多组学数据整合挖掘与
分析（网络）研讨会
背景简介：
● 2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿，与甲基化相关的有213项，金额8748万，与突变相关的有190项，金额7410万；
● 如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。
1. 多组学分析常用数据库；
2. 多组学分析常用软件和工具；
3. 教授对应的图片制作方法（包含但不限于聚类热图、火山图、富集分析图、Venn图、pathwaymap）
【会议预期】
通过三天的学习，了解多组学整合分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
主办方：上海循掘生物科技中心
会议时间：
2020年6月5-7日（两天两晚）
5日 19：00-20：00
6日 8：30-18：00 及19：00-20：00
7日 8：30-17：30
会议地点：医药加ZOOM网络会议室
说明：研讨会使用专业会议软件ZOOM，需提前安装好
收费标准：会务费：3200元/人
划
重
点
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免一人会务费！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
通过本次学习，您可以学会以下作图
▲示例图 通路富集分析结果图
▲示例图 聚类热图分析
▲示例图示例图 pathway map图
▲示例图 网络图
▲示例图 聚类热图分析
▲示例图 关键基因的KM生存曲线
▲示例图 相关性散点图
▲示例图 柱状图与venn图
多组学数据挖掘与分析研讨会日程 |
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时间安排 |
议题 |
具体内容 |
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5日夜间 |
19:00-20:30 |
组学简介及生信概述 |
2019年国自然中组学相关项目解读 |
组学原始数据的来源及质量判断 |
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高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 |
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转录组测序标准分析报告解读（含miRNA、lncRNA、circRNA及mRNA） |
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20:30-20:45 |
休息 |
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20:45-22:00 |
组学简介及生信概述 |
基因组测序标准分析报告解读（包括外显子测序和基因组重测序） |
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表观组测序标准分析报告解读（包括DNA甲基化和m6A RNA甲基化测序） |
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蛋白组质谱标准分析报告解读（包括iTraq蛋白组） |
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代谢组质谱标准分析报告解读（包括GC-MS、LC-MS、NMR质谱） |
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6日白天 |
8:30-9:45 |
思路及文献解读 |
转录组与蛋白组整合分析思路及文献 |
蛋白组与代谢组整合分析思路及文献 |
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基因组与转录组整合分析思路及文献 |
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表观组与转录组整合分析思路及文献 |
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全转录组整合分析思路及文献 |
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三种组学及以上整合分析思路及文献 |
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9:45-10:00 |
休息 |
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10:00-12:00 |
组学公共数据库 |
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据库(简介)及数据下载 |
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GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 |
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EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 |
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SRA数据库测序数据查找、筛选、数据下载。 |
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GEO2R工具使用 |
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R简介及R包安装 |
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12:00-13:30 |
午休 |
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13:30-15:00 |
差异基因筛选及图片 |
计算差异基因 -R limma包 或Excel公式 |
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主成分分析（PCA)图制作 |
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聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包 或 本地 HEMi软件 |
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火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作 |
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箱式图（代码 或无代码制作） |
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15:00-15:20 |
休息 |
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15:20-17:30 |
功能富集分析 |
R clusterProfiler包富集分析 |
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基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具 |
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功能富集分析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作 |
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17:30-19:00 |
晚餐及休息 |
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6日夜间 |
19:00-20:30 |
多组学数据与临床预后分析 |
在线预后分析工具——oncolnc |
在线预后分析工具——Ualcan |
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本地生成KM曲线图——R survival包 |
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20:30-20:45 |
茶歇 |
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20:45-22:00 |
转录组与蛋白组整合分析 |
Venn 图制作 |
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蛋白与蛋白互作关系预测——STRING工具 |
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网络图构建与美化——cytoscape软件 |
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转录组与蛋白组整合关联分析思路文章实现 |
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7日白天 |
8:30-10:00 |
蛋白组与代谢组整合分析 |
代谢物功能富集分析——metaboanalyst工具 |
KEGG 数据库介绍及使用 |
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pathway map制作 |
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蛋白组与代谢组整合分析思路文章实现 |
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10:00-10:20 |
茶歇 |
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10:20-12:00 |
基因组与转录组整合分析 |
基因突变分析工具——cbioportal |
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相关性分析及散点图制作 |
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转录因子调控靶基因分析——TRRUST |
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基因组与转录组整合分析思路文章实现 |
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12:00-13:30 |
午餐及午休 |
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13:30-14:45 |
其他组学整合分析 |
宏基因组与代谢组分析 |
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全转录组整合分析及ceRNA策略 |
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表观组与转录组分析 |
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14:45-15:00 |
茶歇 |
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15:00-16:30 |
总结 |
总结 |
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介绍结束
多组学数据整合
需将报名表填好后发到此邮箱，并收到回复方可确认完成报名，若发送邮件后24小时内未收到回复，请及时电话或者微信联系。
请务必详细填写报名表，提前付款的老师，请将截图一起发回并留存备份。
为帮助广大初学者和具有一定基础的研究者能更好掌握生信分析,meta,基因编辑，网络药理，科研作图,临床研究等套路与常用技能， 考虑目前在疫情期间的实际情况，我们决定在5-6月份召开下面10门在线学习班，为了保证学习效果，我们采用国际顶级的Zoom网络会议平台授课，可回放，效果体验好！
6月课程已安排
八晚！全转录组高通量测序&芯片数据生信分析（网络）研讨会（点击了解详情）
2020年6月八晚！回顾性临床研究从入门到精通（网络）研讨会
2020年5月30-31日基因编辑技术与动物模型构建研讨会（网络）
2020.06.5-7（两天两晚）多组学数据整合挖掘与分析（网络）研讨会
2020.6.13-14临床预测模型构建与统计分析进阶（网络）研讨会
2020年6月13-14日中药网络药理学的研究策略与使用技能研讨会
2020年6月20-21日全国循证医学 Meta 分析与网状Meta（网络）研讨会
2020.6.20-21调控性非编码RNA与外泌体研究策略（网络）研讨会
2020年6月25-27日TCGA&GEO生信高通量数据挖掘分析（网络）研讨会
2020.6.26-27高分SCI文章与标书作图（暨AI软件作图）研讨会
