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清零后的基因组需快速重建甲基化，且胚胎内、胚外两大谱系要形成独特图谱——前者高度甲基化，后者部分甲基化； -
生殖系基因（如Piwil2、Ddx4）、转座子需被精准沉默，避免 “身份错位” 导致发育紊乱； -
DNA 甲基化谷（DMV）等区域要保持低甲基化，维持基因可塑性，为后续分化留足空间。
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初始阶段（卵母细胞→合子基因组激活后）：在卵母细胞中，H3K36me2 随转录沉默积累于基因体，部分母源 H3K36me2 可遗传至 8 细胞期；父源 H3K36me2 则在受精卵中快速耗竭，直至合子基因组激活（ZGA）后重新建立。ZGA 后，H3K36me2 先在增强子区域定点沉积，依赖组蛋白乙酰化（H3K27ac）的 “定位信号”，为后续甲基化铺路； -
扩张阶段（胚胎植入后）：从增强子向全基因组扩散，形成覆盖基因间区的完整甲基化网络，唯独避开失活的X 染色体（Xi），避免干扰性别决定程序。 
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DNMT3A（精准施工队）：必须通过PWWP 结构域识别 H3K36me2/3 才能启动工作，如同 “精准绘图笔”，专门负责关键区域（如生殖系基因启动子）的甲基化沉积，是胚外谱系的 “主力部队”—— 胚外谱系中 DNMT3A 表达较高，对 H3K36me2 依赖极强； -
DNMT3B（灵活补位队）：无需H3K36me2 即可独立工作，如同 “万能补笔”，在胚胎内谱系中高表达，弥补 H3K36me2 的不足，确保甲基化图谱完整，避免出现 “绘图空白”。
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防线一：沉默生殖系基因，锁定细胞身份：在Piwil2、Ddx4 等生殖系基因的启动子区域，H3K36me2 高度富集，引导甲基化精准沉积，避免这些 “生殖专用基因” 在体细胞中异常激活；NSD1 敲除后，67 个生殖系基因（占总数 48.9%）显著上调，胚胎发育程序紊乱； -
防线二：配合PRC1 保护 DMV，预留发育可塑性：DNA 甲基化谷（DMV）是发育关键基因的 “聚集地”，需保持低甲基化以维持可塑性。PRC1 复合物通过 H2AK119ub1 抑制 H3K36me2 在 DMV 区域富集，避免关键基因被过度甲基化沉默——形成 “甲基化禁区” 保护机制，确保胚胎后续分化的灵活性。
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小鼠敲除NSD1（H3K36me2 甲基转移酶）后，胚胎植入后（E6.5-E8.5）出现严重生长迟缓，胚外组织（绒毛膜、卵黄囊）甲基化缺失最为显著（E8.5 达 28.1%），生殖系基因甲基化水平下降 40% 以上； -
突变DNMT3A 的 PWWP 结构域后，其无法识别 H3K36me2，甲基化精准性完全丧失，进一步证实 H3K36me2 与 DNMT3A 的依赖关系。
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胚胎干细胞（mESC）向类外胚层细胞（EpiLC）转化时（模拟体内 naive-to-formative 转变），NSD1 缺失导致甲基化重建速度减半，尤其是基因间区的甲基化沉积显著延迟； -
在六重敲除（SKO）mESC（无 DNA 甲基化相关酶）中，重新表达 DNMT3A 仅能在 H3K36me2/3 富集区域沉积甲基化，而 DNMT3B 可在无 H3K36me2 区域工作，直接验证两支 “施工队” 的功能差异。
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研究发现的调控机制在人类胚胎中高度保守，DMV 区域的保护模式、H3K36me2 与 DNMT3A 的相互作用均与小鼠一致； -
临床已知NSD1 突变与 Sotos 综合征（发育过度、智力障碍）相关，本研究首次揭示其致病的表观遗传机制 ——NSD1 突变导致 H3K36me2 沉积异常，生殖系基因沉默失效，进而引发发育紊乱。
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首次阐明H3K36me2 的 “两步部署” 模式，揭示亲源特异性重编程规律； -
明确DNMT3A/3B 对 H3K36me2 的差异化依赖，解释不同谱系甲基化模式的形成机制； -
发现PRC1-H2AK119ub1-H3K36me2 轴对 DMV 的保护作用，完善发育表观遗传调控网络。
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辅助生殖优化：可通过检测H3K36me2、NSD1 等分子水平，评估胚胎植入潜力，降低发育异常风险； -
发育疾病干预：NSD1、DNMT3A、PRC1 等可作为发育畸形、胚胎致死的潜在治疗靶点，为 Sotos 综合征等疾病提供干预思路； -
再生医学赋能：指导多能干细胞定向分化，优化细胞疗法的安全性与有效性——通过调控 H3K36me2 水平，可精准控制干细胞分化过程中的甲基化重建，避免异常分化。