新年快乐！欢迎阅读第123期Mascot资讯！
⏩Mascot vs FragPipe
⏩使用Mascot发表的特色文章
⏩Mascot Server 3.1
⏩关于Matrix Science
Mascot：25年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准
揭示内源性蛋白水解过程
（Mascot vs FragPipe）
研究内源性蛋白水解过程（或称N端蛋白质组学）需要对半特异性肽段进行数据库搜索。Mascot Server 3.0包含用于碎片强度预测的MS²PIP机器学习模型，这对半特异性鉴定有很大提升。
我们重新分析了一项近期发表的数据，该数据已上传至 MassIVE。研究者处理了来自小鼠多囊肾病（PKD）模型的TMTpro标记样本。TMTpro标记是在蛋白质水平进行的，因此必须将N端标记视为可变修饰。我们还使用了定制化的酶来模拟切割规则，因为胰蛋白酶无法在TMTpro标记的赖氨酸处切割。
最新版本的FragPipe采用了与MS²PIP相同的重评分方法，由MSBoost提供预测。结果显示，Mascot+MS²PIP至少能找到与FragPipe+MSBoost相同数量的蛋白质命中，但在1% FDR下还能多鉴定到约13%的独特肽段序列。这些搜索是在小鼠蛋白质组（63k entries）中进行的，相对于Mascot的设计能力来说，这个数据库规模很小。在一台最新的16核心PC上，semi-tryptic（半胰蛋白酶切割）Mascot搜索仅需5分钟，机器学习在搜索结束后再花费几分钟。
Mascot vs FragPipe: Uncovering endogenous proteolytic processing (matrixscience.com)
使用Mascot发表的特色文章
在这里我们重点介绍了最近一篇有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。
Comprehensive discovery and functional characterization of the noncanonical proteome
研究人员从Ensembl的人类转录组数据出发，构建了一个包含超过1100万个潜在小开放阅读框（sORFs）的参考数据库。他们对癌症/副癌症组织、正常胃组织和AGS胃癌细胞系的多个样本进行了制备。样本经过研磨和裂解后，使用超滤串联质谱（ultrafiltration tandem MS）进行分析。使用Mascot数据库搜索，研究人员在这1100万个sORFs中发现了8495个与先前未注释的肽段匹配的结果。其中，4866个肽段至少被两个肽段匹配（PSM）支持，2290个肽段在不同样本中都有检测到。
生物信息学分析显示，这些新发现的肽段基因主要位于17、19和22号染色体上。研究人员使用CRISPR筛选技术，识别出1161个影响AGS细胞增殖的肽段候选者，其中大多数似乎作为促增殖调节因子发挥作用。他们还从CRISPR筛选中选取了100个具有显著表型效应的肽段，利用AlphaFold2和肽-蛋白相互作用网络进行了功能预测。最后，研究人员建立了人类新型肽段图谱数据库，以鼓励对这些新发现的肽段进行进一步的表征和验证。
Mascot Server 3.1
客户端API进行了两方面的增强。您现在可以在仪器定义中直接设置机器学习参数，例如，为您的仪器选择特定的MS²PIP模型。启用后，Mascot会在数据库搜索后运行机器学习，并将优化后的结果发送到客户端软件。所有使用“result_file_mime”API调用的软件，包括所有版本的Thermo Proteome Discoverer™，都可以自动使用此功能，无需任何软件修改。
此补丁版本还解决了Mascot Server 3.0中报告的一些错误和问题，因此我们建议所有用户进行更新。
Matrix Science
Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot软件全线支持来自AB Sciex，Agilent，Bruker，Shimadzu，Thermo Scientific以及Waters质谱仪生成的质谱数据。请联系康昱盛以获取更多的信息。
Matrix Science
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【Mascot Newsletter 2025-01】了解Mascot如何使用机器学习，表征细菌微囊，Mascot蛋白质推断
【Mascot Newsletter 2024-12】在Mascot Server 3.0中选择最佳MS²PIP模型预测肽段碎片
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