一个可以预测、构建癌症miRNA调节网络的在线工具
miRNACancerMAP
miRNACancerMAP: an integrative web server inferring miRNA regulation network for cancer
今天在这里小编介绍一个可以全面便捷预测、构建癌症miRNA调节网络在线工具：miRNACancerMap(http://cis.hku.hk/miRNACancerMAP)。
miRNACancerMap旨在揭示lncRNA-miRNA-mRNA三联复杂性，从网络角度预测miRNA的功能和临床相关性，并且集成了大规模的数据的信息，以严格的系统生物学方法和最先进的可视化工具构建动态的以RNA为中心的网络。同时可以识别调控涉及癌症阶段转变的大多数差异表达基因的中枢miRNA，泛癌共有的miRNA-TF对和通过多个数据集验证的lncRNA海绵，还可以识别与癌症信号传导途径相关的miRNA以及来自泛癌症的相关lncRNA海绵，而这些识别只需要点击几下鼠标既可。
主要包含内容：
1）识别癌症中的活性miRNA靶标调控;
2）确定lncRNA介导的海绵;
3）构建功能分析注释的miRNA中心调控网络
4）整合所有信息与交互界面中，以便进一步查询
5）该服务器能够将公共数据（TCGA和GEO）与用户的miRNA-mRNA表达数据进行综合分析，确定关键因素并进行最先进的网络将动态基因网络可视化。
功能1：查询miRNA
点击microRNA to Cancer图标
可以输入miRNA名字，ID号，别名等进行相关信息搜索
以has-mir-141为例，进行搜索
可以得到两个相关的miRNA，分别包含了mature name、miRbase accession和序列等基础信息，并且可以连接到相关数据库。并且可以点击microRNA to Cancer 进一步查看该miRNA的癌症相关信息。
1. 该miRNA基础信息。
2. 该miRNA在已发表的文献中所属癌症类型，上调或下调，以及测定方法等信息。
3. 该miRNA存在于哪些已发表文献的通路中，包含一个总体统计图表，以及详细的表格介绍
4. 该miRNA在已发表文献中对预后的影响，同样包含整体的统计图表以及详细信息介绍的表格
5. 该miRNA在已发表的文献中与哪些基因相关
6. 该miRNA表达谱在正常和癌症样本中表达值的对比图
7. 预测的靶点以及方法
8. 预测的靶点富集于哪些癌症通路中
功能2：查找通路
点击pathway to miRNA
点击感兴趣的相关通路名称就可以查询到相关的miRNA
例如cell cycle，页面会给出相关信息：
1. 该通路相关信息，包含名称、描述、连接等等
2. 该通路在已发表文献中报道过哪些相关的miRNA和所涉及的癌症
3. 该通路上miRNA的调控网络
功能3：对miRNA列表进行功能分析和构建泛癌miRNA-gene通路网络
点击miRNA to pan-cancer
可以输入自己感兴趣的一系列miRNA，并且选择功能分析的方法（KEGG pathway，GO BP、MF、CC）
以hsa-miR-29 family为例
1. 分别给出其中的miRNA相关的基因，癌症，互作依据的数据库和相关性
2. 泛癌miRNA-gene通路网络
并且点击某个点就会单独显示出与该点连接的网络
3.功能富集结果，以KEGG结果为例，所在通路，富集在通路中基因及P值
功能4：输入感兴趣的基因和miRNA构建调控网络
通过输入的miRNA symbol和/或gene symbol来识别活跃的miRNA靶标调控以及癌症类型或亚型推断，构建调控网络
点击dataset to network
设置：
1. 选择癌症数据集
2. 输入感兴趣的基因和/或miRNA
可选：计算样本类型之间miRNA和基因的差异表达（可自行设置筛选差异表达基因的条件还可以查看筛选结果）
输入基因
输入miRNA
3. 选择构建数据库的方法
以TCGA-BLCA为例，筛选差异表达基因和miRNA（logFC为2，p值小于0.01），分别并将其基因集、miRNA集输入，勾选所有mir2Disease，Taretscan，miRanda和STRING方法。得到结果：
列举出在各个方法中找到的边的数量，点击最下方进行网络构建（会展示一个动态构建网络的过程）
并且可以根据自己的需要在右侧进行网络图的设置，同时可进行图片放大缩小，点击图片右上方可以进行下载
功能5：上传数据进行分析
点击user data to analysis
该功能与功能4相似，只将公共数据库的数据用用户上传的数据进行替换既可。
总之，miRNACancerMAP是一款用户友好的网络服务器，允许用户在网络拓扑表征和交互的框架下，通过多种带有广泛注释的miRNA算法，轻松分析用户自己的miRNA数据，帮助用户发现癌症中激活的miRNA-mRNA调控，并寻找癌症驱动因子miRNA和肿瘤抑制因子miRNA，并构建相关网络。
图文转自：生信人
编辑：巴傲得科研顾问
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第16期调控性非编码RNA与外泌体研究策略学习班（济南 5.5-5.6）
第17期调控性非编码RNA与外泌体研究策略学习班（上海 5.19-5.20）
非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）研究是当今生命科学领域发展最迅速的前沿领域之一。非编码RNA在生命调控过程中扮演着重要角色，近年来的研究成果经常入选CNS年度十大科学突破。目前在高等生物中，存在着一个巨大的、尚未被完全发现的RNA世界。人类基因组转录区高达76％，但转录产物中只有不到2％是编码蛋白质的mRNA，其他都是非编码RNA，其中microRNA （miRNA）、长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）、环状RNA（circular RNA，circRNA）等调控性ncRNA因其重要的调控功能，受到科学家们广泛关注。近年来，非编码RNA一直是生命科学领域的研究热点，也是国家自然科学基金等鼓励申报的重要领域。非编码RNA研究将从全新的角度揭示生命调控的分子机制，并为人类疾病的诊断和防治提供理论依据和新的技术。
Exosomes可以由多种细胞类型(免疫细胞、心血管细胞、神经细胞、干细胞、肿瘤细胞)释放，因此，exosomes也会参与多种生理或病理过程，如抗原呈递、RNA转运、组织修复、神经退行性疾病、肿瘤转移、代谢重建等。Exosome中含有细胞特异的蛋白、脂质和核酸，能作为信号分子传递给其他细胞从而改变其他细胞的功能。Exosome在体内存在的广泛性和获取的便捷性，已经成为了疾病诊断治疗的潜在有效方式，在精准医学发展上有着光明的前景。开展本次研讨会的目标是为了让刚接触外泌体领域的年轻科研人员能掌握尽快上手做这方面的研究方法，为一些已经在外泌体研究中碰到问题的研究者解决实际科研问题。
本次学习班讲师：孙教授专注于调控性ncRNA研究十余年，长期活跃于科研一线，熟悉调控性ncRNA的研究现状和研究策略，具有扎实的理论基础和丰富的实验技能。
主持承担10余项miRNA、lncRNA和circRNA等ncRNA相关科研项目（包括2项国家自然科学基金）；发表学术论文20多篇，单篇最高他引120多次（年均他引20余次）。
作为学习班的签约讲师，已经在北京，上海，太原，大连，西安，昆明，广州开过七期学习班，场场获得广大学员的一致好评，打分在9.5分以上！ 被学员评价为是既有idea, 又很懂技术的教授！
孙教授的讲课特点是： 理论深入浅出，技术讲解环环相扣，套路讲解很接地气，从基础理论到相关技术，再到研究套路都能讲地很细致到位，无论你是想要1-3分，还是3-5分，或者是8分以上的文章，都有相关的研究套路来教你如何一步一步实现。
经过学习班两天高强度的授课，一定能够全面迅速提升你在非编码RNA领域的技术水平
第一天上午9：00-12：00 调控性非编码RNA概述
1. 调控性非编码RNA概念与分类
2. 调控性非编码RNA来源与生成机制
3. 调控性非编码RNA多样化调控模式
第一天下午13：30- 17：30 常用研究技术
1. Chip，RNA-seq
2. qRT-PCR，Northern Blot
3. FISH，RNA-protein PLA
4. RIP，RNA pull down
5. ChIP，ChIRP，ChART，EMSA
6. Reporter gene assay
7. Run on，Run off
第二天上午8：30-12：00 常用数据库
1. microRNA：miRbase，targetscan，miRwalk，mirPath，RNAhybrid等
2. lncRNA：lncBase，catRAPID，RBPDB，lncATLAS，CPAT等
3. circRNA：circBase，circInteractome，circnet等
第二天下午13：30- 17：00 外泌体与调控性非编码RNA（此部分为全新设计课程内容）
1. 外泌体概述
2. 外泌体分离方法
3. 外泌体检测方法
4. 外泌体常用数据库
5. 外泌体与miRNA、lncRNA、circRNA研究案例分析
6. 解读并分享6份近三年非编码RNA（lncRNA，circRNA，外泌体）相关国自然标书
7. 现场答疑
时间与地点
济南、上海
济南班 培训时间：2018年5月5日-6日
培训地点： 山东舜和国际酒店，济南市槐荫区经十路26008号（近儿童医院）
上海班 培训时间：2018年5月19日-20日
培训地点： 浦东新区中兴和泰酒店，上海市浦东新区科苑路866号
注册费：2800元每位（注册费包含电子版教材、午餐，欢迎晚宴费用，住宿费自理，现场解读近年来的国自然标书）
优惠政策：
1. 提前转账可以提前拿到学习资料
2. 三人组团报名，每人可优惠100元
3. 四人组团报名，每人收费2600元，
4. 五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
联系方式
恽燕 18502563212（微信同号） ，也可直接扫描下面的二维码哦！
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