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根据《个人所得税法》规定，自然人转让股权所得属于“财产转让所得”应税项目，应按照20%的税率计征个人所得税。
《印花税暂行条例》中的印花税税目表中规定，产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用、专利权、专有技术使用权等转移书据，按所载金额万分之五来贴花。
但在实践中，很多自然人转让股权时并未主动向税务机关申报纳税，一方面是自然人法律意识的淡泊，不知道股权转让需要缴纳个人所得税和印花税，而另一方面是监管的滞后，若自然人未按时申报缴纳税款，却没有足够的事前机制约束纳税人，更多的是税务机关事后发现对纳税人追缴税款、滞纳金以及对扣缴义务人或者纳税人进行行政处罚。
为此，2018年修正《个人所得税法》时，第十五条规定个人转让股权办理变更登记的，市场主体登记机关应当查验与该股权交易相关的个人所得税的完税凭证。即使有此规定，仍然有很多自然人转让股权时并没有申报缴纳个税，而多地的市场主体登记机关也没有严格执行此规定。此条款的执行仍然面临着执行的困难。
为了能够规范自然人转让股权申报缴纳税款，多地税务机关联合当地市场监督管理局发布规定，明确个人转让股权办理变更登记时，市场主体登记机关应当查验与该股权交易相关的完税资料。笔者根据相关公开文件，总结如下：
以上仅列举了部分地方的规定，可以看出，自然人转让股权先申报纳税再申请变更登记已经开始在各地稳步推进，一方面实现自然人转让股权时应当提前申报纳税，以免耽误变更登记的规定，另一方面从源头上减少股权转让不缴纳税款的违法行为发生。
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