事故发生时，新加坡籍油轮“哈夫尼亚尼罗号”正试图在马来西亚半岛东海岸海域，穿行于圣多美和普林西比籍油轮“塞雷斯一号”与另一艘船舶之间。碰撞导致两船起火，超大型油轮上的两名岸上工作人员严重烧伤，其中一人后不治身亡。
根据事故调查委员会报告，事发时二副（HN-2M）作为值班船员本应在驾驶台值勤，却离岗准备行政报告，致使一名甲板普通船员（HN-ASD2）独自负责驾驶台操作。
在0000时至0600时值班期间，HN-2M号在接近多个目标航行时，船员HN-2M离开驾驶室准备国际航行报告和AMVER报告，仅由HN-ASD2负责管理驾驶台。这些报告并非紧急任务，本可在当日稍后完成。值班团队在交通状况日益复杂时，将行政工作置于航行任务之上，导致其态势感知能力下降，且值班安排未符合安全管理体系（SMS）关于'非操作性任务不得干扰航行职责'的要求。"事故调查委员会报告在结论中指出。
报告特别指出两名海员缺乏充分休息且疲劳过度——他们均刚结束国际夜航抵达本船。
“HN-2M在38.5小时内仅获得不足两小时的连续休息，其经历包括：跨夜航行、登船后立即接班，以及突发消防警报测试造成的休息干扰。调查还指出，同日登船的HN-ASD1在跨夜国际航行抵达后不久便立即执行了值班任务。”
报告指出：“在38.5小时内仅休息约两小时的情况下，HN-2M飞行员很可能处于疲劳状态，这可能降低了他的警觉性，并在近距离对抗态势发展过程中影响了其操作表现和判断力，从而导致了事故发生。”
报告还指出，“哈夫尼亚尼罗号”同时关闭了S波段雷达的最近接近点（CPA）和最终接近点（TCPA）警报，并停用了X波段雷达警报系统，此举“消除了重要安全保障措施”。
与此同时，塞雷斯一号轮驾驶台团队在约6.5海里处发现尼罗河号后，最初判定情况不危急，未启动任何前期准备措施或联络程序，报告称此举“错失良机”。
海员疲劳及工休时间不足的问题在业界广为人知且屡被讨论，但商业压力与最低配员标准的叠加效应导致该问题始终未能解决。国际运输工人联合会海员部与世界海事大学联合报告显示，海员平均每日工作时长达11.5小时，每周工作时长达74.9小时。
碰撞事故后，新加坡海事及港务部下属的事故调查委员会（TSIB）报告指出，“哈夫尼亚尼罗号”轮船东哈夫尼亚公司已实施一系列安全措施，旨在改进驾驶台值班制度、疲劳风险管理、驾驶台资源管理（BRM）及态势感知能力。
而“谷神星一号”船东未报告采取任何安全措施。
新加坡交通部下属海事安全调查委员会的报告结论不涉及对任何个人或组织的责任归属。另据披露，去年由管理新加坡船舶登记处的海事及港务局（MPA）单独提起诉讼。
2025年7月，“哈夫尼亚尼罗”号两名船员——35岁的印度籍船员苏赛·安东尼·瓦伊纳与40岁的斯里兰卡籍船员维克拉马格·维拉吉·阿米拉·沙文达·佩雷拉，于周三在新加坡国家法院依据《商船法》被提起公诉。
据亚洲新闻台报道，起诉书显示佩雷拉时任“哈夫尼亚尼罗河号”航行值班主管，被控未能“全面评估航行风险状况、保持对船舶周边海域态势感知，以及确保维持有效瞭望”。
当时担任“哈夫尼亚·尼罗号”航行值班瞭望的瓦纳尔注意到该船正“逼近”“塞雷斯一号”，但据称他并未向值班军官报告此事，反而在未获指令的情况下擅自操舵。
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