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StarDrop应用实例 | 使用StarDrop开发新型农业杀菌剂

StarDrop应用实例 | 使用StarDrop开发新型农业杀菌剂 康昱盛
2025-06-04
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导读:近日,国内某农药研发公司将StarDrop软件的药物设计功能应用于农药研究,报道了新型农业杀菌剂。
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计算模拟技术不仅在健康医药领域得到了广泛应用,同时在化工和农药研究领域也展现了巨大的潜力。近日,国内某农药研发公司将StarDrop软件的药物设计功能应用于农药研究,取得了重要的成果。

在近期发表于《Pest Management Science》的研究中,该公司的研究团队使用分子杂交策略设计了一系列候选分子,并通过StarDrop的精细对接功能进行筛选,得到了一系列新型吡唑-4-甲酰胺衍生物,系统评估了其杀菌活性,并探讨了其潜在的应用价值。


研究背景


植物病害是农业生产的主要威胁之一,导致全球粮食和经济作物年产量减少约20%,影响全球粮食安全和人类健康。化学杀菌剂由于其经济高效的病害防治效果,成为控制植物病害的主要手段。然而,商业化杀菌剂的过度使用导致了病原真菌对现有杀菌剂产生严重抗性。

琥珀酸脱氢酶抑制剂(SDHIs)是一类新型的第四代杀菌剂,通过干扰线粒体三羧酸循环的电子传递链复合体II的功能来抑制病原真菌的生长。这类杀菌剂与其他类型杀菌剂无交叉抗性,自首个SDHI杀菌剂Carboxin在1969年上市以来,已经历三代迭代,活性和作用范围显著提升。其中,含吡唑-4-甲酰胺片段的化合物因其卓越的抗菌性能而备受关注。

本研究旨在通过分子杂交骨架跃迁策略,以已知高活性杀菌剂Fluxapyroxad和Flutolanil为先导结构,设计并合成一系列新型吡唑-4-甲酰胺衍生物,评估其杀菌活性,并探索其潜在的应用价值。


研究方法与设计策略


1.研究思路


研究人员以新型琥珀酸脱氢酶抑制剂(SDHIs)的开发为核心目标,基于SDHI杀菌剂结构中的吡唑-4-甲酰胺片段在活性和植物传导性方面的重要作用,提出了一种系统性的研究框架:

研究人员首先选取了两种已上市杀菌剂——FluxapyroxadMepronil作为模板化合物,并分析其关键药效团特征。通过分子杂交策略,他们将Fluxapyroxad的吡唑-4-甲酰胺骨架与Mepronil的异丙氧基苯基片段整合,成功设计出先导化合物TM-2

为了进一步优化结构,研究团队保留了TM-2的核心结构,但用不同取代基(如异丙基、苄基)修饰苯氧基团,以探索取代基变化对生物活性的影响。经过一系列合成修饰反应(如酸氯化、胺化、酯化修饰等),研究人员最终合成出19种新型吡唑-4-甲酰胺衍生物(TM-1至TM-19),并通过NMR(核磁共振)和HRMS(高分辨质谱)确认了化合物的结构。


2.生物测试


为了验证新化合物的杀菌效果,研究团队开展了体外生物活性筛选,并选取了Fluxapyroxad和Bixafen作为阳性对照,测试这些化合物对5种植物病原真菌的抑制作用。

TM-2在6.25ppm浓度下对玉米锈病(Puccinia sorghi Schw.)的抑制率高达100%,远超Fluxapyroxad(70%)和Bixafen(0%)。此外,TM-2对小麦白粉病(Erysiphe graminis DM f. sp. tritici (Em. Marchal))和水稻纹枯病(Rhizoctonia salami)的抑制率分别达到70%和100%,表现出优异的广谱杀菌活性。

田间试验进一步验证了TM-2的应用潜力。喷药后第14天,150 mg/L和200 mg/L浓度化合物TM-2对小麦锈病的田间死亡率与同剂量的三唑酮相当(79.11% vs 79.73%,94.43% vs 93.92%),100 mg/L浓度的化合物TM-2对小麦锈病的田间死亡率与同剂量的吡唑苯酰胺相当(86.80% vs 86.45%)。同时,急性毒性实验表明TM-2的大鼠口服LD₅₀>500mg/kg,毒性低于常规杀菌剂,显示出良好的安全性

研究团队对19种化合物进行构效关系分析,总结出了一些关键结论。对于吡唑-4-甲酰胺衍生物,随着烷基链长度的增加,化合物的杀菌效果逐渐降低;而具有较短或分支结构的烷基链则表现出更好的活性。其次,环烷基的大小和饱和度也显著影响了化合物的活性。较大的环状结构以及不饱和度的增加显著降低了化合物的杀菌效果。


3.分子对接分析


为探索目标化合物的作用机制,研究人员利用StarDrop软件中的SeeSAR模块对TM-2与目标蛋白琥珀酸脱氢酶(SDH)进行分子对接模拟。对接分析重点关注化合物与活性位点关键残基之间的相互作用,评估其结合模式和结合能。

对接研究显示,TM-2的苯环和吡唑环嵌入SDH的结合口袋中,与bixafen和fluxapyroxad的结合模式类似。TM-2酰胺上的氧原子与活性位点上的残基TRP173形成氢键(键长1.83Å),而Fluxapyroxad则与TYP58形成氢键(键长2.20Å)。

化合物TM-2,Bixafen和Fluxapyroxad的分子对接研究。化合物 TM-2 (图A)、Bixafen (图B) 和Fluxapyroxad (图C) 在琥珀酸脱氢酶(SDH,PDB编号:2FBW)活性位点中的分子对接结合模型,氢键以绿色线条表示。

研究人员还发现TM-2的结合模式与上市农药Fluxapyroxad和Bixafen类似,但TM-2的取代苯胺以相反方向进入活性口袋,这可能是其表现更高杀菌活性的原因之一。


研究结论与展望


本研究通过分子杂交和骨架跃迁策略,成功设计并合成了19种新型SDHI类杀菌剂,其中TM-2展现出优异的广谱杀菌活性、良好的田间表现和较低的毒性,有望成为潜在的杀菌剂候选化合物。

StarDrop软件中的分子对接功能在明确化合物与靶点蛋白的结合机制中发挥了重要作用,为化合物的结构优化提供了理论依据。

未来,TM-2可作为潜在的杀菌剂候选化合物进行进一步优化和应用开发,为抗真菌药物和农业化学品的研究提供了重要参考。


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