式文件。

访问地址：http://peter-ertl.com/jsme/

JSME非常小巧，可以在浏览器中打开或者下载。JSME也可以支持iPhone, iPad以及 Android智能手机和平板电脑。用户可以在结构编辑区绘制化学结构，然后可以得到该结构的SMILES式，以及mol格式文件。