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如何从文献中快速、直接提取化合物信息?

如何从文献中快速、直接提取化合物信息? 康昱盛
2016-09-26
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导读:从文献中批量提取化合物信息是化学或制药行业的研发人员常常无法避免的工作,如何省时省力直接又高效精准呢?

为了更方便的进行化学相关数据的分析和研究,化学或制药行业的研发人员常常无法避免的首要工作是如何省时省力的直接从化学期刊或者专利文献提取感兴趣的化合物信息?但问题是,怎样才能分分钟实现这种高效的提取方式呢?今天为大家介绍一款可以高效准确地从文献中批量提取化合物信息的软件---ChemCurator


下面通过一个具体的实例来讲述ChemCurator是如何实现快速准确地从文献中批量提取化合物信息?


第一步将一篇需要处理的文献导入ChemCurator进行注解



Chemcurator对文献进行注解后,会将文献中所有的化合物名称和化学结构高亮显示出来。


当鼠标点中某个高亮区域时,它所对应的化学结构就会在下方的对话框中显示出来。如下图所示,”3-(2-(methoxycarbonyl)acetylamino)pyridine-4-carboxylic acid “这样的IUPAC系统命名,或者”tyrosine”这样的化合物通用名,都能够被标记出来,对应的化学结构也能够在被鼠标点中时显示出来。


而文献中原本是图片格式的化学结构,也会被转化为可编辑的化学结构。


第二步将注解出来的化合物提取到化合物列表中


我们可以建立一个化合物列表,手动将所需的化合物拖放到化合物列表中。

图:单个提取--用鼠标将需要提取的化合物拖放到列表中


另外,我们也可以通过结构检索的方式将化学结构批量提取到列表中。例如我们通过如下的子结构进行提问,将所有包含此子结构的化合物都提取到列表中。

图:批量提取--将所有包含特定子结构的化合物提取到列表中


这样我们一次便提取了40个化学结构出来。


第三步可以对化合物的相关数据进行提取


化合物列表中提取出来的化合物,是跟原始文献对应的文本(或者图片)直接关联的。点击列表中的某个化合物记录,左侧的文献窗口便会自动跳转到这个化合物被提取出来的位置。这样我们可以很方便的找到这个化合物上下文中是否有相关的理化性质或者生物活性数据。

然后,我们可以在化合物列表中添加几个新的列,从原文中以复制、粘贴的方式将相关的数据提取到列表中。


第四步可以将提取出来的化合物及相关数据进行共享


共享的方式有多种:

1.可以通过ChemCurator服务器将已经处理好的文献进行发布,其他的用户便可以下载此文献,查看提取出来的化合物和数据。


2.可以将提取的化合物和数据直接存入化合物数据库(如Instant JChem数据库)中进行共享。这样在研发人员阅读文献的过程中,处理过的文献数据便会在数据库中累积起来,同机构的研发人员可以随时以各种检索方式查询其中的化合物和数据,来支持构效关系分析和化合物设计的工作。


今天小编推荐的从文献中直接提取化合物信息的软件-- ChemCurator,是不是很给力?是不是想要了解更多呢?告诉大家一个好消息,大大的福利来了!


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