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【Mascot Newsletter2024-03】为什么大量用户选择Mascot？制胜之道

【Mascot Newsletter2024-03】为什么大量用户选择Mascot？制胜之道 康昱盛
2024-03-14
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导读：【本月博客】Mascot Security 账户设置【本月文章】Mascot与PEAKS在鉴定FPOP肽段和修饰位点方面的相对性能【本月贴士】为什么许多用户选择商业版Mascot？

欢迎阅读第112期Mascot资讯！

【本月博客】Mascot Security设置可以使共事者无需登录即可轻松提交搜索，而管理员端则受密码保护。

【本月文章】Mascot和PEAKS在鉴定FPOP肽段和修饰位点方面的相对性能。

【本月贴士】为什么许多用户选择商业版Mascot？

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们，联系方式请见文末。


Mascot：深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件



博客

Mascot Server：

无需登录，轻松搜索

Mascot Server包含一个名为"Mascot Security"的基于角色的访问机制，应用该安全功能时，可以控制对Mascot Server系统各部分的访问。

使用安全功能的最简单方法是设置管理员"admin"账号，使得只有在更改全局设置时才要求密码登录，而搜索和结果查看无需密码，这种方法适用于不对外共享研究成果或不需要限制访问服务器搜索功能的实验室。

在应用以上设置时，首先以管理员身份登录，进入安全设置，然后激活"guest"用户，"guest"是一个不需要密码的用户账户。此外，更改guest用户的设置，使其可以发送和显示搜索结果，访问数据库，并使用Mascot Distiller和Mascot Daemon连接到服务器。guest用户"自动"登录，无需密码，并可在正常范围内使用Mascot，但此类用户无权更改全局设置。
另一种获得相同效果的方法是配置Mascot，使用Microsoft Active Directory或各种单点登录系统进行网络服务器身份验证。
您可以在官方最近的博客文章[1]中了解如何实现这些方法，也可在公众号后台回复"Mascot Security"，将有专业的技术支持为您指导如何将此功能应用到您的实验室团队协作中。

文章

定量评估肽鉴定体系对蛋白质

快速光化学氧化分析结果的影响



Quantifying the Impact of the Peptide Identification Framework on the Results of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis[2]
Marek Zakopcanik, Daniel Kavan, Petr Novak, and Dmitry S. Loginov

J. Proteome Res. 2024, 23, 2, 609–617

论文作者详细研究了Mascot和PEAKS在鉴定血红蛋白-巯基蛋白快速光化学氧化（FPOP）的肽段和修饰位点方面的性能，其数据集来源于timsTOF。
作为论文众多例子之一，三价肽VADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHK中Met15的氧化在两个搜索引擎都能被识别出大量的碎片离子并拥有很高的分数，但PEAKS没有考虑到Mascot所给出的相对较强的y14和b18离子信号。
此外，Mascot对氧化定位的确定性评估几乎100%，而PEAKS只能将其确定性评估为低等级，AScore为11.12。在其他情况下，PEAKS的AScore值无法为修饰定位的确定性提供可靠的指导，而Mascot即使PSM分数较低，也有能力评估可能的定位点。
在论文的最后，作者指出："我们的结论是，在FPOP数据中使用Mascot 可以提供更可靠、更易懂的鉴定结果，并减少人工验证的需要"。

贴士

实验室中的MASCOT

目前有许多用于蛋白质鉴定和蛋白质定量的免费软件解决方案，有些是开源的，有些是闭源且免费发布。对此，商业版Mascot有哪些优势？下面列出了一些因素：

- Mascot是一款成熟的软件，在25年的实际使用中得到了"磨砺"，每年被2000多篇论文引用
- 卓越的性能和可扩展性
- 数据库搜索结果完全可重复
- 深入数据，亲眼验证证据
- 丰富的在线文档和培训材料
- 流程的每个方面都可实现自动化
- 优秀的软件维护与支持
如需进一步了解为何要在实验室中使用Mascot，请参阅Mascot for researchers [3]，其中详细介绍了上述所有要点，除此之外还可联系康昱盛针对商业版Mascot进行咨询。

滑动查看相关链接：

[1]https://www.matrixscience.com/blog/mascot-security-guest-users-and-administrators.html

[2]https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.3c00390

[3]https://www.matrixscience.com/mascot_for_researchers.html


以上就是本月Mascot咨讯的全部内容，如果想要了解更多Mascot软件详情，欢迎进入我们的官方网站或直接联系我们。

Tel: 021-54975000

E-mail: support@cloudscientific.com‍

Web: www.cloudscientific.com
— 往期回顾 —

【Mascot Newsletter 2024-01】Matrix Science祝大家新年快乐！

【Mascot Newsletter 2024-02】新方法！Mascot鉴定DIA数据中意料之外的修饰

 Mascot如何对窄窗口DIA数据进行搜索？

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【声明】内容源于网络
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康昱盛
生物医药领域信息解决方案供应商：分子模拟、药物设计、基因组学、蛋白组学、生物信号通路分析、电子实验记录本、信息管理系统
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