线上讲座 | MOE在PROTAC研究中的前沿应用- 大数跨境

康昱盛

2025-03-18

导读：为了更好地介绍MOE在PROTAC研究中的应用，我们将于3月27日下午3点举办在线讲座，介绍MOE在PROTAC研究中的模拟方法，筛选工具与实际应用。

PROTAC技术(PROteolysis TArgeting Chimera)是近年来药物研发的新兴领域之一。PROTAC分子一端是靶蛋白配体，另一端是E3泛素连接酶配体，中间通过连接子（linker）连接。通过构建三元复合物（Ternary Complex），PROTAC将靶蛋白与E3泛素连接酶结合，从而实现靶蛋白的选择性降解。PROTAC是靶向蛋白降解（TPD，Targeted Protein Degradation）的重要策略之一，目前全球多家制药企业（如Arvinas公司）正在积极推进PROTAC药物研发，多个候选药物已进入临床试验阶段。

在PROTAC的计算机模拟方面，合理的分子设计与优化对于提高降解效率至关重要。计算模拟能够在早期阶段帮助筛选潜在的PROTAC分子，模拟三元复合体的结合模式并评价结合打分，减少实验筛选的时间和成本。加拿大化学计算集团（Chemcial Computing Group，CCG）在2019年和2020年连续发表两篇文章，介绍使用MOE（Molecular Operating Environment）软件进行PROTAC的三元复合物建模方法，并持续优化算法，以提高模拟精度^[1,2]。

使用MOE PROTAC工具方法4B模拟的PROTAC三元复合物结构

当前，MOE实现了6种建模策略。其中，方法4B能够有效模拟不同Linker对形成三元复合体的影响，为PROTAC的理性设计提供有力支持。此外，MOE近期还开发了partialPROTAC Screening Tools，提供一系列预构建的Linker构象集合，支持用户快速筛选合适长度的PROTAC连接子。

PROTAC建模方法4B

为了更好地介绍MOE在PROTAC研究中的应用，我们将于3月27日下午3点举办在线讲座，介绍MOE在PROTAC研究中的模拟方法，筛选工具与实际应用。

讲座时间：

3月27日（周四）15:00-16:00

本次讲座将涵盖以下内容：

▶ PROTAC的计算机建模方法介绍；

▶ MOE针对PROTAC三元复合物的最新建模工具和优化策略；

▶ 通过MOE进行PROTAC分子筛选的案例分享。

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参考文献

[1] Drummond, M.L.; Williams, C.I. In Silico Modeling of PROTAC-Mediated Ternary Complexes: Validation and Application. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 1634-1644; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00872

[2] Drummond, M. L.; Henry, A.; Li, H.; and Williams, C. I. Improved Accuracy for Modeling PROTAC-Mediated Ternary Complex Formation and Targeted Protein Degradation via New In Silico Methodologies. J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 5234-5254; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00897

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