公司长期零申报是会被列为风险纳税人的，后期会影响到开票及票种核定、升级一 般纳税人等税务办理。严重的还会影响到法人、股东们及财务负责人、办税人员等个人征信，导致后期不能注册公司。
因为一个公司成立期间不可能一直没有收入和费用，按照税法规定公司在申报税务情况时必须要如实上报财务数据，长期账税不符后期被税务局抽查到要检查账本时，是需要补缴税款及罚款的。
建议您不要长期零申报，就算收入为零也可以将成本及费用做在账本上，体现出公司亏损状态。亏损的额度在将来五个会计年度内可以做为弥补，抵扣当年的利得,降低企业所得税应交税费。如果被查到了，携带营业执照原件、公司公章等，到所属税务机关，找专管员处理！ 提供税务局专管员所需资料，并解释公司情况，专管员一般都会要求，法人到场，并携带公司办公地址的租赁红本，租金水电费发票等等。具体需要找到专管员，按照专管员要求来提供资料！