CRISPR诊断被称为下一代分子诊断技术,包含样本前处理、靶标识别、信号释放和检测几部分;如何更快速的检测CRISPR产物,我们一起来看看。
什么是CRISPR-Cas系统?
CRISPR-Cas系统是原核生物的一种天然免疫系统。某些细菌在遭到病毒入侵后,能够把病毒基因的一小段存储到自身的 DNA 里一个称为 CRISPR 的存储空间。当再次遇到病毒入侵时,细菌能够根据存写的片段识别病毒,将病毒的DNA切断而使之失效。
(图片来源:Wikkipedia,accessed 25 November 2013.Author Jamas Aanas
CRISPR-Cas系统包含CRISPR基因座和Cas基因(CRISPR关联基因)两部分。
CRISPR位点结构图
Cas是一种核酸内切酶。可以利用CRISPR序列中间隔序列(spacer)对应的RNA指引,识别并且切割特定与其序列互补的DNA链。
Cas核酸酶包括:RNA引导下可以切割RNA链的Cas13a和Cas13b;RNA引导下可以切割DNA链的Cas12a和Cas14。
CRISPR-Cas基因编辑技术就是通过人工设计的 sgRNA(guide RNA)来识别目的基因组序列,并引导 Cas 蛋白酶进行有效切割 DNA 双链,形成双链断裂,损伤后修复会造成基因敲除或敲入等,最终达到对基因组DNA 进行修饰的目的。
由于Cas蛋白只有在特异地识别和结合靶标序列后才切割周围的核酸序列,因此通过检测报告序列是否被切割就可以判定待检体系中是否存在靶标序列。
CRISPR核酸试纸条检测
探针两端分别引入两个小分子标记物FAM和生物素。将抗FAM抗体用胶体金标记,NC膜上检测线处包被有可结合生物素的链霉亲和素,通过侧向免疫层析的方法检测含有FAM和生物素的核酸扩增产物。
相较于传统的QPCR方法,基于CRISPR核酸纸条法有以下几条优势:
操作简单,无需PCR仪的辅助;
检测时间短;
结果直观可视化。
总结
CRISPR技术利用其特异结合以及核酸切割的能力,担任着恒温扩增的“信号放大器”这一角色,将恒温扩增的产物信号放大2~3个数量级,弥补了恒温扩增技术灵敏度低这一主要缺点。这一显著提升甚至可以让结果判读时摆脱专业荧光扩增仪器的使用,而只使用普通紫外灯照射或者试纸条读取即可,这无疑极大地简化了核酸检测流程和节约了检测成本。
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