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常投格物·产研说(第9期 )| 合成生物学系列(一)——合成生物学的定义和发展

常投格物·产研说(第9期 )| 合成生物学系列(一)——合成生物学的定义和发展 常州人才科创集团
2024-03-31
2
合成生物学的定义和发展

摘要
合成生物学汇聚并融合了生物学、基因组学、工程学和信息学等诸多学科,是现代生物学最具发展潜力的领域之一。它以工程化设计为理念,构建标准化的元器件和模块,融会工程科学原理, 采用自下而上的策略,对已存在的系统或体系进行全新的合成与改进,以揭示生命规律和构筑新一代生物工程体系,为生命科学开创了一种全新研究模式。




01
合成生物学的概念
合成生物学是将动物和植物源的代谢路径重新构建成全新的细胞工厂或酶催化体系,最终实现目标代谢物的异源表达,将原料以较高的速率最大限度地转化为产物,这是一个跨学科领域,通俗而言,合成生物学就是利用细菌等工程化的生物,对消费、医疗、农业、化工等整个生产制造行业进行科技升级

1:工程化模拟图(来源:网络)


该领域的发展始于1911年,Synthetic biology一词最早由法国物理化学家斯蒂芬·勒杜克在其所著的《生命的机理》The Mechanism of Life一书中首次提出,在该书中其试图利用物理学理论解释生物起源和进化规律,认为构成生物体的是其形态,并归纳为合成生物学是对形状和结构的合成

与传统发酵使用天然菌种或酶相比,合成生物学的核心目标是利用基因工程、蛋白质工程、代谢工程和计算机模拟等技术进行生命设计与合成再造,以实现特定的功能或目的,这也被称为第三次生物科技革命

注:其他两次生物科技革命是发现DNA双螺旋人类基因组计划


 

2:合成生物学对传统发酵的影响(来源:深圳先进技术研究院)

02
合成生物学的研究内容
合成生物学的研究内容包括元件工程、遗传线路工程、代谢工程及基因组工程。合成生物学强调生命物质的标准化,对元件所做的优化、改造或重新设计称为“元件工程”;由调节元件及被调节基因构成基因线路的遗传装置,人工基因线路通过遗传线路工程合成;代谢工程主要是利用分子生物学手段如DNA重组技术对已有代谢途径和调控网络进行合理的设计与改造,以合成新产物、提高已有产物的合成能力或赋予细胞新的功能;基因组工程则是基于基因组测序、基因编辑和基因合成等技术的一项能够从头合成或重新设计基因组的技术。

 

3:合成生物系统层级化结构示意图(来源:安信证券研究中心)

 

4:合成生物学的研究内容(来源:安信证券研究中心)

03
合成生物学发展历程
直到上世纪中期,合成生物学的发展所需理论和技术基础的积累才逐步建立起来,如DNA双螺旋的发现、遗传密码的破译、限制性内切酶的发现、PCR技术的发明等一系列重大分子生物学成就。

进入21世纪,合成生物学迎来迅速发展的时代,受到各国政府、学术界、产业界的高度关注。斯坦福教授Eric Kool2000年对其重新定义为基于系统生物学的遗传工程,发展至今,大致可分为四个阶段:萌芽期、缓慢发展期、快速成长期和创新应用期。

萌芽期(2003年前):代表成果有青蒿素前驱体—青蒿二烯在大肠杆菌中的合成等,开启了人造细胞工厂生产植物来源天然化合物的新时代。

缓慢发展期(2004~2007年):代表成果有大肠杆菌中的光传感电路设计等。

快速成长期(2008~2013年):产业化试水加速,少量公司有资本介入。代表成果有赛诺菲利用Amyris研发的酵母菌株大规模商业化生产青蒿素等。

创新应用期(2014年至今):多学科融合,产业市场化进程加速。代表成果有人工合成酵母染色体、在酵母中生物合成药用托烷生物碱、设计出人工淀粉合成代谢通路等。

 

5:合成生物学时间轴(来源:中国科学院,东吴证券研究所)


在我国香山科学会议2008年的会议上,首次讨论了合成生物的背景、进展和展望,2010-2012年间,中科院与中国工程院、英国皇家学会与英国工程院、美国科学院与美国工程学院共同发起了“三国六院”系列会议,第一次会议主题为“发展合成生物学,迎接21世纪的挑战”。同时,在国家“973计划”的基础上,我国积极参与“三国六院”系列会议的主办,使国内的合成生物学较早步入发展轨道。


“973计划”合成生物学项目(部分)

项目名称

首席科学家

立项年份

人工合成细胞工厂

马延和

2011-2015

新功能人造生物器件的构建与集成

赵国屏

2012-2016

微生物药物创新与优产的人工合成体系

冯雁

2012-2016

用合成生物学方法构建生物基材料的合成新途径

陈国强

2012-2016

抗逆元器件的构建和机理

林章凛

2013-2017

微生物多细胞体系的设计与合成

元英进

2014-2018

04
合成生物学优势

以合成生物学为指导,设计有机化学品的高效合成路线和人工生物体系,逐渐从天然生物的轻度修饰向全人工合成的生物或生命过渡,不仅可能高效利用原来不能利用的生物质资源,也有可能高效合成原来不能生物合成、或原来生物合成效率较低的产品。

相比传统化学工程,合成生物学将会:

替代原有制造路线(化学合成或者天然提取),提高生产效率和经济效益

创造功效和安全性更好的药品食品、性能优越的化学品或材料等;

实现可持续的循环生产模式,使用可再生生物质原料,显著减少对化石燃料的依赖,更低碳经济。

根据WHO及中科院天津工业生物技术研究所统计,目前生物制造产品平均节能减排30%-50%,未来潜力将达到50%-70%。预计到2030年,生物制造每年可减少二氧化碳排放10亿至25亿吨。

合成生物学与化学工程对比


合成生物学

化学工程

定义
在工程学思想指导下,按照特定目标理性设计,改造乃至重新设计合成生物体系,即生物学的工程化
化工技术或化学生产技术,将原料经过化学反应转变为产品的方法和过程
发展阶段
处于产业化的关键阶段,产品种类快速增加,新产品验证和对传统化学法的替代并行
成熟阶段,针对现有工艺的优化
核心技术
基因测序和编辑、菌种培育筛选、产品纯化分离
催化剂、工艺包
最小反应单元
细胞或酶催化
反应器
装置
放大难度较小,同一套装置适用于不同产品的生产,容易切换
放大难度较大,且同一套装置难以适用不同产品生产,较难切换
反应条件
较温和
部分涉及高温高压等特殊条件
原料来源
生物质原料为主
化石燃料为主
产业链长度
较短,大部分合成过程在生物体内
长短不一,通常成熟基础化学品和材料合成路径短,但复杂分子、含杂环、含杂原子的化学品合成路径较长
擅长产品类型
底盘细胞生命周期涉及的物质、复杂分子
现有主流的化学品和材料


底层技术与应用科学平台正在飞速发展,合成生物学从实验室的象牙塔走向了公众的视野,下一期我们将针对合成生物学的市场规模和应用现状进行梳理。


END


文字:陈家琪

编辑:耿书杰

审核:徐   澄


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