Nucleic Acids Res. | 送你个数据库，多年获得1亿多元国自然资助- 大数跨境

Nucleic Acids Res. | 送你个数据库，多年获得1亿多元国自然资助

巴傲得科研顾问

2020-12-10

导读：以前做lncRNA的功能富集都很折腾，现在好了，可以直接提交进行富集，就跟分析基因的时候一样一样的了。祝大家都能记得住它，用得上它，用它发好文章，给申请国自然多一分保障！

从科研热点的角度来看，lncRNA这两年确实退烧了一些，但看看具体的数据，2018年共中标354项lncRNA项国自然，总金额超1.44亿，2019年有346项，总金额超1.34亿，不难看出lncRNA依然是杠把子般的研究方向。

再说回技术上，我们平常做lncRNA的注释和功能富集时，一直缺少一个像做基因富集分析时那样的sets，对lncRNA进行功能富集分析时常需要做lncRNA与基因间的共表达，然后再根据共表达的基因去做富集分析。而这样的操作（也是无奈之举）会增加假阳性的同时，也会落下一些重要的结果。

近日，哈尔滨医科大学大庆校区的李春权教授课题组在国际著名杂志《Nucleic Acids Research》上发布了一项重磅数据库LncSEA。

该数据库不仅从已发表的数据中收集了下游的lncRNA功能集合，还通过收集、处理大量的高通量测序数据（ATAC-seq、ChIP-se）预测了上游lncRNA转录调控相关集合。并且根据相应的生物学功能，将lncRNA sets分成18个不同类别，例如药物、疾病、癌症表型、细胞标记、亚细胞定位等。大家可通过LncSEA进行富集分析，网址为：http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php

下面来给大家介绍下这个数据库。

进入网站主页后，大家可看到下图这样的界面，我将逐一给大家介绍Analysis、Search、Browse、ID conversion、Download这5个模块的功能。

在Analysis模块，大家可以通过在“Paste a list”栏粘贴自己的lncRNA list或者在File upload上传自己的lncRNA文件，然后在左下角设置相关参数。Min和Max表示在reference基因集里所包含的基因数目，P-value为使用超几何分布进行富集的P值，BH和Bonferroni表示使用不同的方法校正的FDR，Backgroud里的选项为所用的背景基因集，主要包括网站自行开发的LncSEA，也包括Gencode数据库提供的注释文件。

右边包括18种不同的分类，用户可根据lncRNA潜在的功能或者可能具有的生物学意义进行选择，例如lncRNA是用药物处理肿瘤细胞后，做差异表达得到的，那么用户就可以选择Disease、Drug、Cancer Hallmark、Cancer Phenotype、Survival、Methylation Pattern这些类别。

设置好参数后点击Run，大约30秒后就可以得到结果。点击Save可以下载结果的txt版本，点击Bubble chart可以得到漂亮的气泡图，而点击Bar会得到标准的柱状图。

其中需要解释的是，Jaccard参数表示AB两个set的交集占AB并集的比例（A∩B/A∪B），Slim表示AB两个set的交集占AB两者中较小那个的比例（A∩B/Min(A, B)）。这两个参数可用来衡量提交的lncRNA集和Reference set之间的相似性，最后一栏的Venn图则可以进行直观地展示。

在Search模块，大家可以直接在输入栏里输入lncRNA名（兼容多种ID）来了解输入的lncRNA属于18个类型中的哪个分类，以此进一步了解lncRNA的功能。

当然，用户也可以通过输入在染色体上的位置或者直接输入序列信息来进行搜索。

在Browse模块，用户可以直接检索这18个模块里所包含的信息。

点击“sample_00_002_Tissue_adrenal-gland_34y”进去可以查看该条目下的overview以及该条目所包含的lncRNA，网页下面还会列举一些相似的sets。

再点击上图中蓝色的lncRNA名字，则会有对这条lncRNA更多的介绍。例如，该lncRNA的临床信息、生物学功能、甲基化情况等等，都是从文献里获得的。

在set中的具体情况，包括在不同组织中的表达情况和基因类型（onco/tumor suppressor gene）

还会展示在不同数据库中的表达情况，以及构建的ceRNA网络。

以上这些拓展的功能对于用户来说，可能不是那么最重要的，毕竟富集的功能才是硬菜，这些功能属于锦上添花的内容。

在ID conversion模块，用户可以直接输入lncRNA list或者上传list文件，点击Convert，就可得到不同类型的ID结果，再点击Analysis又可以继续分析结果。

在Download模块，用户可以下载得到gmt文件进行GSEA的分析，也可以下载text文件，进行超几何分布统计，满足大家的个性化需求！

关于lncSEA，就介绍到这里了，不得不说，这个数据库真是填补了一项分析方法的空白。以前做lncRNA的功能富集都很折腾，现在好了，可以直接提交进行富集，就跟分析基因的时候一样一样的了。祝大家都能记得住它，用得上它，用它发好文章，给申请国自然多一分保障！

文来自解螺旋等

12月更多好课请看下面

01 12.19-20

中药网络药理学的研究策略与使用技能研讨会

【授课专家】

赵老师

多年从事生物信息学及中药网络药理学方面的研究, 发表生物信息学、网络药理学及中药复方相关SCI数十篇，含多篇5分以上的文章，主持多项国家自然基金和省部级科研课题，获得多项省部级科研及教学奖项。讲课效果好，获得学员好评。

适合对象：各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校硕/博士研究生、对中药复方和网络药理学感兴趣的广大师生（尤其适合初学者和无基础的学员，无需任何编程基础）。

【会议特色】

本次课程以SCI文章为案例主线，逐一详细剖析，全程电脑实战教学。理论与实践相结合，老师将以最简单易懂的方式，既介绍中药网络药理学的研究路线、发展状况和最新前沿进展，又介绍具体的数据库、工具和软件的使用，并在课堂上进行上机指导。本学习班全部采用免费数据库和在线分析工具，学员不需要编写程序。

05 12.19-20

临床预测模型构建与统计分析进阶（网络）研讨会

【主要内容】

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【会议特色】

1.本课程R语言统计分析是从零基础开始讲起，所以没有R语言基础的也可以听得懂！！！

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☆注意：本课程主要针对临床医生，医学生与临床研究相关专业人员，所有统计分析与作图均是基于R语言，不涉及生物信息学相关的统计分析~

【授课专家】

周医生，医学博士，目前以第一作者或通讯作者发表SCI论文多篇。主编临床流行病学与统计学专业著作4部。担任多本SCI杂志或中文杂志审稿人。多次受邀讲授循证医学与医学统计学方法学课程，擅长从临床研究问题出发，以案例讲解为主，授课深入浅出，通俗易懂。

06 12.19-20（上海线下）

2021年国自然基金标书构思与撰写研讨会

【主要内容】

1.项目指南及资助情况解读、申请新动向、2021新热点和新趋势、如何构思2021基金标书；

2.学员申请书撰写问题解答；

3.从自然基金评审角度解析撰写规范与技巧；

4.近年中标标书赏析及答疑；

5.标书点评与修改；

6.高质量标书选题、设计及撰写模拟总结

【授课专家】

国自然二审专家唐教授

唐教授，研究员，博士生导师。先后主持973计划课题、国家自然科学基金重大研究计划课题等国家级重大项目。担任过多次基金项目的评审专家，将会以评审专家的角度来解析并回答上述的一系列问题，并且将与学员们采取现场互动的方式来授课，点评学员所写的标书存在的问题，赏析中标标书，让学员能在现场模拟撰写！自1998年来，年平均一对一辅导撰写国家自然科学基金60余份，平均中标率达85%以上。

特别擅长评审的研究方向是：肠道微生物，代谢，中医药，药理，肿瘤，非编码RNA，外泌体，表观遗传，免疫，衰老，脑神经科学等领域

【会议目标】

掌握国基金申请新动向、2021新热点和新趋势。通过本次培训班的学习，让每一位接受培训的学员都能撰写出一份既规范、也创新性突出的高质量申请书，并且可以大幅提升标书命中概率！