受启蒙运动的影响，19世纪，崇智主义逐渐流行于知识分子之间，他们依靠个人的理性寻求世界的奥秘，不再单纯接受教会传统的教导。随着所谓的思想解放，民族主义逐渐兴起，人们开始有意识地反抗国家和教会强加的信仰，处于上层阶级的教会在这期间受到了极大的冲击。
在思想上，教会经历了自然科学和唯物主义思想的冲击，信仰被视为迷信和落后的精神产物；在社会层面，教会的权力被政府所干涉甚至把控。（美福神学院《教会历史Ⅱ》17课讲义)
总的来说，教会在19—20世纪受到了科学和政治双方面的挑战，经过这两个世纪，教会不仅由原本的统治阶级转变成受管的民间机构，更是在社会文化和思想潮流中，退居次要地位。 (美福神学院《教会历史Ⅱ》17课讲义)
早在17世纪，许多自然科学家，对圣经所教导的世界历史及起源，发出了质疑。随着无神论及唯物主义的兴起，实证主义者认定自然定律才是解释世界及生命的真理。但在进化论之前，唯物主义及无神论所推崇的自然定律，尚无法取代英国神学家所提出的设计论，自然定律尚不足以解释设计成品——生命的产生。(邓勃斯基《智慧设计论》68-71页)达尔文的进化论可以说完美地弥补了这一点，似乎它不仅解释了生命的起源，更提供了一整套物种演化的说明。
其实，在达尔文之前，19世纪初，就已经有演化的观念了，只不过他们都不够系统并缺乏严谨性。因此，不是进化论造成了无神论，乃是无神论及唯物主义选择了进化论。这也是为什么，自进化论提出时就开始遭到各方质疑，甚至就连这一理论的提出者达尔文本身也承认它的不足，并有许多核心问题无法解释，却仍然受到无神论及唯物主义的推崇。
因为唯物主义并不是因着进化论符合科学而相信进化，而是因为选择无神论之后，进化论成为其最好的表述出路。这是极为重要的一点：自进化论发表到现在，150多年来，现代进化论科学家仍然不能成功地答复批判者，化石记载完全不能证实物种中间有连环，也没有足够时间让进化发生，也没有发现可信的进化转变作用(韦尔登《进化论与创造论的真相》8页)。
相对于真正的科学乃是依赖可证实的理论或可观察的事实来说，进化论不属于科学，它只是一种没有理论支持的臆想和假说。因此，进化论本身并不符合科学，乃是自然主义形而上学领导了科学，或者说，自然主义形而上学制造了符合它的科学。引用伏尔泰的一句名言：“即使没有达尔文，实证主义者也要创造一个出来。”
随着科学发现，越来越多的科学家提出证据，质疑进化论理论；而信仰进化论者，就需要不断地提出更多的假设和臆想来支撑自己的理论。这种错误地运用科学，甚至利用科学的结果是可怕的。就好像我们常说，一旦你撒了一个谎，就要用无数个谎言去弥补那最初的谎言。詹腓力以其渊博的生物学知识和尖锐的逻辑分析能力，一针见血地指出：“只要有全备的生物学知识，就可以为达尔文主义下无稽的结论。”（詹腓力《审判达尔文》187页）
确实如此，推崇达尔文进化学说者，本身就需要极大的信心去相信它的那些前设，并要在很多前设已经被质疑甚至推翻的情况下，仍要固执地相信那些都只不过是尚未解决却能够解决的问题。
另外，我们看到，科学主义者试图将人类社会活动全部置于科学原则的管理之下,按照严谨的理性态度来生活,这本身也已经侵害到他们人本主义的原则，这是矛盾的，并且其危害性也极大。不论是人，还是社会，本身都不是能以全科学理论或理性主义管理的，其根本原因是人不仅有物质的成分，还有灵的部分，唯物主义者忽略了人的灵里的道德性及罪性，以理性、机械化的方式解释世界，寻求乌托邦的世界，乃是缘木求鱼。
由于一些神学家的失误和一些科学家的武断，因着他们个人的局限，在并不确切明了的情况下，超过自身的领域和能力彼此干预，甚至攻击（里程《游子吟》103-106页），导致现在许多无神论者甚至教会中的信徒，都将科学与信仰放在了敌对的两面，这是十分可惜的。
在教会与科学主义的争论中,罗马天主教会因着与欧洲政府的政治斗争的原因，对一切科学和自由理论，采取敌对的强硬态度，这使社会更加远离教会（美福神学院《教会历史Ⅱ》17课讲义)。
科学本身与基督信仰并没有本质的冲突，甚至可以说，科学乃是基督徒手中荣耀上帝的有力工具。只不过有一群唯物主义者，以科学的名义刻意非难基督教会及其信仰，而当时教会应对的方式却是以彼之道还施彼身，矫枉过正，这也是不正确的。
今天，教会同样面对科学的挑战，尤其是在无神论国家、唯物主义教育环境中成长的知识分子，进化论是他们关于世界及生命起源的支柱性理论，他们天生对宗教就有敌对和轻视的情绪。教会想要向他们传福音，首先就要自己弄明白，进化论本身并不符合科学，并能进一步阐明基督信仰与科学并不冲突的本质原因。
因此，教会应当教导信徒正确的科学观，也唯有建立一个正确的信仰与科学观，才能更好地向处在困境中的无神论者传福音。
真正的基督信仰既超越科学，又不与科学相悖，因为科学本身也是上帝创造之工的一部分。科学与信仰的一致性是显而易见的，上帝借他的话及他所创造的世界启示他自己，而科学，乃是透过对上帝所创造的规律的认知及研究，更加地认识他。
越来越多的科学家，随着对宇宙的认知不断加深，开始对自己原本的无神论产生怀疑，倘若没有上帝的存在，完全靠自然产生我们的世界，其概率是何等得渺小。
天文学家大卫斯（Paul Davies）发现：“如果宇宙中的强核力与电磁力的比例，增加或减少10的16次方分之一，星球就无法形成。如果电磁力常数与引力常数的比例，增加10的40次方分之一，大的星球就无法存在；减少10的40次方分之一，小的星球就无法存在，而宇宙的存在需要同时有大的星球和小的星球。” (基甸《宇宙微调是上帝的手笔》)。
要精确到10的40次方分之一的地步，是很难用语言来形容的，是人难以想象的一种概率。在此基础上，根据物理学家彭若斯（Roger Penrose）的计算，他说：“可以观察到的本宇宙随机出现的几率是多少呢？假如说本宇宙是随机出现的，那这个的几率是多少呢？是10的n次方分之一，这个n是多少呢？n是10的123次方！”另一位物理学家彭洽斯（Arno Penzias）说：“天文学把我们引向一个独特的事件，一个从无中被创造的宇宙，一个有极其精妙的平衡、能为允许生命的存在提供精确的合适条件的一个宇宙，一个有凸显的设计的宇宙，我们也可以说这个设计是‘超自然’的” (基甸《宇宙微调是上帝的手笔》)
不仅是天文学家，随着生物学、地质学等各方科学的发展，事实证明，科学与基督信仰不仅不是水火不容、完全敌对的两面，乃是彼此一致的，真正的科学服务于信仰，彰显上帝的荣耀。
这个时代，物质极其丰富，人的心灵及精神极度空虚，因此，这正是教会面临机遇与挑战的时代。面对无神论者，我们不仅要有耐心和爱心，同样要有丰富的见识，并美好的灵命。一方面能够阐明进化论的错误及问题，告诉对方信仰与科学并不相悖，真正的科学恰恰支持了我们的信仰，如此才能具有真正的说服力；同时，也要把基督属天的爱和生命活出来，这种生命，对比我们所处的时代，才拥有真正的吸引力，也更能见证基督的荣耀。
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