TCGA&GEO生信高通量数据
挖掘分析学习班
培训简介：
(武汉·硚口区 2019.9.7-8)
● 癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向（含30000个样本）的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加！如上图所示。
● 图 ： pubmed数据库检索的包含“TCGA”发表的SCI 文章数量（2018.11.07）关键靶标分析是指基于生信的方法从高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因（mRNA，miRNA，lncRNA或蛋白）。
因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
1. 通过两整天培训，掌握TCGA，GEO数据库的使用、下载及分析思路和实用操作知识点。
2. 可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。
3. 课后赠送1小时全场串联视频，用于学员复习。
4. 赠送一份最近5年的高价值国自然标书（医药加高价值标书库里面选择）
5. 讲师团队赠送TCGA数据库甲基化、基因表达谱整合分析报告和疾病mRNA+lncRNA分析报告
主办方：医药加平台
承办方：上海遐永医药科技有限公司
培训时间：2019年9月7-8日，6日可报到（下午3点-晚上9点）
上课时间：上午9：00-12：00，下午1：30-6：00
培训地点：武汉长江大酒店 武汉市硚口区解放大道1131号
推荐住宿武汉长江大酒店，348元/间 住宿自理
收费标准：会务费：2800元每位（会务费包含电子版教材和午餐， 住宿费自理。）
划
重
点
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：必须携带win7以上系统的电脑，现场不得录音录像。提前安装好Heml软件（可提前向主办方索要安装包）
通过本次学习，您可以学会以下作图
▲示例图 通路富集分析结果图
▲示例图 基因突变元件图
▲示例图 GEO富集分析结果图
▲示例图 蛋白互作网络图
▲示例图 聚类热图分析
▲示例图关键基因的KM生存曲线
▲示例图 venn图
TCGA&GEO高通量数据挖掘分析班课表 |
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日期 |
时间 |
课程安排 |
内容介绍 |
周六上午 |
9:00-10:00 |
生信简介 |
生物信息介绍 |
高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等 |
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经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路 |
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10:00-10:15 |
茶歇 |
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10:15-12:00 |
TCGA数据库 NCBI GEO数据库 |
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) |
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TCGA数据库的产生过程 |
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TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） |
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GEO数据库介绍：数据量最大的高通量公共数据库。 |
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GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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周六下午 |
13:30-15:00 |
TCGA相关下载工具 |
TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。 |
15:00-15:20 |
茶歇 |
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15:20-17:00 |
TCGA相关分析工具 |
TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。获得生存曲线图（KM曲线，分为临床因素和基因表达两种KM曲线）miRNA靶基因结合位点。 |
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周日上午 |
8:30-10:30 |
TCGA数据后续高级分析工具实战 |
功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 |
通路map图构建 |
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聚类热图制作 |
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10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
TCGA数据后续高级分析工具实战 |
蛋白互作分析（PPI）及网络图构建 |
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网络分析及hub蛋白/基因获得。 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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周日下午 |
13:30-15:00 |
TCGA数据库与GEO数据库挖掘 |
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练 基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练 |
15:00-15:20 |
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15:20-16:30 |
整体演练 |
在电脑上快速完成从头到尾的一套数据实战，及答疑 |
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注意事项：学员需自己带电脑，要求为windows系统，现场不得录音录像，上课所用软件为cytoscape和Heml |
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酒店路线
武汉长江大酒店 湖北省武汉市硚口区解放大道1131号
酒店联系：通过主办方预定酒店的，可直接到前台报遐永医药+个人姓名入住。
酒店前台：(027)83632828
会议现场联系（报到联系）：主办方金老师 17701825941 报到位置：酒店大堂
若有疑问，直接咨询
关于交费和发票：若您提前支付费用，请务必将付款截图或银行底单发给主办方，并确认。最好自己预留备份。也可到现场刷卡或转账。发票会在会后与邀请函一起寄出
酒店位置：解放大道1131号
地铁2号线，青年路站，B口出，步行680m到达
机场：乘坐地铁2号线。约1小时15分钟
汉口站：乘坐地铁2号线，约25分钟
武汉站：乘坐地铁4号线，乘至洪山广场换乘2号线。约1小时10分钟
介绍结束
TCGA&GEO
需将报名表填好后发到此邮箱，并收到回复方可确认完成报名，若发送邮件后24小时内未收到回复，请及时电话或者微信联系。
请务必详细填写报名表，提前付款的老师，请将截图一起发回并留存备份。
