科研实用生物信息学培训班，手把手教你-------
如何在海量的生物大数据里，精准的找到自己需要的信息？
本届科研实用生物信息学培训班的课程涉及生物数据的使用，生物数据的挖掘，生物数据的应用及相对应的实用软件、实战的案例等。涵盖了生物及医学各领域中可能会用到的基本生物信息学技能，也涉及到计算机数据的部分原理和思路，力求开拓广大科研工作者的研究思路并学以致用。
| 主办方 | 生物加新媒体 | |
| 协办方 | 江苏省生物信息学专委会 | |
| 授课时间 | 第一场 | 第二场 |
| 2017月年8月12日-8月13日 | 2017月年8月19日-8月20日 | |
| 授课地点 | 南京师范大学仙林校区-生命科学学院3楼多功能报告厅 | |
| 温馨提示 | 本次课程包含大量上机操作，请自备笔记本电脑，主办方提供无线网络 | |
本次课程安排：
| 日期时间 | 研究题目 | 演讲人 |
| 2017年8月12号 | 第一场第一天 | |
| 9：00-10：00 | 生物医学大数据融合分析及知识挖掘 | 孙啸 |
| 10：00-11：00 | 数据库与数据挖掘及软件使用 | 魏官云 |
| 11：00-12：00 | 分子进化速率的计算及其应用 | 杜建厂 |
| 午餐休息过后 | 下午实战 | |
| 2017年8月13号 | 第一场第二天 | |
| 9：00-10：00 | 乳腺癌TF-miRNA-BCCG调控网络 | 马飞 |
| 10：00-12：00 | RNA-Seq的数据处理与分析 | 顾万君 |
| 午餐休息过后 | 下午实战 | |
| 2017年8月19号 | 第二场第一天 | |
| 9：00-10：00 | 非编码RNA的生物信息学分析 | 宋晓峰 |
| 10：00-11：00 | 环形RNA的识别及其蛋白编码潜能的分析 | 宋晓峰 |
| 11：00-12：00 | 转录组测序与应用 | 宋晓峰 |
| 午餐休息过后 | 下午实战 | |
| 2017年8月20号 | 第二场第二天 | |
| 9：00-10：00 | 噬菌体高通量测序在精准医学中的应用 | 姜勇 |
| 10：00-11：00 | 肠道微生物宏基因组学分析结果在疾病发病机制中的应用 | 陈鹏 |
| 午餐休息过后 | 下午实战 |
悄悄地告诉你：点击老师姓名，可以查看老师详细资料。
报名方式：
微信：18502563212（备注：姓名+培训+报名）
电话：18502563212
邮箱：yunyan@bioojia.com
还可以扫描下面的二维码报名：
二维码报名表
报名费用
培训费用：2900元/场/人（费用包括教材费、培训费、上机费、午餐费，不含住宿费）。
优惠政策：
套餐一、单人报名两场培训，费用5500元/2场/人。
套餐二、6月31日（含）前报名并确认缴费，在以上基础上优惠100元。
套餐三、8月11日（含）前报名并确认缴费，在以上基础上再优惠200元。
套餐四、二维码报名并确认付款后。赠送一个价值188元的礼品或者是红包。
付款方式：
微信支付：收款二维码
支付宝支付：收款二维码
银行汇款：
单位全称 :上海遐永医药科技有限公司
开户行：中国建设银行上海川沙支行
账号：31050161413600000900
备注：在汇款明细里加上“科研实用生物信息学培训班——您的姓名+预留手机”
培训费用请尽量提前支付（提前支付有优惠活动，需要开票的学员可以现场领取发票）。现场只接受现金、微信以及支付宝方式支付。
友情提醒：付完款后请记得保存付款信息（拍照或者截图保存）
附件：授课提纲
2017年8月12号
9：00-10：00
题目1: 生物医学大数据融合分析及知识挖掘（40分钟）
报告人：孙啸
内容提纲：
介绍精准医学对生物医学信息学提出的挑战，论述精准医学与生物医学大数据的关系，介绍基因型大数据与表型大数据融合分析及知识挖掘的方法和技术，重点讲授生物组学数据与医学影像数据融合分析在重大疾病研究中的应用。
10：00-11：00
题目2：数据库与数据挖掘及软件使用（60分钟）
报告人：魏官云
内容提纲：
对高通量数据的挖掘、整合以及分析能够充分利用数据资源，是对研究课题的前期调研有着极大的帮助，也可作为独立课题进行研究，是生物信息分析的重要方向。NCBI, TCGA等网站都提供了可下载的高通量数据。
NCBI网站提供了两个存储高通量数据的数据库：SRA和GEO，SRA数据库对每个高通量项目都有详细的记载，GEO数据库中包含任何物种以及多种形式（microarray、NGS等）的原始测序数据和处理和的数据。TCGA数据库存储着真实的病人样本，涵盖33类肿瘤数据，具备丰富的测序数据，包括基因表达谱，拷贝数变异分析，SNP基因分型，全基因组DNA甲基化分析，微RNA分及外显子测序。ICGC是一个癌症和基因组研究人员之间的合作论坛，旨在协调来自全球50个重要肿瘤类型和/或亚型的大规模癌症基因组研究。IGSR国际千人基因组计划包含全球27个族群2500个人的全部基因组信息，是一个开放的公共资源。
11：00-12：00
题目3：分子进化速率的计算及其应用（60分钟）
报告人：杜建厂
内容提纲：
分子进化是指生物进化过程中生物大分子的演变现象，主要包括核酸分子的演变、蛋白分子的演变，以及遗传密码的演变。随着测序技术的不断进步，以基因组数据为代表的大数据时代已正式来临，分子进化的研究也从单个基因水平发展到全基因组水平上。本讲座将介绍有关分子钟的概念，直系同源基因的鉴定，基因进化速率的计算，以及基因选择方式的估算方法。在此基础上，结合有关成功案例，详细介绍利用分子进化速率研究基因组尺度上基因的遗传规律、演化特征和基因表达模式等，为后续功能基因的研究和利用提供理论基础。
下午全部是计算机实战
2017年8月13号
9：00-10：00
题目4：乳腺癌TF-miRNA-BCCG调控网络（60分钟）
报告人：马飞
内容提纲：
乳腺癌已成为全球女性最普遍的恶性肿瘤之一，乳腺癌的发病率和死亡率在女性肿瘤中排第2。基因调节网络（Gene regulatory networks (GRN)）异常导致乳腺癌的发生，如此构建乳腺癌基因调控网络，对深入揭示其发生机制具有重要的意义。在这个讲座中，将以乳腺癌TF-miRNA-BCCG共调控网络的构建和模式特征研究为例，系统地介绍如何分析miRNA与其保守的靶基因，如何通过富集分析限制miRNAs表达与靶基因的联系，如何从转录组数据中识别乳腺癌分类基因（Breast cancer classifier genes (BCCG)，如何进行转录因子（Transcription factors (TF)）调控靶基因（包括miRNA和mRNA）的识别，怎样估测miRNA、TF和 BCCG之间的相关性，如何进行调节模体的寻找，以及如何构建和可视化共调节网络等，通过这些介绍希望能了解为什么要构建调控网络及其生物学意义。
10：00-12：00
题目5：RNA-Seq的数据处理与分析（120分钟）
报告人：顾万君
内容提纲：
RNA-seq也叫转录组测序，是一种利用高通量测序技术对cDNA序列进行测序，从而获得样品中RNA的定量和定性信息的技术。目前，RNA-seq主要应用于de novo 转录组分析，miRNA、mRNA、lncRNA和circRNA等RNA分子的表达定量和差异表达分析。
一.De novo转录组的主要分析内容：
1. 数据质控；
2. 转录本组装及组装序列功能注释；
3. 基因表达定量；
4. 基因差异表达分析；
5. 差异表达基因功能富集分析；
6. 基因在组织/细胞/癌症/疾病等中的特异表达模式分析；
7. SSR/ORF等其他分析；
8. 差异表达基因或特异表达基因验证：qRT-PCR、细胞系中抑制或过表达验证等。
二.mRNA/lncRNA/circRNA主要分析内容：
1. 数据质控；
2. 与基因组比对；
3. 新转录本的鉴定（包括：新lncRNA和circRNA）
3. 基因表达定量；
4. 基因差异表达分析；
5. 差异表达基因功能富集分析；
6.mRNA/lncRNA/circRNA在组织/细胞/癌症/疾病等中的特异表达模式分析；
7. 可变剪接、SNP、RNA编辑等定性分析及circRNA的miRNA sponge和RBPs 分析；
8. 差异表达基因或特异表达基因验证：qRT-PCR、细胞系中抑制或过表达验证等。
三. miRNA主要分析内容：
1. 数据质控；
2. 已知和新miRNA鉴定；
3. miRNA表达定量分析；
4. 差异表达miRNA分析；
5. 差异表达miRNA靶基因预测；
6. 靶基因功能富集分析；
7. miRNA在组织/细胞/癌症/疾病中的特异表达模式分析；
8. 差异表达基因或特异表达基因验证：qRT-PCR、细胞系中抑制或过表达验证等。
下午全部是实战
2017年8月19号
9：00-10：00
题目6：非编码RNA的生物信息学分析（60分钟）
报告人：宋晓峰
内容提纲：
非编码RNA指不编码蛋白质的RNA。包括rRNA，tRNA，snRNA，microRNA与lincRNA等，其在RNA 水平上行使各自的生物学功能。本讲座主要介绍microRNA识别以及靶基因的预测，lincRNA的识别及其调控网络的分析。
10：00-11：00
题目7：环形RNA的识别及其蛋白编码潜能的分析（60分钟）
报告人：宋晓峰
内容提纲：
环状RNA是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子，也是转录组学领域最新的研究热点。本讲座将介绍基于转录组测序数据的环形RNA的识别方法，以及环形RNA蛋白编码潜能的最新研究进展。
11：00-12：00
题目8： 转录组测序与应用（60分钟）
报告人：宋晓峰
内容提纲：
转录组指细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括 mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能研究的基础，通过高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织所有转录本信息。本讲座主要介绍转录组测序原理，转录组数据分析方法，主要包括转录本识别与组装方法，以及差异表达基因分析方法等。
下午实战
2017年8月20号
9：00-10：00
题目9：噬菌体高通量测序在精准医学中的应用（60分钟）
报告人：姜勇
内容提纲：
精准医疗（Precision medicine）是随着基因组测序技术以及生物信息学的交叉应用而快速发展起来的新型医学概念与医疗模式。靶标-配体精准相互作用是精准诊断和精准治疗的分子基础。噬菌体展示技术（Phagedisplay）是以分子或细胞为诱饵筛选相互作用多肽的核心技术，然而，如何对噬菌体筛选得到的克隆进行高通量测序，并在此基础上对大规模多肽序列进行生物信息学分析面临着严峻的挑战。本讲座围绕噬菌体展示多肽序列的关键技术，重点介绍多肽的系统分析方法，包括噬菌体肽库的高通量测序样品制备、肽库的频次统计及校准、三肽基元的统计分析、肽库的差异分析、以及噬菌体展示技术在医学领域中的应用范例。
10：00-11：00
题目10：肠道微生物宏基因组学分析结果在疾病发病机制中的应用（60分钟）
报告人：陈鹏
内容提纲：
宏基因组学分析是揭示微生物功能的一个主要手段，许多重大疾病的发生伴随着肠道微生物在基因组水平上的变化，而如何将宏基因组学分析结果运用到实际疾病的发病机制研究上是转化医学的一个关键点。本讲座介绍肠道宏基因组的系统分析方法，并以肝脏损伤的发病机制为例，探讨肠道微生物宏基因组差异在疾病发病机制研究中的应用。
导师简介
A、江苏省生物医学工程学会生物信息学专业委员会——孙啸主任。
巴傲得生物｜身边的科研顾问
微信ID：zhjvn-Bioworld
长按二维码关注我们
