出口退（免）税备案单证管理要求备案的相关单据及发票都是出口货物流形成的凭证，税务机关之所以要求出口退（免）税业务备案单证是为了还原出口业务的货物流，检查出口业务是否合规合法，打击骗取出口退税等违法行为。
纳税人应在申报出口退（免）税后15日内，将备案单证妥善留存，并按照申报退（免）税的时间顺序，制作出口退（免）税备案单证目录，注明单证存放方式，以备税务机关核查。（《国家税务总局关于进一步便利出口退税办理 促进外贸平稳发展有关事项的公告》（国家税务总局公告2022年第9号）第二条第（一）项规定）
纳税人发生出口货物、视同出口货物及对外加工修理修配劳务，实行备案单证管理。
纳税人发生零税率跨境应税行为不实行备案单证管理。（《国家税务总局关于进一步便利出口退税办理 促进外贸平稳发展有关事项的公告》（国家税务总局公告2022年第9号）第二条第（一）项规定）
（一）出口企业的购销合同（包括：出口合同、外贸综合服务合同、外贸企业购货合同、生产企业收购非自产货物出口的购货合同等）；
（二）出口货物的运输单据（包括：海运提单、航空运单、铁路运单、货物承运单据、邮政收据等承运人出具的货物单据，出口企业承付运费的国内运输发票，出口企业承付费用的国际货物运输代理服务费发票等）；
（三）出口企业委托其他单位报关的单据（包括：委托报关协议、受托报关单位为其开具的代理报关服务费发票等）。
纳税人无法取得上述单证的，可用具有相似内容或作用的其他资料进行单证备案。（《国家税务总局关于进一步便利出口退税办理 促进外贸平稳发展有关事项的公告》（国家税务总局公告2022年第9号）第二条第（一）项规定）
纳税人可以自行选择纸质化、影像化或者数字化方式，留存保管上述备案单证。选择纸质化方式的，还需在出口退（免）税备案单证目录中注明备案单证的存放地点。
税务机关按规定查验备案单证时，纳税人按要求将影像化或者数字化备案单证转换为纸质化备案单证以供查验的，应在纸质化单证上加盖企业印章并签字声明与原数据一致。（《国家税务总局关于进一步便利出口退税办理 促进外贸平稳发展有关事项的公告》（国家税务总局公告2022年第9号）第二条第（二）、（三）项）
除另有规定外，备案单证由出口企业存放和保管，不得擅自损毁，保存期为5年。（《国家税务总局关于进一步便利出口退税办理 促进外贸平稳发展有关事项的公告》（国家税务总局公告2022年第9号）第二条第（一）项）
出口企业或其他单位未按规定进行单证备案（因出口货物的成交方式特性，企业没有有关备案单证的情况除外）的出口货物，不得申报退（免）税，适用免税政策。已申报退（免）税的，应用负数申报冲减原申报。（《国家税务总局关于〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第12号）第五条第（八）项）
出口企业或其他单位提供虚假备案单证的货物不适用增值税退（免）税和免税政策，适用增值税征税政策。（《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）第七条第（一）项第4目）
出口企业或其他单位出口货物的提单或运单等备案单证为伪造、虚假，适用增值税征税政策。查实属于偷骗税的，应按相应的规定处理。（《国家税务总局关于〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第12号）第五条第（九）项第14目）
出口企业按规定向国家商检、海关、外汇管理等对出口货物相关事项实施监管核查部门报送的资料中，属于申报出口退（免）税规定的凭证资料及备案单证的，如果上述部门或主管税务机关发现为虚假或其内容不实的，其对应的出口货物不适用增值税退（免）税和免税政策，适用增值税征税政策。查实属于偷骗税的按照相应的规定处理。（《国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税有关问题的公告》（国家税务总局公告 2013年第65号）第十三条）
一类、二类出口企业不配合税务机关实施出口退（免）税管理，以及未按规定收集、装订、存放出口退（免）税凭证及备案单证的，出口企业管理类别应调整为三类。（《国家税务总局关于发布修订后的〈出口退（免）税企业分类管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第46号）第十三条第（三）项）
出口企业上一年度发生过拒绝向税务机关提供有关出口退（免）税账簿、原始凭证、申报资料、备案单证等情形的，其出口企业管理类别应评定为四类。（《国家税务总局关于发布修订后的〈出口退（免）税企业分类管理办法〉的项目公告》（国家税务总局公告2016年第46号）第七条第（二）项）
一类、二类、三类出口企业发生拒绝提供有关出口退（免）税账簿、原始凭证、申报资料、备案单证的，出口企业管理类别应调整为四类。（《国家税务总局关于发布修订后的〈出口退（免）税企业分类管理办法〉的项目公告》（国家税务总局公告2016年第46号）第十三条第（二）项）
未按规定装订、存放和保管备案单证的，主管税务机关应按照《中华人民共和国税收征管法》第六十条规定予以处罚。（《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（ 国家税务总局公告2012年第24号 ）第十三条第（一）项第2目、《中华人民共和国税收征收管理法》第六十条）
出口企业和其他单位拒绝税务机关检查或拒绝提供有关出口货物退（免）税账簿、凭证、资料的，由税务机关责令改正，可以处一万元以下的罚款；情节严重的，处一万元以上五万元以下的罚款。（《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（ 国家税务总局公告2012年第24号 ）第十三条第（二）项、《中华人民共和国税收征收管理法》第七十条）
出口企业提供虚假备案单证的，由税务机关责令改正，可以处一万元以下的罚款；情节严重的，处一万元以上五万元以下的罚款。（《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（ 国家税务总局公告2012年第24号 ）第十三条第（三）项、《中华人民共和国税收征收管理法》第七十条）
按照要求，出口企业需要自主编制口退（免）税备案单证目录，出口企业可按下列格式编制（可根据实际情况增加或减少相应栏次）。
填表说明
①编号：外贸企业填写申报所属期及批次，生产企业填写申报所属期。
②“出口退税申报日期”和“备案日期”栏填到“月、日”。
③出口报关单号：填写21位。
④出口企业选择纸质化方式的，填写备案单证存放地点。
提醒：为便于保存，防止丢失，建议出口企业财务编制出口退（免）税备案单证目录时将电子版留存到电脑中，不建议手填。
实务中，备案单证有一点是外贸企业容易忽略的，那就是备案单证规定备案内容中的“国内运输发票”。外贸企业从供应商处购买货物出口，国内段的运输分为两种情况：