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欢迎大家前来阅读本期资讯~
本期内容我们有一些关于序列数据库管理的提示和技巧。
本期的特色文章提出了一个新方法，用于多肽和蛋白质的ADP-核糖基化的鉴定和位点确定。
如果您在近期有发表的文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。
数据库管理要点
虽然数据库搜索主要输入的只是序列数据库和质谱数据，但有时会出现一些常见的问题，导致搜库没那么顺利。以下是一些如何将它们对你工作的影响最小化的建议。
· 新的数据库在测试搜索中可能会超时——在configuration editor中增加MonitorTestTimeout的设置。
· 如果你的研究对象是非实验室物种，比如家畜，我们建议使用Uniprot蛋白质组模板建立一个自定义蛋白质组数据库。
· 在新的数据库上线后，如果您看到一个错误报告说查询号（accession）超过50个字符，请返回数据库中configuration detail这里的设置并选择一个更好的解析规则。
· 单个序列的长度有一个软限制，如果超过了默认值，就会看到错误。编辑MaxSequenceLen选项
· 当搜索核酸数据库时，Mascot Server会在运行中执行六框读码的翻译方式。有些第三方软件客户端不支持核酸数据库搜索，所以需要使用web浏览器递交搜库任务或Mascot Daemon提交搜索。
使用Mascot发表的特色文章
在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。
Gas-Phase Fragmentation of ADP-Ribosylated Peptides: Arginine-Specific Side-Chain Losses and Their Implication in Database Searches
Peter M. Gehrig, Kathrin Nowak, Christian Panse, Mario Leutert, Jonas Grossmann, Ralph Schlapbach, and Michael O. Hottiger
Journal of the American Society for Mass Spectrometry published online November 3, 2020
ADP-核糖基化肽段的修饰和位点定位由于修饰肽的不稳定性和大量可能的氨基酸受体位点，很难对其鉴定。作者使用了取自HeLa细胞和野生型小鼠骨骼肌组织的样本，胰酶消化并富集了ADP-核糖体结合宏观结构域蛋白。LC-MS/MS在HCD模式全扫，以及HCD触发的EThcD产生的 MS/MS提供了ADP -核糖部分或肽骨架的丰富谱图信息。
作者自定义了ADP -核糖基化修饰，并包括数据库搜索中b和y离子583.08 Da片段的丢失。这使得ADP核糖体化肽的鉴定提高了至少30%。肽段鉴定分数和PTM位点打分都因鉴定出的序列特异性片段离子数量增加而提高。
对于富含ADP-核糖基化修饰的精氨酸的样品，主要强调HCD裂解方式和583.08 Da中性丢失的设置。ADP -核糖与丝氨酸、谷氨酸或天冬氨酸之间的不稳定的O-糖苷键使这些修饰的位点确认比较困难，因为这是主要的碎裂位点，提供的特征离子很少。
以上就是本月Mascot简讯的全部内容，如果想要了解关于更多Mascot详情，欢迎点击“阅读原文”进入我们的官方网站或直接联系我们。
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