Mascot Blog专题 | Matrix Science 25周年啦！- 大数跨境

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Mascot Blog专题 | Matrix Science 25周年啦！

康昱盛

2023-03-07

导读：Mascot Server 2.7及之前版本升级至2.8八折优惠！

为庆祝Matrix Science成立25周年，Mascot Server 2.7及之前版本升级至2.8可享8折优惠！

自1998年John Cottrell和David Creasy成立Matrix Science公司以来，无论是质谱技术还是数据分析的算法都有了很大的提升，当时的科学前沿显然已与当下的蛋白质组学研究相差悬殊。任何公司或者产品的成功都源于种种原因，但毫无异议的是，没有用户的支持，任何产品都无法长久发展下去。感谢所有在过去四分之一个世纪的时间里，对Mascot产品信任与支持的用户，也很感谢大家在使用过程中提供的体验反馈、bugs以及改进建议等，让Mascot能不断优化，为大家提供优质的数据分析平台。

在1998公司成立之初，Mascot Server是从英国帝国癌症研究基金会获得MOWSE的授权后开发而成的。此后产品不断改进，如今在Mascot Server中已很难找到任何MOWSE原始源代码的痕迹。在Matrix Science官网中，Database Search Help页面就可以看出这些年来引入的新功能的程度。

Mascot Server是1998年11月开始首次公开运行的。当时Server的使用是免费的，适用于小型数据库搜索，并持续版本更新。截至目前，用户仍然可以访问公共的free Server^[1]提交小规模的数据搜库。自推出以来，仅free Server已经完成了的搜库任务就已达2700多万次。此外，还有已购license的用户各自本地完成的所有搜库，Mascot已帮助众多研究者完成数据分析。

其实，这么多年来，free Server所谓的“小规模数据”也在不断升级。最开始的时候，限制是每次搜索300张MS/MS谱，这对当时的质谱数据来说，已经是一个很高的值了。随后，蛋白质组学实验的规模急剧增长，现在free Server的限制是2万张MS/MS谱。如果您已经采购本地的Mascot Server，用数百万条蛋白序列的数据库检索数百万张二级谱也已不足为奇，唯一的限制就是硬件资源。

在2000年到2006年间，Mascot Server除了支持Windows和Linux之外，还增加了对多种处理器架构和操作系统的支持。有多少读者还记得IBM AIX (PowerPC)、Sun Solaris (SPARC)、HP Tru64 Unix (Compaq Alpha)或SGI IRIX (MIPS)？当AMD在2003年推出64位x86架构，几年后多核x86处理器便成为了标准，其他架构逐渐从工作站和服务器市场消失。从2.2版本及以后，Mascot Server仅保留x86的Windows和Linux系统支持。

2000年发布的Mascot Server 1.5时，首次推出了Mascot Daemon^[2]，它是与Mascot Server绑定的自动化客户端，便于批量提交和管理搜库任务。此后，Daemon的主要版本都会与Mascot Server的新版本同时发布，并在添加新功能时进行相应的更新。

Mascot Distiller^[3]最初是一个用于浏览和处理原始质谱数据的GUI应用程序，2003年首次推出1.0版本。多年来，Distiller已经发展成为使用Mascot Server或de novo进行蛋白质和多肽鉴定的完整解决方案，并可以完成所有同位素标记与非标记定量。更重要的是，Distiller与Daemon、Server的整合创建了一个从原始数据到蛋白质定性定量的全自动工作流。

[1] https://www.matrixscience.com/search_form_select.html

[2] https://www.matrixscience.com/daemon.html
[3] https://www.matrixscience.com/distiller.html

Mascot将来又会如何?其实目标从未改变，那就是为广大研究者提供适用于任何仪器平台的可靠、高性能的数据分析解决方案。数据非依赖采集(DIA)确实已经成为当前的一个研究热点，但Mascot还没有提供集成的解决方案。机器学习是当今的流行语，尽管Mascot从2.3版本开始就与Percolator一起发布，但目前还没有利用其最新的算法来预测保留时间或肽段的理论MS/MS谱。蛋白质谱的数据集和实验的规模不断增加，这就需要持续关注分析超大数据集的可延展性、速度和便捷性。Matrix Science也还有更多的产品计划发布，以应对当下和未来的蛋白质组学挑战，敬请期待！

作为Mascot在中国地区（除台湾省外）唯一的授权代理伙伴，康昱盛希望与Matrix Science一起，继续为广大用户提供优质的服务！

最后，再次祝贺Matrix Science 成立25周年快乐！