1、申请机构不一样。商标是通过商标局进行申请的，版权是通过中国版权登记中心进行登记的。
2、保护对象不同。我国商标权的获得必须履行商标注册程序，而且实行申请在先原则。《中华人民共和国商标法》规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受法律保护。 著作权依照我国《著作权法》和《伯尔尼公约》的规定，作品自完成之日起，自动获得著作权，不需要经过某些特别程序，根据《中华人民共和国著作权法》的规定，我国的公民和法人以及非法人组织是以作品的完成为著作权产生的标志而不是发表时。
3、保护期限不同。商标的期限只有10年有限期，超过10年需要进行商标续展。而版权进行登记之后，保护期为作者终生及死后50年（企业为登记发表后50年）。
4、客体不同。商标是区别同一商品或者服务的不同经营者并表明商品或者服务质量的商标标识本身。而版权(著作权)是针对文字、音乐、艺术、科学创作等原创的保护。
注：既然著是自动获得著作权，那么为什么还要登记呢？是因为鉴于著作权的获得不需要公示，但由于在现实生活中，当产生纠纷时，权利人常常遇到举证困难，因此各国均鼓励作者对创作作品进行版权登记，以便在今后的行政救济和司法诉讼时作为权利的初步证明。同时还可以用来交易等作为凭证。
来源：中国标局
