大数跨境
0
0

干货分享 | 深度解析“高频变异”与先天性脊柱侧弯

干货分享 | 深度解析“高频变异”与先天性脊柱侧弯 雅济科技Aegicare
2020-08-15
2
导读:遗传因素是先天性脊柱侧弯的重要原因,目前研究显示脊柱肋骨发育不良主要与DLL3、MESP2、LFNG、HES7、TBX6和RIPPLY2基因有关。

AEGICARE

前言

遗传因素是先天性脊柱侧弯的重要原因,脊柱肋骨发育不良(SCDO)是一类遗传机制相对比较明确的先天性脊柱侧弯疾病,研究显示脊柱肋骨发育不良主要与DLL3MESP2LFNGHES7TBX6RIPPLY2基因有关。


TBX6基因的亚效等位基因常与该基因的致病突变共同作用导致疾病(SCDO)发生,其中亚效等位基因可能为高频突变(亚洲人中为44%,欧洲人中为33%),这一研究突破了疾病的遗传学研究中占主导地位的“常见变异导致常见疾病”的理论框架,揭示了常见变异与罕见变异共同作用导致疾病发生的新机理。


TBX6基因的亚效等位基因“rs3809624/rs3809627/rs2289292”中2个变异位于基因的5’UTR区(普通全外显子检测无法分析),在遗传检测中需要格外注意。



先天性脊柱侧弯

脊柱侧弯是指脊柱的一个或数个节段向侧方弯曲伴有椎体旋转的三维脊柱畸形,这些弯曲会影响身体的整体平衡和对齐,还可能导致其他身体健康问题。国际脊柱侧弯研究学会(Scoliosis Research Society, SRS)将脊柱侧弯定义为:应用Cobb法测量站立正位X光像的脊柱侧方弯曲,如角度大于10度则为脊柱侧弯。

Cobb法

大部分脊柱侧弯的病因还不明确,多半认为是遗传因素及环境因素综合影响所造成。先天性脊柱侧弯是由近轴中胚层、体节或轴骨架的发育改变导致的。在脊椎动物胚胎发生中,近轴中胚层位于神经管附近,并在特定的过程中从胚胎的前部发展为体节,进而形成椎体,发育为完整的脊柱。这个过程主要由WNT、FGF和Notch信号通路调节,通路中的许多基因异常都会导致先天性脊柱侧弯的出现。

体节发生过程中的三个主要通路及其相关基因

 

脊柱肋骨发育不良及其分类

脊柱肋骨发育不良(SCDO)是一类遗传机制相对比较明确的先天性脊柱侧弯疾病,多表现为椎体的多个节段性缺损,伴有肋骨异常,从而导致躯干较短(四肢长度正常);大部分呈非进行性轻度脊柱侧弯,偶有严重的脊柱侧弯;肋骨错位,融合的数目不固定,有时减少;胸廓的形状大致对称;新生儿的呼吸功能可能会因胸腔尺寸减小而受损,两岁时可能会改善到足以支持相对正常的生长和发育;肺功能严重受限的儿童出生时可能患有肺动脉高压;男性腹股沟疝的风险增加;可能会出现肾脏和心脏异常。

目前OMIM数据库已经收录6个亚型,多以常染色体隐性遗传为主,其中SCDO5相关基因TBX6基因的亚效等位基因常与该基因的致病突变共同作用导致疾病(SCDO5)发生,其中亚效等位基因可能为高频突变(亚洲人中为44%,欧洲人中为33%),这一研究突破了疾病的遗传学研究中占主导地位的“常见变异导致常见疾病”的理论框架,揭示了常见变异与罕见变异共同作用导致疾病发生的新机理。


“脊柱肋骨发育不良”遗传学分型


TBX6基因的复合遗传机制

TBX6基因位于16p11.2区域,是T-box家族的成员,编码参与发育过程调控的转录因子,在体节发生过程中发挥重要作用。目前已经明确TBX6基因的复合遗传机制与脊柱肋骨发育不良、脊柱侧弯相关。

2015年Wu等在The New England Journal of Medicine上发表文章“TBX6基因null变异联合常见亚效等位基因导致先天性脊柱侧凸(TBX6 Null Variants and a Common Hypomorphic Allele in Congenital Scoliosis)”,提出TBX6基因杂合致病突变不足以引起先天性脊柱侧弯,并确定了3个常见的TBX6基因TCA单倍型作为第二个风险等位基因,其中rs3809624和rs3809627位于5'UTR区域, rs2289292是8号外显子上的同义突变。他们提出了TBX6基因的复合遗传模型:先天性脊柱侧凸的罕见null变异(TBX6基因的无义、剪切、移码变异和16p11.2区域缺失)和反式位置常见风险等位基因的组合。该模型解释了文献中11%的中国先天性脊柱侧弯病例。

TBX6基因的复合遗传模型

为了进一步明确TBX6的风险单倍型是功能性的,进行了连锁不平衡分析发现TBX6连锁不平衡区域很短,在该区域内并没有发现罕见的变异。同时还使用体外荧光素酶测定法来研究rs3809624和rs3809627对基因表达的影响,结果显示rs3809624和rs3809627上的非参考等位基因组合中TBX6基因的表达都有一定的削减。

TBX6荧光素酶测定结果

TBX6基因表达对于正常的椎骨形成至关重要。杂合的风险单倍型仅导致TBX6表达轻度降低,纯合子风险单倍型也不会显著降低TBX6表达。杂合的TBX6基因致病变异可能使基因表达减少一半。以上这些突变几乎不会达到先天性脊柱侧弯的基因剂量阈值。但是,TBX6的null变异和反式位置的风险单倍型会导致基因表达进一步下降,从而导致先天性脊柱侧凸的高风险。

这一研究突破了疾病的遗传学研究中占主导地位的“常见变异导致常见疾病”的理论框架,揭示了常见变异与罕见变异共同作用导致疾病发生的新机理。


TBX6相关的先天性脊柱侧凸的简化遗传模型

2019年,Liu等在Genetics in Medicine上发表文章“TBX6-associated congenital scoliosis (TACS) as a clinically distinguishable subtype of congenital scoliosis: further evidence supporting the compound inheritance and TBX6 gene dosage model”,通过分析TBX6相关的先天性脊柱侧弯患者可量化的表型,开发了临床诊断算法(TACScore)来辅助TBX6相关先天性脊柱侧弯的临床识别。

他们基于遗传学病因,将先天性脊柱侧凸分为TBX6基因相关性先天性脊柱侧凸(TBX6-associated congenital scoliosis,TACS)和非TBX6基因相关性先天性脊柱侧凸(Non-TACS),通过临床表型分析证实TACS患者临床症状出现更早(TACS,2y [1-3y];non-TACS,3y [1-9y]),以下半段脊柱的半椎体和蝴蝶椎为典型特征,且表现为更少的脊柱、肋骨和椎管内畸形受累。

TBX6相关的脊柱侧弯:脊柱下部(T8–S5)受累更多

TACScore风险模型的变量包括(1)涉及下半部(T8-S5)的半椎/蝴蝶椎骨;(2)椎骨畸形的数量;(3)椎管内的存在缺陷;(4)肋骨缺陷的类型。该模型认为在TACScore大于或等于3的时候倾向于TBX6相关的先天性脊柱侧弯。


TBX6相关先天性脊柱侧弯的预测模型

2013年,Sparrow等曾报道过一个TBX6基因突变(c.1311A>T,p.*437Cext*81)引起的常染色体显性遗传家系,该变异位于终止密码子上,预计会导致在末端额外增加81个氨基酸,终止密码子及其上游的区域是高度进化保守的。体外的功能试验证明突变型TBX6蛋白(p.*437Cext*81)的转录激活活性约为野生型的50%,作者排除了显性负效应,认为是单倍剂量不足致病。非常遗憾的是文中没有对TCA风险单倍型进行相关分析。Liu等在介绍TBX6相关先天性脊柱侧弯的预测模型时指出,TCA单倍型在世界范围内很普遍(亚洲人中为44%,欧洲人中为33%),因此单倍型很可能会被测序数据的分析流程过滤掉。

在脊柱侧弯的遗传因素的探索过程中,了解TBX6基因的复合遗传机制对于数据分析和遗传咨询都是非常重要的。




脊柱肋骨发育不良遗传学分型延伸阅读



❶ SCDO1型(DLL3基因)

SCDO1型患儿在生命早期(胎儿或幼儿时期)每个椎体为圆形或卵形,边界光滑,这种现象被称为“卵石滩特征”。随着儿童期中期至晚期骨化的进行,卵石滩变为多个不规则形状的椎体和半椎骨。

(A):SCDO1型胎儿时期的“卵石滩特征”;
(B):1岁患儿,轻度脊椎侧弯,椎体呈不规则状
❷ SCDO2型(MESP2基因)

SCDO2型患者所有椎骨节段均显示出一些形态和形状的异常;肋骨在肋骨交界处完全融合,从而产生“蟹状”特征;脊柱和躯干的缩短会严重影响儿童早期的呼吸功能。

(A):SCDO2型出生后第一天的患儿,肋骨呈明显的蟹状特征,躯干较短;(B):胸椎和上颈椎的严重畸形,腰椎较轻
❸ SCDO3型(LFNG基因)

SCDO3型患者脊椎的缩短比SCDO1和SCDO2型更严重,所有椎体均显示出更严重的畸形。

SCDO3型

❹ SCDO4型(HES7基因)

SCDO4型患者的所有椎体畸形程度都异常严重。与SCDO1相比,椎弓根相对突出(“蹦床”特征)。

SCDO4型

❺ SCDO5型(TBX6基因)

SCDO5型患者临床症状出现更早,以下半段脊柱的半椎体和蝴蝶椎为典型特征。

SCDO5型:半椎体畸形

❻ SCDO6型(RIPPLY2基因)

SCDO6型患者多表现为颈椎椎骨缺失或融合等畸形,脖子短,运动受限。椎骨缺损会导致颈椎严重不稳定,在轻微的外部损伤后可能会导致心脏骤停。

SCDO6型:复杂的颅颈交接区畸形,C1-C3的后半部分缺失,C4和T9为左半椎,T4为右半椎

DMRT2基因

已有文献报道DMRT2基因的纯合突变导致严重的肋骨畸形(缺失,融合和发育不良的肋骨),椎骨畸形(椎板椎间融合和椎体不规则骨化)以及轻度脊柱侧弯。患儿出生时存在严重的呼吸功能不全。DMRT2基因敲除的小鼠也表现出严重的肋骨和椎骨缺损。目前尚未被OMIM数据库收录。

严重的肋骨畸形,椎体的不规则骨化


参考文献

1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8828/

2. https://www.omim.org/entry/277300?search=SCDO1&highlight=scdo1

3. Chen, W., Liu, J., Yuan, D., Zuo, Y., Liu, Z., Liu, S., Zhu, Q., Qiu, G., Huang, S., Giampietro, P.F., Zhang, F., Wu, N., Wu, Z., 2016. Progress and perspective of TBX6 gene in congenital vertebral malformations. Oncotarget.. doi:10.18632/oncotarget.10619

4.Turnpenny, P. D. (2003). Novel mutations in DLL3, a somitogenesis gene encoding a ligand for the Notch signalling pathway, cause a consistent pattern of abnormal vertebral segmentation in spondylocostal dysostosis. Journal of Medical Genetics, 40(5), 333–339. doi:10.1136/jmg.40.5.333

5.Ranes, M., Carlan, S. J., Perez, J., & Attia, S. (2012). Three-dimensional computed tomography of fetal spondylothoracic dysostosis at 23 weeks’ gestation. Prenatal Diagnosis, 32(6), 604–606. doi:10.1002/pd.3874

6.Whittock, N.V., Sparrow, D.B., Wouters, M.A., Sillence, D., Ellard, S., Dunwoodie, S.L., Turnpenny, P.D., 2004. Mutated MESP2 Causes Spondylocostal Dysostosis in Humans. The American Journal of Human Genetics.. doi:10.1086/421053

7.Sparrow DB, Chapman G, Wouters MA, Whittock NV, Ellard S, Fatkin D, Turnpenny PD, Kusumi K, Sillence D, Dunwoodie SL. Mutation of the LUNATIC FRINGE gene in humans causes spondylocostal dysostosis with a severe vertebral phenotype. Am J Hum Genet. 2006;78:28–37.

8. Sparrow DB, Guillén-Navarro E, Fatkin D, Dunwoodie SL. Mutation of hairy-and-enhancer-of-split-7 in humans causes spondylocostal dysostosis. Hum Mol Genet. 2008;17:3761–6.

9. Wu, N., Ming, X., Xiao, J., Wu, Z., Chen, X., Shinawi, M., … Xie, H. (2015). TBX6 Null Variants and a Common Hypomorphic Allele in Congenital Scoliosis. New England Journal of Medicine, 372(4), 341–350. doi:10.1056/nejmoa1406829

10. McInerney-Leo AM, Sparrow DB, Harris JE, Gardiner BB, Marshall MS, O'Reilly VC, Shi H, Brown MA, Leo PJ, Zankl A, Dunwoodie SL, Duncan EL. Compound heterozygous mutations in RIPPLY2 associated with vertebral segmentation defects. Hum Mol Genet. 2015;24:1234–42.

11. Mokhateb-Rafii, T., Bialer, M., Rodgers, S., Moore, C., & Sweberg, T. (2018). A Cryptic Cause of Cardiac Arrest. The Journal of Emergency Medicine. doi:10.1016/j.jemermed.2018.09.044

12.Ranes, M., Carlan, S. J., Perez, J., & Attia, S. (2012). Three-dimensional computed tomography of fetal spondylothoracic dysostosis at 23 weeks’ gestation. Prenatal Diagnosis, 32(6), 604–606. doi:10.1002/pd.3874

13. Wu, N., Ming, X., Xiao, J., Wu, Z., Chen, X., Shinawi,M., … Xie, H. (2015). TBX6 Null Variants and a Common Hypomorphic Allele inCongenital Scoliosis. New England Journal of Medicine, 372(4), 341–350.doi:10.1056/nejmoa1406829

14. Liu J, Wu N; Deciphering Disorders Involving Scoliosisand COmorbidities (DISCO) study, et al. TBX6-associated congenital scoliosis(TACS) as a clinically distinguishable subtype of congenital scoliosis: furtherevidence supporting the compound inheritance and TBX6 gene dosage model. GenetMed. 2019;21(7):1548-1558. doi:10.1038/s41436-018-0377-x

15. Duncan B. Sparrow, Aideen McInerney-Leo, Zoran S. Gucev,Brooke Gardiner, Mhairi Marshall, Paul J. Leo, Deborah L. Chapman, VeliborTasic, Abduhadi Shishko, Matthew A. Brown, Emma L. Duncan, Sally L. Dunwoodie,Autosomal dominant spondylocostal dysostosis is caused by mutation in TBX6,Human Molecular Genetics, Volume 22, Issue 8, 15 April 2013, Pages 1625–1631,https://doi.org/10.1093/hmg/ddt012


 


往期回顾

\\精准治疗\\
前沿分享 | 由LCA10基因编辑药物EDIT-101谈眼科遗传疾病的基因疗法
未来可期 | 浅谈罕见病的基因治疗
全基因组测序开启精准药物研发新篇章
精准诊疗进行时 | 记录Lydia从基因诊断到个体化治疗方案开发的10个月
安吉知因 | 浅谈硫胺素代谢相关疾病
干货分享 | 从 CDKL5 论坛谈 CDKL5 缺乏症基因疗法的最新进展

\\案例分享\\
河南省儿童医院成果 | 安吉康尔全外测序技术精准检测罗伯逊易位所致UPD型天使综合征
关注遗传病 | 新生儿也会患糖尿病么?
关注遗传病 | 结节性硬化症
关注遗传病 | 多囊肾
干货分享 | 一例 15q 重复综合征案例分享
关注遗传病 | 肢带型肌营养不良(下篇)
关注遗传病 | 肢带型肌营养不良(上篇)
助力精准诊疗 | 两例甲基丙二酸尿症基因检测案例分享
助力精准诊疗 | 家族性高胆固醇血症案例分析
案例分享 | 一例典型的发作性运动诱发性运动障碍

\\检测方案\\
新品介绍 | 独家专利技术精准检测先天性肾上腺皮质增生症(CAH)
干货分享 | 乳酸高一定是线粒体疾病么?
线粒体 DNA 异质性及其检测策略
文献速递 | WGS+RNAseq 双组学提高孟德尔遗传疾病诊断率
文献分享 | 全基因组测序揭示了全外测序未能检出的致病突变
助力精准诊疗 | 安吉康尔首推尿液样本LR-PCR+NGS检测方案有效提升线粒体疾病检出率

\\学术资讯\\
全国爱耳日 | 干货分享-耳聋GJB2基因V37I变异的致病性判读
干货分享 | 3个耳聋相关基因的功能证据使用解析
干货分享 | 如何正确评估肥厚性心肌病相关基因的临床有效性

深圳安吉康尔医学检验实验室是专门从事遗传疾病精准诊断和筛查业务的国家高新技术企业。公司核心团队来自美国临床遗传诊断上市公司及海内外顶级高校,拥有美国医学遗传学会(ABMGG)三大专科资质认证和欧美临床基因诊断百万级检测经验。设立有1000㎡获卫健委批准的符合美国CLIA/CAP标准的医学检验实验室,并在北京武汉、美国硅谷设有研发中心,专注于开发世界领先的基因智能算法,用人工智能计算模型解决遗传疾病基因组信息的挖掘、翻译、解读和临床决策辅助等问题。


【声明】内容源于网络
0
0
雅济科技Aegicare
雅济科技(Aegicare)旗下设有全资子公司「深圳安吉康尔医学检验实验室」,是一家以AI赋能临床精准诊疗的国家高新技术企业,面向患者、医疗机构和科研机构推出临床全基因组综合解决方案,为临床提供精准高效的生物信息学分析和罕见病遗传解读服务。
内容 144
粉丝 0
雅济科技Aegicare 雅济科技(Aegicare)旗下设有全资子公司「深圳安吉康尔医学检验实验室」,是一家以AI赋能临床精准诊疗的国家高新技术企业,面向患者、医疗机构和科研机构推出临床全基因组综合解决方案,为临床提供精准高效的生物信息学分析和罕见病遗传解读服务。
总阅读51
粉丝0
内容144