电泳缓冲液
一般来说，在被分析的蛋白质稳定的pH范围，凡不与SDS发生相互作用的缓冲液都可以使用，但缓冲液的选择对蛋白质的分离和电泳的速度是非常关键的。
含有SDS的不连续缓冲系统可以提高分辨率，现在被广泛用于蛋白质亚基相对分质量及纯度测定，其中Tris-Gly系统是目前使用最多的缓冲系统。
相对分子质量低于15000(≤30000)的多肽在常规 Tris-HCl系统中电泳的分辨率是不够的，因为其形成的SDS多肽胶束大致为球形，而不是椭圆形，它们的长度和直径在同数量级，同时多肽内部的较多的电荷不能被结合的SDS电荷所覆盖，所以偏离了相对迁移率和相对分子质量对数的线性关系。 Tricine-SDS-PAGE通常被用来分离相对分子质量范围为1000~100000的蛋白质。对于分辨相对分子质量小于30000的蛋白质，它是优先被考虑的电泳系统。
转移缓冲液
传统转移缓冲液由缓冲系统和甲醇组成。 Towbin缓冲液(1979)，一种Tris-甘氨酸缓冲液，常用于湿转系统。该缓冲液pH为83，比大多数蛋白质的等电点(pl)要高。蛋白质带净负电荷并向阳极迁移。因为缓冲液在槽中混合。转移过程中离子分布相对稳定。
补充方案五：转印膜（Merck Millipore）
Immobilon® estern Blotting转印膜
补充方案六：宽范围蛋白marker（Immunoway）
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