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突破NIPT现有技术局限,它有更优解

突破NIPT现有技术局限,它有更优解 宝龄科技
2021-05-21
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导读:世界唐氏综合症日,关注唐氏综合症筛查技术

2011年联合国大会将3月21日定为世界唐氏综合症日自2012年开始每年的这一天为此举办宣传活动,以提高公众对唐氏综合征的认识。今天是第10个世界唐氏综合症日,今年国际聚焦的活动主题是:“CONNECT”。

在此我们从唐氏综合征的认识及其筛查技术之一的NIPT(Non-invasive Prenatal Testing,无创产前检测)技术入手,与大家一起来关注唐氏综合征。

图片来源网络
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认识唐氏综合征
/ 唐氏综合征 /

唐氏综合征是最常见的严重出生缺陷病之一,存活者有明显的智力障碍、面容古怪、生长发育障碍、肢体畸形等症状。该病症是由人体的21号染色体在减数分裂时没有正常分离导致出现3条21号染色体而引起,所以唐氏综合征通常也称21-三体综合征


唐氏综合征占所有染色体异常疾病的一半以上,全世界每600~800名新生儿中就可能有1名唐氏儿。但目前医学上对它尚无有效的治疗方法!通过孕期产前筛查和诊断,实现早发现早干预,是降低唐氏儿出生最有效的途径
/ 唐氏综合征筛查手段 /


唐氏综合征筛查按检查手段可分为3类:超声检查、血清学检查和NIPT


/超声检查、血清学检查、NIPT之间的区别/

这里先确认一个认知:超声检查、血清学筛查、NIPT属于产前筛查范畴,如果筛查结果显示胎儿患唐氏综合征的风险高,就应进一步进行确诊性的检查——产前诊断。产前诊断主要通过羊膜腔穿刺术,获取羊水中的胎儿细胞进行胎儿染色体核型分析、相关的分子项目的检测。

超声检查

NT检测:孕11-13+6周超声测量胎儿颈部透明带厚度。结合NT值判断胎儿罹患唐氏综合症的风险概率,一般情况下NT值大于3毫米属于异常。单纯NT测量对唐氏综合症的检出率约64~70%


血清学检查

孕早期血清学产前筛查:孕09-13+6周进行,通过检测孕妇血清中生化标志物(PAPP-A、Free β-hCG)的含量,结合孕妇基本信息计算唐氏综合征的发生率,检出率约65%。结合NT值,检出率可达86%。

孕中期血清学产前筛查:孕15-20+6进行,三联法检测AFP、uE3、Free-βhCG的指标,结合孕妇基本信息计算唐氏儿的发生率,检出率约65-70%


NIPT

孕12-22+6周进行,采集孕妇静脉血,利用新一代基因测序技术对母体外周血浆中的游离DNA片段(包含胎儿游离DNA)进行测序,并将测序结果进行生物信息分析,从而检测胎儿是否患有21-三体、18-三体、13-三体等染色体非整倍体病,对唐氏综合征的检出率可达到99%

针对唐氏综合征检查,总体对比:

1)超声检查&血清学检查具有经济、便捷的优势,但准确率不高。由于不是直接检测胎儿染色体,而是通过计算推测孕妇怀有唐氏儿的风险,因此假阴性率、假阳性率相对高。

2)羊水穿刺具有更全面、准确的优势,但因为是侵入性方法,有一定的流产风险,且检测周期长,所以更适合作为最后的备用选项,即在其他方法都提示高风险的前提下作为确诊手段。

3)NIPT是目前产前筛查准确率最高的检测手段,可以避免大部分传统唐筛假阴性生出唐氏儿的悲剧及假阳性孕妇接受不必要的产前诊断;相较于羊水穿刺,它具有无创、安全、早期、快速的优势,目前已广泛应用于临床检测。
02

走近NIPT

/ NIPT给唐氏综合征筛查带来的改变 /


NIPT为唐氏综合征的筛查提供了一个更加高效安全的选择。NIPT技术的高准确性解决了血清学筛查存在的检出率低、假阳性率高、阳性预测值低等问题,改善了过往只要唐筛高风险,就要有创产前诊断的状况:

一方面解决了不精确的血清学筛查结果导致后续不必要的产前诊断给胎儿带来的风险和孕妇心理压力,最大程度地避免了不必要的产前诊断带来的流产

另一方面, NIPT后高风险的孕妇才接受产前诊断,显著减少产前诊断数量,减轻产前诊断中心压力,提升唐氏综合征筛查和诊断效率

据2017年相关文献,因产前诊断引发流产的概率约为0.17%,在单个孕妇身上虽然这个概率极低,但以每年一千多万孕妇的基数计算,数量是很庞大的。


而且NIPT可以早在12孕周进行检测,能给充足的产前诊断和后续干预时间,减少出生缺陷。


/ NIPT发展方向&待解决问题 /

随着技术的推广和实践的深入,NIPT已从最初的21-三体、18-三体和13-三体筛查,拓展到其它染色体非整倍体筛查、5Mb以上的染色体缺失重复筛查等。进一步降低检测的假阳性和假阴性、检出越来越多的染色体微缺失微重复、筛查胎儿的单基因遗传病是NIPT技术的发展方向。

然而,现行的基于NGS技术的NIPT仍然存在一定局限性和待解决的问题,例如:
  • 其他染色体三体阳性预测值偏低:虽然21-三体阳性预测值>90%,其他染色体非整倍体的阳性预测值还未能达到如此效果。

  • 检测范围有限如染色体微缺失/微重复在母体染色体正常的胎儿中发生率可达1%-1.7%,而现行NIPT对微重复、微缺失等结构异常则无法检出。

  • 常存在因胎儿浓度过低需要重抽血情况即便临床建议在12周后进行NIPT,也存在胎儿浓度过低导致使用NGS方法不能得到准确的结果,需要孕妇重新抽血,增加了孕妇及临床负担。
导致假阳性假阴性结果的原因既有生物学因素,也有现有平台技术局限性。

常见生物学原因包括:胎盘存在低比例嵌合、胎儿游离DNA浓度低、检测的遗传物质来源于胎盘而非胎儿本身等,都可能导致检测结果的假阴性和假阳性。

技术局限性源于:现行基于NGS技术的NIPT都需要经过PCR扩增,而不同染色体基因组不同区域存在GC含量的差别,因此PCR的过程会不可避免地引入扩增偏差,导致测序结果存在偏差,从而影响检测结果的准确性。


03

GenoCare可以给NIPT带来的更优解

/ GenoCare的特点 /

GenoCare单分子基因测序平台是世界首个通过医疗器械临床试验的单分子基因测序系统2019年浙江大学医学院附属妇产科医院牵头与上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院、南京市妇幼保健院多家研究中心开展了基于GenoCare平台的NIPT临床前研究及临床试验。2020年5月,GenoCare完成医疗器械临床试验,检查结果的阴阳性符合率达100%。

1 无需扩增,避免GC偏好

GenoCare平台特有的单分子检测技术,无需PCR扩增避免由GC偏好带来的测序偏差,更真实反应样本原本信息。


2 SURF-seq技术,测序准确

GenoCare平台采用基于单分子芯片的表面荧光测序技术SURF-seq,独特的可逆终止碱基和变异酶反应体系,实现极佳的合成反应效率及保真度,结合全内反射光学技术对碱基的光学信号进行识别,边合成边程序,确保最大化实现单次测序准确率



3 高灵敏度,实现低胎儿浓度样本有效检出

在与浙江大学医学院附属妇产科医院进行的临床前研究中,得到的数据表明:GenoCare平台实现了比现行二代测序平台更低的胎儿浓度样本的有效检测,具体数据后续将在研究性文章中发表。检测限的降低,理论上可提升检测灵敏度,降低因胎儿浓度低带来的重采样率。未来可实现检测的孕周提前,实现早发现早诊断,降低终止妊娠给孕妇带来的伤害。

4 自动化出报告,简单易用,高效快速

GenoCare内嵌生信分析系统,可在测序完成后直接生成检测报告24小时内可实现“样本进,结果出”,为临床医生提供更便捷高效的解决方案。

同时,GenoCare因为直接单分子测序,样品制备和测序过程无PCR扩增, 可极大地简化建库流程,缩减建库时间和成本,有利于NIPT应用的进一步本地化和普及覆盖。



/ 其他推荐应用 /

目前我国出生缺陷形式依然严峻,发生率约为5.6%,进行出生缺陷防控精准检测及干预指导对提高人口素质至关重要。

GenoCare单分子测序系统在生殖领域的其他应用方向也具备明显优势,如拷贝数变异检测(CNV-seq)、胚胎植入前筛查(PGT-A)。

拷贝数变异检测(CNV-seq)

GenoCare单分子测序技术和生物信息学分析可一次性检测23对染色体的非整倍大于100Kb的染色体拷贝数变异,达到较高的检出准确率。亦可同时结合夫妻双方遗传背景,分析造成流产的遗传学原因,帮助医生从更科学的角度指导夫妇再次备孕。


胚胎植入前筛查(PGT-A)

GenoCare单分子测序技术和生物信息学分析对植入前胚胎活检细胞染色体异常情况进行评估。可一次性检测胚胎所有23对染色体的非整倍体4Mb及以上的染色体微缺失/微重复已知区域的1Mb及以上的染色体微缺失/微重复



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宝龄科技,是以中国信息协会以及科研院所为平台,对接政府机构,整合行业、技术、人才等资源,拥有多个业务板块的数字科技公司。公司的经营模式是以区块链、云计算、大数据、人工智能等数字化技术为基础,发展智慧城市、工业互联网、医疗信息化等领域业务。
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