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【资源分享】超实用的几款免费使用的在线计算化合物理化性质的工具

【资源分享】超实用的几款免费使用的在线计算化合物理化性质的工具 康昱盛
2017-04-14
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导读:在药物发现过程中,很多进入临床实验的候选药物由于毒性或者药物代动力学性质不理想而失败。而理化性质作为早期对药代动力学及毒性的评估手段之一,如何准确计算?用什么样的工具计算?别苦恼,小编马上为您支妙招,

 

大家是否还记得:前段时间,小编给大家分享了一篇关于化合物性质预测及网页化学信息挖掘免费在线服务工具网络分享课的小推文,意想不到的是这堂分享课的主角正是今天小编为大家推荐的几款免费使用的在线计算化合物理化性质的工具的一员—Chemicalize。更有缘的是:开课时间(2017/04/26 (周三) 下午3:00 - 4:00),您还没有错过,之前没有get到的小伙伴

【网络分享课】推荐一款化合物性质预测及网页化学信息挖掘免费在线服务工具:Chemicalize!


言归正传,下面正式开始介绍“在线计算化合物理化性质的工具”!


导读

在药物发现过程中,候选药物分子的药物代动力学性质及毒性至关重要。很多进入临床实验的候选药物由于毒性或者药物代动力学性质不理想而失败。人们很早就提出在药物发现的早期就对对药物分子的吸收、分布、代谢、排泄及毒性进行评估。药物分子的药代动力学及毒性与它的理化性质息息相关,例如水溶性、离子化状态、疏水性、氢键数量等。因此理化性质可以作为早期对药代动力学及毒性的评估手段之一,例如著名的类药五规则就包括分子量、氢键、脂水分配系数、可旋转键等性质。目前已经有很多可以计算化合物理化性质的软件,接下来小编给大家推荐几款可以免费使用的在线计算化合物理化性质的工具,拿好不谢!


ALOGPS

ALOGPS是Virtual Computational Chemistry Laboratory(VCCLAB)提供的在线服务之一,主要用于计算化合物的LogP, water solubility和pKa。

访问地址:http://146.107.217.178/lab/alogps/start.html

在ALOGPS中用户可以在线编辑化合物结构,也可以输入化合物的CAS RN或者SMILES提交化合物结构。批量的化合物可以通过文件上传的方式提交,支持mol, sdf, smiles等文件格式。

通过ALOGPS用户可以得到多种算法的计算结果,例如Pharma Algorithms LogP, LogS and pKa, Actelion LogP & LogS等。因此,用户可以很方便的对比不同的计算结果。除了LogP, LogS和pKa,ALOGPS还可以给出CAS RN, Formula, Molecular weight, SMILES等信息。多次计算时,可以随时查看之前的计算结果。


Chemicalize

Chemicalize是由ChemAxon提供的免费在线服务,包括理化性质计算、专利及网页化学信息检索以及不同国家的化合物管制信息

访问地址:https://chemicalize.com/

Chemicalize提供了全面的基于结构的计算功能,基本属性包括Molar mass, Formula, composition以及类药五规则。另外包括pKa, LogP/LogD, Solubility等性质。并且对于LogP/LogD, Solubility, Isoelectric point等性质,Chemicalize详尽地列出了不同PH条件下的计算值。

Chemicalize支持多种名称的输入,例如化合物的IUPAC Name, SMILES, InChI, CAS RN以及商品名和通用名等。也可以在线编辑或者上传化合物结构文件。化学结构及计算结果可以分别用sdf及csv格式的文件导出,方便用户查看。

Chemicalize需要用户注册使用,并且为用户记录计算历史,用户可以随时查看之前的计算结果。基本属性的计算完全免费,用户每个月可以免费获得100Credits用于其它性质的计算。

除了计算功能,Chemicalize的专利及网页化学信息检索非常出色,特别是对于喜欢使用Google Patent的用户,在国内不需要翻墙就可以在Chemicalize中检索USPTO专利。另外,如果你希望把正在浏览的网页中的化学名称自动提取出来,并且转换成可以编辑的结构,可以直接将该网页的URL复制到Chemicalize。


Molinspiration

Molinspiration是一个预测化合物的性质以及生物活性打分的在线工具

访问地址:http://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties

Molinspiration非常简单,在线编辑结构或者提供化合物的SMILES。可以计算的性质比较少,主要包括LogP, TPSA, 分子量,可选转键及氢键供体受体的数量。计算的结果不能导出,只能进行复制黏贴。

另外,Molinspiration对计算数量有一定的限制,每个IP地址每个月最多计算1000个分子。


ACD/I-Lab

ACD/I-Lab是由ACD/Labs提供的在线计算服务

访问地址:https://ilab.acdlabs.com/iLab2/index.php

I-Lab采用与ACD桌面版软件相同的算法预测化合物的理化性质。用户需要提供化合物的SMILES或者mol, skc, sk2, cdx格式的文件上传。也可以在线编辑化合物结构。

I-Lab的计算功能分为多个种类,其中只有基本理化性质的计算是免费的,其中包括了类药五规则的计算:分子量、氢键供体数目、氢键受体数目、TPSA、可旋转键数目。另外还包括一些基本的物理性质如折射率等,以及质谱相关的性质。


OCHEM

OCHEM是一个在线的QSAR平台

访问地址https://ochem.eu/

在OCHEM中,用户可以自己上传数据,构建QSAR模型。对于简单的理化性质预测,用户可以直接使用OCHEM Predictor进行计算。OCHEM Predictor包括了很多的发布QSAR模型,可以查看每个模型的详细信息,例如模型的数据集、R2、q2等。用户可以自由选择应用的模型,或者同时使用多个模型进行预测对比计算结果。

用户可以通过SDF, MOL2, SMILES或者Excel格式的文件上传化合物结构,并且可以在OCHEM中对上传的化合物进行管理。OCHEM为计算结果提供了专门的浏览页面,可以查看化合物结构,或者对计算属性进行排序等操作。用户也可以将计算结果导出Excel, CSV,  SDF等格式的文件。

预测类型不但包括LogP, solubility等常用的理化性质,还包括毒性、P450抑制剂等预测模型。


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