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本月的重点描述了作者如何刺激突触蛋白和定量唾液酸化,可能显示了一种新的神经传递模式。如果您近期有发表文章,并且希望列举在下一期的Newsletter中,请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。
本月的Mascot小贴士解释了Mascot Server Database Manager中自定义配置和预定义配置之间的区别。
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根据Quantitation Summary创建图表
为了举例说明用几行R脚本可以做什么,我们用一个非小细胞肺癌中致癌的microRNAs的10-plex TMT数据集测试了一下。很容易画出箱体图、PCA聚类、热图和火山图。
为帮助您入门,Mascot Daemon帮助文件中清晰说明了Sample Map和 Quantitation Summary,并且Bioconductor具有大量的支持和教程材料。
使用Mascot发表的特色文章
在这里,我们重点介绍了最近有趣且重要的文章,该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定,定量或表征,如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们一个PDF或URL。
Depolarization-dependent induction of site-specific changes in sialylation on N-linked glycoproteins in rat nerve terminals
Molecular & Cellular Proteomics 19, 1418-1435 (2020)

作者研究了唾液酸化作用对从大鼠脑神经末梢分离的突触蛋白N -连接糖基化的影响。利用TiO2色谱法结合酶解去糖基化,TMT定量和LC-MS/MS结核,他们鉴定出了超过5000个蛋白质。
还刺激细胞5秒钟。与KCI一起使用,这种去极化导致了多种唾液酸化和去唾液酸化发生。作者发现在去极化作用5秒后,430个糖基化位点的丰度发生了变化。由此,他们提出唾液酸化是一种动态PTM,可能对神经末梢的突触传递过程有重大影响。
他们还对蛋白质组学数据进行了筛选,以坚定可能负责唾液酸化和去唾液酸化的酶,发现3种唾液酸苷酶和8种唾液酰转移酶类。
Mascot 小贴士
自定义很容易描述和理解:即在指定配置的方面,比如下载URL和分析规则。您可以使用现有的定义作为模板,也可以从头开始。
预定义的意思是Matrix Science已经指定了配置,只能进行有限的更改。预定义数据库有以下几个优点:
· 只需要单击几下即可启动和运行
· 可靠和经过测试的配置
· Matrix Science 保持最新的自定义
这两种类型的数据库definition都可以设置为自动更新,也可以不设置更新计划。启用自动更新的唯一要求是该definition指定了所有所需文件的下载 URL。所有pre definition都有下载 URL,但对于自定义数据库的方式来说,这是可选的。
以上就是本月Mascot简讯的全部内容,如果想要了解关于更多Mascot详情,欢迎点击“阅读原文”进入我们的官方网站或直接联系我们。
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