测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班（理论+实践课）
北京·东城区 .6.13-14
生物信息学（bioinformatics）定义：是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。
培训目的
很多老师都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
培训预期
通过2天的培训，使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点（具体见最后），可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。
生物信息学魅力：
帮助预测疾病相关的潜在基因，以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等，从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。
为基金申请提供支持，通过强大的信息数据的收集整理，减少投入增强研究目的性；且通过整合技术优势，指导提高临床诊断水平。
丰富的免费的数据资源和生物软件工具： 数据库：NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT等；软件工具：Cytoscape，BLAST, R语言，String, David等
案例：
Pic from www.135editor.com
该文献的分析流程如下图所示：
我们可以看到该文献主要的分析步骤有：差异表达分析、聚类热图构建、GO和KEGG 通路分析、蛋白互作网络分析、生存曲线分析等。我们的主题基本上按照类似的文献思路进行讲解，和大家一起分享一下一篇SCI文章的生信分析步骤。
通过2~3天的学习，我们可以掌握一篇生信SCI文献的所有分析模块，并可以独立的结合自己的研究方向进行生信分析和数据挖掘，获得一套属于自己的分析结果。
讲师简介：宋博士
成果：交大生物信息学博士，参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等
报名详情
培训时间：2019年6月13-14日，12日可报到（下午3点-晚上8点）
培训地点：北京市东城区永外彭庄甲58号 金泰绿洲大酒店
报到地点：金泰绿洲酒店大堂（报到联系人：金老师 18917745941）
学习班承办方：上海遐永医药科技有限公司
收费标准：2800元每位（包含电子版教材、午餐，住宿费自理。）
报名方式：客服 13770587103
需将报名表填好后发到此邮箱，并收到回复方可确认完成报名，若发送邮件后24小时内未收到回复，请及时电话或者微信联系。
请务必详细填写报名表，提前付款的老师，请将截图一起发回并留存备份。
优惠政策
1. 提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2. 三人组团报名，每人优惠100元
3. 四人组团报名，每人优惠200元，
4. 五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：讲师演示电脑为windows系统，故需携带windows系统的电脑，苹果电脑请务必提前做好双系统。
课程安排
测序与芯片的高通量数据挖掘与分析课程大纲 |
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日期 |
时间 |
题目 |
课程内容 |
第一天上午 |
9:00-10:45 |
基因数据库使用介绍 |
测序标准报告的解读 NCBI Gene：最权威的基因综合数据库之一。 NCBI GEO： 数据量最大的高通量公共数据库。 |
10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
基因数据库使用介绍 |
GEO2R工具：在线做差异分析的R工具 bioDBnet：在线基因ID转换工具。 Uniprot： 最权威的蛋白综合数据库之一。 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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第一天下午 |
13:30-14:00 |
DAVID工具—功能富集分析
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功能富集的原理和意义 基因ID转换 |
14:00-15:30 |
基因功能注释（GO ，KEGG pathway） |
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基因功能富集（GO ，KEGG pathway） |
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基因功能聚类（GO ，KEGG pathway） |
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15:30-15:45 |
茶歇 |
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15:45-18:00 |
聚类热图及pathway map图 |
KEGG 数据库：最权威的通路数据库（pathway map 分析） |
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HEMI软件：构建聚类热图的本地软件 |
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第二天上午 |
9:00-10:45 |
STRING工具——基因/蛋白相互作用分析（PPI） |
蛋白互作分析的原理和意义 |
单个蛋白的蛋白互作分析 |
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多个蛋白的蛋白互作分析 |
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STRING工具的使用步骤：输入、参数设置、输出等 |
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10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
cytoscape网络做图软件（上） |
网络图构建 |
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逐个修改节点的属性和修改边的属性 |
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网络展示方式layout更美观 |
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网络统计分析 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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第二天下午 |
13:30-15:30 |
cytoscape网络做图软件（下） |
批量修改节点的属性和修改边的属性 |
Cytoscape的常用插件：ClusterONE |
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Cytoscape的常用插件：BinGO |
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15:30-15:45 |
茶歇 |
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15:45-16:30 |
课程总结 |
课程总结 |
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备注：建议携带电脑，方便跟随老师进行在线操作 |
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培训大纲
1. 高通量公共数据的详细信息查找/下载；
2. 在线做差异表达分析
3. 在线blast分析
4. 基因ID转换
5. 通路map图制作
6. 功能富集分析
7. 蛋白互作分析
8. 网络图的构建和美化
示例图 GO富集分析结果图
示例图 蛋白互作网络图
示例图 调控网络图
示例图 pathway map图
尊敬的老师们
我们真诚欢迎您来参加
由上海遐永医药科技有限公司主办
测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班
酒店路线
北京金泰绿洲大酒店 北京市东城区永外彭庄甲58号（陶然桥西南角）
酒店联系：通过主办方预定酒店的，可直接到前台报遐永医药+个人姓名入住。
酒店前台：010-83106666
会议现场联系（报到联系）：主办方金老师 17701825941 报到位置：酒店大堂或3楼电梯口
若有疑问，直接咨询
关于交费和发票：若您提前支付费用，请务必将付款截图或银行底单发给主办方，并确认。最好自己预留备份。也可到现场刷卡或转账。发票会在会后与邀请函一起寄出
课程报名请加我！
