线上讲座 | 剑桥晶体结构数据中心CCDC系列在线讲座- 大数跨境

康昱盛

2024-07-08

导读：剑桥结构数据库（CSD）由剑桥晶体数据中心（CCDC）维护，是全球最大的小分子晶体结构数据库，包含近129万

剑桥结构数据库（CSD）由剑桥晶体数据中心（CCDC）维护，是全球最大的小分子晶体结构数据库，包含近129万个结构。CSD不仅是数据存储的宝库，更是开发新药、农用化学品和新型功能材料的重要数据源。

为了更好地利用这一庞大资源，CCDC提供了一系列先进的软件工具，包括CSD-CrossMiner、GOLD和Mogul。这些工具结合了丰富的CSD晶体数据，帮助科学家们更好地理解分子间的相互作用，支持药物分子的优化和新药的开发。

讲座目的

本次CCDC系列在线讲座旨在深入探讨如何高效利用CCDC的工具，从庞大的晶体数据库中提取关键信息，以支持并加速创新药物的研发过程。

在此次系列讲座中，您将学习如何使用CSD-CrossMiner进行药效团导向的结构数据库探索，快速识别与目标分子具有相似结合模式的共晶结构。我们将展示GOLD软件在处理含有金属离子的体系以及大环分子对接方面的优势和创新应用。此外，我们还将深入介绍和演示Mogul和ConQuest在获取分子扭转角分布知识及优化分子构象设计中的实际操作，帮助您在药物设计过程中做出更精准的决策。

▶ 主题一

药效团导向的结构数据库探索：

CSD-CrossMiner在现代药物发现中的创新应用

👉 讲座时间

7月18日（周四）15:00-16:20

药效团是药物分子中与生物靶点发生特定相互作用的化学特征，构建药效团模型是计算药物设计的一种重要方法。CSD-CrossMiner是一款基于药效团搜索数据库的创新工具，能够在CSD和PDB中高效搜索匹配的结构。通过CSD-CrossMiner，研究人员可以交互式地构建和修改药效团特征，识别关键的分子骨架和相互作用模式，从而加速新药的发现和优化。

👉 讲座内容

在本次讲座中，我们将详尽介绍CSD-CrossMiner的工作原理和独特特点，并详细解释各种药效团特征及其在药物设计中的应用。

此外，我们将通过实际案例展示CSD-CrossMiner在不同研究场景下的多功能性，特别是在骨架跃迁和反向寻靶的应用。通过操作演示，您将直观体验该软件的高级功能，学习如何有效地构建药效团，优化您的分子设计。

▶ 主题二

揭秘金属离子与大环分子：

通过GOLD软件进行精准对接

👉 讲座时间

7月25日（周四）15:00-16:20

金属离子和大环分子在药物研发项目中非常常见，但其复杂的结构和相互作用模式对分子对接提出了更高的要求。GOLD是CCDC开发的一款专业软件，为蛋白质-配体对接提供了完整的解决方案。依托于CCDC丰富的晶体数据，GOLD在生成分子对接构象、处理含金属离子的体系对接以及模拟有水分子参与的配体-蛋白质相互作用等方面展现出显著优势。通过使用GOLD软件，研究人员可以精确模拟分子结合构象，探索分子间的相互作用，从而优化药物设计。

👉 讲座内容

在本次讲座中，我们将详尽介绍GOLD软件关键功能和参数设置，包括蛋白柔性处理、配体构象生成、水分子处理、金属处理等方面。

此外，我们将通过具体案例和软件实操，重点展示GOLD软件处理复杂对接体系的能力，特别是在金属蛋白对接、有机金属化合物或大环化合物与蛋白的对接方面的技术优势。

▶ 主题三

探索分子结构的奥秘：

使用ConQuest和Mogul获取扭转角分布知识

👉 讲座时间

8月1日（周四）15:00-16:20

分子的三维结构和构象是决定其生物活性的重要因素。Mogul和ConQuest是由CCDC提供的两款专门用于小分子构象检索和分析的强大工具。Mogul能够迅速评估分子构象在实际晶体环境中的分布情况，而ConQuest则专用于从CSD检索和提取结构信息，并与Mercury软件无缝对接，进行参数统计和图形展示。这些工具为药物设计提供了重要的晶体学数据支持和构象分析手段。

👉 讲座内容

在本讲座中，我们将详细介绍Mogul软件的核心功能及其实际应用，尤其是如何利用Mogul进行分子结构的验证和构象异构体的生成。

同时，我们也将详细探讨如何结合使用ConQuest和Mercury软件来获得特定扭转角度的分布数据，并展示如何应用这些数据在药物设计中获得新的灵感。