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【Mascot Newsletter 2020-10】利用Quantitation Summary功能快速绘制定量统计图表

【Mascot Newsletter 2020-10】利用Quantitation Summary功能快速绘制定量统计图表 康昱盛
2020-10-29
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欢迎大家前来阅读本期资讯~
本月的重点描述了作者如何刺激突触蛋白和定量唾液酸化,可能显示了一种新的神经传递模式。如果您近期有发表文章,并且希望列举在下一期的Newsletter中,请将相关的PDF文档URL链接发给我们。
本月的Mascot小贴士解释了Mascot Server Database Manager中自定义配置和预定义配置之间的区别。
如果您有任何意见或问题,请随时联系我们

根据Quantitation Summary创建图表

将表达数据编辑成Quantitation Summary后,即可使用各种强大的第三方软件工具进行数据分析和可视化。最简单的方法是在Excel中操作数据,尽管这在一定程度上受到限制,而Perseus应用程序提供了一系列带有图形用户界面的工具。对于更多工具,Bioconductor提供了200多个用于蛋白质组学和质谱数据分析的脚本。

为了举例说明用几行R脚本可以做什么,我们用一个非小细胞肺癌中致癌的microRNAs的10-plex TMT数据集测试了一下。很容易画出箱体图、PCA聚类、热图和火山图。

为帮助您入门,Mascot Daemon帮助文件中清晰说明了Sample Map和 Quantitation Summary,并且Bioconductor具有大量的支持和教程材料。





使用Mascot发表的特色文章

在这里,我们重点介绍了最近有趣且重要的文章,该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定,定量或表征,如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们一个PDF或URL。

Depolarization-dependent induction of site-specific changes in sialylation on N-linked glycoproteins in rat nerve terminals 
Molecular & Cellular Proteomics 19, 1418-1435 (2020) 

作者研究了唾液酸化作用对从大鼠脑神经末梢分离的突触蛋白N -连接糖基化的影响。利用TiO2色谱法结合酶解去糖基化,TMT定量和LC-MS/MS结核,他们鉴定出了超过5000个蛋白质。
还刺激细胞5秒钟。与KCI一起使用,这种去极化导致了多种唾液酸化和去唾液酸化发生。作者发现在去极化作用5秒后,430个糖基化位点的丰度发生了变化。由此,他们提出唾液酸化是一种动态PTM,可能对神经末梢的突触传递过程有重大影响。
他们还对蛋白质组学数据进行了筛选,以坚定可能负责唾液酸化和去唾液酸化的酶,发现3种唾液酸苷酶和8种唾液酰转移酶类。

Mascot 小贴士 



Mascot Server Database Manager提供了两种类型的数据库定义:自定义和预定义。
自定义很容易描述和理解:即在指定配置的方面,比如下载URL和分析规则。您可以使用现有的定义作为模板,也可以从头开始。
预定义的意思是Matrix Science已经指定了配置,只能进行有限的更改。预定义数据库有以下几个优点: 
· 只需要单击几下即可启动和运行
· 可靠和经过测试的配置
· Matrix Science 保持最新的自定义
值得指出的是,如果更改了某些内容,比如下载URL或标题行格式,我们将更新definition,以便下次您要更新本地数据库文件时它是正确的。我们还建议为使用物种分类文件的任意数据库选择预定义,否则这会使自定义变得更加复杂。
这两种类型的数据库definition都可以设置为自动更新,也可以不设置更新计划。启用自动更新的唯一要求是该definition指定了所有所需文件的下载 URL。所有pre definition都有下载 URL,但对于自定义数据库的方式来说,这是可选的。

以上就是本月Mascot简讯的全部内容,如果想要了解关于更多Mascot详情,欢迎点击“阅读原文”进入我们的官方网站或直接联系我们。

Tel: 021-54975000

E-mail: support@cloudscientific.com‍


关于我们

上海康昱盛信息科技有限公司是一家专门提供生物制药领域科学信息整体解决方案的公司。我们拥有一支一流的技术服务团队和资深的专家咨询团队,针对生物医药领域的各种公司、学术机构以及政府部门,提供从生物信息学、化学信息学、药物设计、毒性预测到临床前、临床的数据分析以及管理等一系列国际领先的科研软件产品、平台以及成熟的科学信息解决方案。
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